恭喜中国海洋大学冯韵潼获国家专利权
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龙图腾网恭喜中国海洋大学申请的专利分类突变酶-底物的通用预测模型构建方法、介质和装置获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119905145B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-06-17发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510397619.9,技术领域涉及:G16B20/50;该发明授权分类突变酶-底物的通用预测模型构建方法、介质和装置是由冯韵潼;刘昊;丁哲轩设计研发完成,并于2025-04-01向国家知识产权局提交的专利申请。
本分类突变酶-底物的通用预测模型构建方法、介质和装置在说明书摘要公布了:本发明公开了一种分类突变酶‑底物的通用预测模型构建方法、介质和装置,属于生物信息学、蛋白质工程和机器学习技术领域,所述方法包括步骤1数据扩充构建数据集,具体包括正向数据筛选和负向数据生成,步骤2、搭建多任务耦合框架和步骤3预测模型的性能优化。本发明还提供搭载所述模型的介质和装置,本发明通过联合优化蛋白质与小分子表征,提升相互作用预测的准确性。筛选出能够显著提高催化效率的突变位点,优化酶的活性,预测突变酶对不同底物的催化能力,帮助设计具有特定底物选择性的酶。
本发明授权分类突变酶-底物的通用预测模型构建方法、介质和装置在权利要求书中公布了:1.一种分类突变酶-底物的通用预测模型构建方法,其特征在于,所述方法的步骤如下: 步骤1、通过数据扩充构建数据集,包括正向数据筛选和负向数据生成 所述的正向数据筛选:从现有的数据库中筛选酶-底物对数据和系统发育推断的正向影响数据; 所述的负向数据生成:基于现有的突变酶数据库,通过单点和多点突变生成大量突变酶序列,并标记其活性变化,按照正负样本1:1的配对策略,选取与正向数据相匹配的负样本; 步骤2、搭建多任务耦合框架 在蛋白质序列表征上,采用MEP模型对突变酶序列进行表征,所述MEP模型采用Transformer+CNN的架构:利用ESM-2Transformer获取氨基酸序列的全局依赖关系表示,再通过卷积神经网络聚焦局部突变位点特征,最后通过残差连接融合全局与局部信息,得到突变酶的多尺度特征向量; 对底物小分子采用两种互补的表征方法,同时支持扩展连接循环指纹和卷积神经网络; 在完成酶和底物的特征表示后,将MEP生成的突变酶表征向量与扩展连接循环指纹ECFP和卷积神经网络GNN生成的底物小分子表征向量进行拼接,形成联合特征向量v∈Rdp +dm;通过集成梯度提升树、支持向量机、极限梯度提升、随机森林和逻辑回归在内的模型,并采用动态权重融合策略,构建最终的预测型,用于分类突变酶与底物之间的相互作用,将前述拼接的特征向量作为输入,分别训练预测模型; 步骤3、通过网格搜索调整超参数,并使用5折交叉验证评估模预测型性能以避免过拟合。
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