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龙图腾网恭喜金凤实验室申请的专利细胞数据综合分析系统获国家发明授权专利权，本发明授权专利权由国家知识产权局授予，授权公告号为：CN116959583B 。

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-05-20发布的发明授权授权公告中获悉：该发明授权的专利申请号/专利号为：202310670920.3，技术领域涉及：G16B40/00；该发明授权细胞数据综合分析系统是由王峥设计研发完成，并于2023-06-07向国家知识产权局提交的专利申请。

本细胞数据综合分析系统在说明书摘要公布了：本申请提供一种细胞数据综合分析系统，涉及细胞数据处理技术领域。该系统包括获取模块、过滤模块、批效应消除模块、双胞剔除模块、细胞间通讯分析模块、聚类模块、细胞注释模块及可视化模块。其中，获取模块、过滤模块、批效应消除模块、双胞剔除模块可以对基于单细胞组学产生的数据集进行各类预处理操作，如进行细胞滤除、批效应消除、双胞剔除等，而通过预处理操作可以提高数据的有效性与可靠性。另外，细胞间通讯分析模块、聚类模块、细胞注释模块及可视化模块，能够支持细胞通讯分析、降维聚类、细胞注释、可视化显示等处理操作，能丰富分析功能，提高数据分析的灵活性，进而有利于提高数据分析的效率。

本发明授权细胞数据综合分析系统在权利要求书中公布了：1.一种细胞数据综合分析系统，其特征在于，所述系统包括：获取模块、过滤模块、批效应消除模块、双胞剔除模块、细胞间通讯分析模块、聚类模块、细胞注释模块及可视化模块；所述获取模块获取用户上传的基于单细胞组学产生的第一数据集，所述第一数据集中的数据格式包括tsv格式、txt格式、csv格式、RDS格式及HDF5格式；所述过滤模块在接收到预处理指令时，基于用户设置的用于过滤细胞的指标数据，对所述第一数据集进行过滤，得到第二数据集，所述指标数据包括UMI计数的第一阈值范围、特征基因计数的第二阈值范围、线粒体基因百分比的第三阈值范围和与β-action表达对应的第四阈值范围；所述批效应消除模块调用批效应消除工具，以对所述第二数据集进行批效应消除，得到第三数据集；所述双胞剔除模块通过调用DoubletFinder工具，以对所述第三数据集进行双胞剔除，得到第四数据集；所述细胞间通讯分析模块在接收到用于细胞间通讯分析的第一指令时，从工具库中调用预先设置的CellPhoneDB工具、CellChat工具和Cellcall工具，并通过所述CellPhoneDB工具、所述CellChat工具和所述Cellcall工具确定所述第四数据集中细胞间相互作用的强度和配体受体的差异对，以得到表征细胞间通讯的通讯分析结果；所述聚类模块在接收到用于细胞类型注释的第二指令时，从所述工具库中调用预先设置的降维聚类工具，以对所述第四数据集进行降维聚类，得到聚类后的第五数据集，其中，所述降维聚类工具包括PCA工具、SC3工具、tSNE工具及UMAP工具；所述细胞注释模块通过调用所述工具库中的注释工具，对所述第五数据集进行细胞类型注释，得到注释结果，其中，所述注释工具包括SingleR工具、基于加权最近邻网络算法的图谱注释工具中的任一种；所述可视化模块基于预设可视化策略，对所述通讯分析结果、所述注释结果进行可视化展示；所述系统还包括：选择模块，用于从所述第五数据集中选择期望关注的细胞类型的细胞数据作为待测细胞；评估模块，用于通过预设算法，确定所述待测细胞的指定通路矫正后的F得分；分群获取模块，用于基于所述矫正后的F得分，从所述待测细胞中获取细胞亚类的分群信息；输入模块，用于将从所述待测细胞得到的细胞亚类数据，输入预先创建的单细胞通路富集模块，所述细胞亚类数据包括基因原始表达矩阵、高变基因列表及所述细胞亚类的分群信息；富集分析模块，用于调用所述单细胞通路富集模块中的clusterProfiler工具，将所述细胞亚类数据中的高变基因列表作为输入数据，并进行GO富集分析，得到富集分析结果，所述富集分析结果包括GO富集结果、FDRp-value，以及通路所包含的基因信息；所述预设算法为如下公式： 其中，bgratio指背景值，Ngenesinacell指所述待测细胞中检测到的基因数量，Ntotalgenes指样品检测到的基因总数，fgratio指前景值，Ngenesfromaterminacell指所述待测细胞中检测到的指定通路的基因数量，Ntotalgenesofaterm指所述指定通路的全部基因数量，Fscore指所述待测细胞的指定通路的F得分，adjFscore指所述待测细胞的指定通路矫正后的F得分，Qterm指通过FDR矫正后的p值，Qterm由clusterProfiler工具计算获得；所述过滤模块还用于：基于用户通过第一条形滑动按钮设置的UMI计数的所述第一阈值范围，滤除所述第一数据集中UMI计数未在所述第一阈值范围内的数据；基于用户通过第二条形滑动按钮设置的特征基因计数的所述第二阈值范围，滤除所述第一数据集中特征基因计数未在所述第二阈值范围内的数据；基于用户通过第三条形滑动按钮设置的线粒体基因百分比的所述第三阈值范围，滤除所述第一数据集中线粒体基因百分比未在所述第三阈值范围内的数据；基于用户通过第四条形滑动按钮设置的与β-action表达对应的所述第四阈值范围，滤除所述第一数据集中β-action表达未在所述第四阈值范围内的数据，其中，在所述第一条形滑动按钮、所述第二条形滑动按钮、所述第三条形滑动按钮以及所述第四条形滑动按钮中，单个条形滑动按钮不同长度对应不同的值；将经过UMI计数、特征基因计数、线粒体基因百分比和β-action表达过滤的第一数据集作为所述第二数据集。

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