恭喜夸登特健康公司达里娅·丘多瓦获国家专利权
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龙图腾网恭喜夸登特健康公司申请的专利用于检测样品之间的污染的方法和系统获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN112970068B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-03-18发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:201980072064.3,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权用于检测样品之间的污染的方法和系统是由达里娅·丘多瓦;埃尔米·埃尔图凯;史蒂芬·费尔克拉夫;纳尔西·拉贾戈帕兰;马尔辛·西科拉设计研发完成,并于2019-08-30向国家知识产权局提交的专利申请。
本用于检测样品之间的污染的方法和系统在说明书摘要公布了:本文提供了用于检测存在不存在第一样品被第二样品污染的各种方法和相关系统。例如,在一些实施方案中,该方法包括a对多核苷酸的集合进行测序以产生多于一个测序读段,b将多于一个测序读段与参考序列进行比对,c将多于一个测序读段分组到多于一个家族中,d产生多于一个家族的家族标识符,e筛选出共有家族标识符的集合,f确定共有家族标识符的集合的定量量度,以及g基于共有家族标识符的定量量度将第一样品分类为被第二样品污染或未被第二样品污染。
本发明授权用于检测样品之间的污染的方法和系统在权利要求书中公布了:1.一种用于检测存在或不存在第一样品被第二样品污染的方法,所述方法包括:a对来自所述第一样品和所述第二样品的多核苷酸的集合进行测序以产生多于一个测序读段;b将所述多于一个测序读段与参考序列进行比对,由此确定所述比对的开始区域和结束区域,其中所述开始区域包括所述测序读段的基因组起始位置,在所述基因组起始位置处,所述测序读段的5’末端被确定为开始与参考序列的比对,并且所述结束区域包括所述测序读段的基因组终止位置,在所述基因组终止位置处,所述测序读段的3’末端被确定为终止与所述参考序列的比对;c对于每个样品,基于分组特征将所述多于一个测序读段分组到多于一个家族中,所述分组特征包括以下i、ii和iii中的至少一种:i所述开始区域、ii所述结束区域和iii多核苷酸的长度,其中所述第一样品和所述第二样品中的每个家族包括从所述第一样品和所述第二样品中所述多核苷酸的集合中的独特多核苷酸扩增的子代多核苷酸的测序读段;d产生所述多于一个家族的家族标识符;e筛选出共有家族标识符的集合,其中给定的共有家族标识符是所述第一样品的与所述第二样品的家族标识符相同或至少95%相同的家族标识符;f确定所述共有家族标识符的集合的定量量度,其中所述定量量度包括以下中的一个或更多个:所述第一样品中共有家族标识符的数目,所述第一样品中共有家族标识符的数目与所述第一样品中家族标识符的总数目的比率,不包括所述第一样品中的以下共有家族标识符:所述第一样品的家族中其测序读段的数目大于所述第二样品的相应家族中其测序读段的数目的那些共有家族标识符,并且不包括处于过度代表的基因组起始位置和基因组终止位置对处的共有家族标识符,其中过度代表的基因组起始位置和基因组终止位置对是指其中在多于一个样品中共有基因组起始位置和基因组终止位置对的家族的数目或频率超过设定阈值的基因组起始位置和基因组终止位置对;以及g如果所述共有家族标识符的集合的定量量度高于预定阈值,则将所述第一样品分类为被所述第二样品污染,或者如果所述共有家族标识符的集合的定量量度处于所述预定阈值或低于所述预定阈值,则将所述第一样品分类为未被所述第二样品污染。
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