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恭喜吉林大学田圃获国家专利权

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龙图腾网恭喜吉林大学申请的专利有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119626335B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-16发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510162480.X,技术领域涉及:G16B30/10;该发明授权有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法是由田圃;赖潇;栾海鑫设计研发完成,并于2025-02-14向国家知识产权局提交的专利申请。

有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法在说明书摘要公布了:本发明公开了序列比对技术领域的有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法,步骤如下:对有向无环泛基因组图进行比对前预处理获得Viterbi图,训练图和比对参考图,然后将比对参考图中最长的比对参考路径的长度作为叠瓦谱隐马尔可夫模型的匹配状态数量,在初始化该模型参数和各个节点的叠瓦宽度后在训练图上进行训练,获得叠瓦谱隐马尔可夫模型,当需要多序列比对时,在该模型上使用基于虚拟节点概率计算的维特比解码算法,在Viterbi图上计算出每个序列在叠瓦谱隐马尔可夫模型中的最可能状态路径,根据状态路径确定序列中各个位置的比对关系,从而完成多序列比对,本发明大幅度减小了序列比对的计算时间和存贮空间需求。

本发明授权有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法在权利要求书中公布了:1.有向无环泛基因组图上的叠瓦谱隐马尔可夫序列比对方法,其特征在于,步骤如下:S1、对有向无环泛基因组图依次经过片段长度减小、简并碱基节点和低权重节点去除的比对前预处理,获得Viterbi图、训练图和比对参考图;S2、将比对参考图中最长的比对参考路径的长度作为叠瓦谱隐马尔可夫模型的匹配状态数量,在初始化该模型参数和各个节点的叠瓦宽度后在训练图上进行训练,获得叠瓦谱隐马尔可夫模型,其中,最大非参考路径节点匹配范围和参考路径上的经验窗口之和即为叠瓦宽度;S3、在获得叠瓦谱隐马尔可夫模型后使用基于虚拟节点概率计算的维特比解码算法,在Viterbi图上计算出每个序列在叠瓦谱隐马尔可夫模型中的最可能状态路径,根据状态路径确定序列中各个位置的比对关系,从而完成多序列比对;步骤S2中,叠瓦谱隐马尔可夫模型使用exp-3,exp-5和exp-7三个不同的平滑参数,平滑使用的公式如下: ;其中,对选定的一组有n个可能性的变量,pi是第i种可能性的概率,pj是第j种可能性的概率,ci是第i种可能性的平滑参数,cj是第j种可能性的平滑参数,则是更新后的概率。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人吉林大学,其通讯地址为:130012 吉林省长春市前进大街2699号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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