恭喜江南大学陈璟获国家专利权
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龙图腾网恭喜江南大学申请的专利一种蛋白质相互作用预测方法、装置及存储介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116259358B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-13发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211678119.5,技术领域涉及:G16B15/30;该发明授权一种蛋白质相互作用预测方法、装置及存储介质是由陈璟;曹汉童;任利军设计研发完成,并于2022-12-26向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种蛋白质相互作用预测方法、装置及存储介质在说明书摘要公布了:本发明涉及生物学技术领域,尤其是指一种蛋白质相互作用预测方法、装置、设备及存储介质。本发明所述的蛋白质相互作用预测方法,通过调整Doc2vec非监督段落向量学习模型,将不定长的蛋白质序列特征信息嵌入至低维向量空间,能够处理任意长度的蛋白质序列,解决了蛋白质初步特征选取问题,利用图同构卷积网络的优势,充分结合蛋白质相互作用PPI网络结构的信息,聚合每个蛋白质的相邻蛋白质的信息,优化了蛋白质节点的编码表征,根据PPI网络结构信息,找到蛋白质相互作用边,结合两个蛋白质节点信息,并不断从中学习更高效且准确的分类预测,提高了模型预测的准确度。
本发明授权一种蛋白质相互作用预测方法、装置及存储介质在权利要求书中公布了:1.一种蛋白质相互作用预测方法,其特征在于,包括:获取蛋白质相互作用网络中第i个蛋白质的氨基酸序列,i=1...n,n为蛋白质相互作用网络中的蛋白质总数;以氨基酸序列的第j个氨基酸为起始,依次向后截取多个k-mer,直至剩下的氨基酸个数k,得到第j个氨基酸子序列,j=1...k;利用Doc2vec模型预测第j个氨基酸子序列中每个滑动窗口中的中央k-mer,并进行聚合操作,得到第j个氨基酸子序列特征,包括:对第j个氨基酸子序列和其在第t个滑动窗口中的上下文k-mer的嵌入编码求取平均值,根据所述平均值进行分类预测,得到第j个氨基酸子序列中的第t个滑动窗口中的中央k-mer;将k个氨基酸子序列特征进行均值操作,得到第i个蛋白质特征后,将第i个蛋白质特征输入堆叠的一维卷积网络处理,其中每一层一维卷积网络的处理过程为:将上一层一维卷积网络的输出作为当前层一维卷积网络的输入,将输入进行多次卷积操作后,经过Relu激活函数和最大池化层处理,得到当前一维卷积网络的输出;将经过堆叠的一维卷积网络处理后的第i个蛋白质特征,经过全连接层处理;使用图同构卷积网络将第i个蛋白质多个邻居蛋白质的特征聚合到自身,得到更新后的第i个蛋白质特征,重复该步骤多次,得到第i个蛋白质聚合特征;将第i个蛋白质聚合特征和与其形成相互作用的蛋白质聚合特征进行点积后输入分类器,得到第i个蛋白质相互作用的预测结果。
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