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一种基于PacBio测序筛查工业微生物发酵早期杂菌污染的方法 

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申请/专利权人:河北首朗新能源科技有限公司

摘要:本申请涉及分子生物技术领域,尤其涉及一种基于PacBio测序筛查工业微生物发酵早期杂菌污染的方法;所述方法包括:提取工业微生物早期发酵的微生物样本DNA;采用16srDNA通用引物组对微生物样本DNA进行第一PCR扩增,后基因纯化,得到第一扩增产物的上清液;采用含有标签序列的预设引物组对上清液进行第二PCR扩增;混合第二扩增产物,并基因纯化,后制备上机预文库,得到混样测序文库;进行PacBio测序,后以16SrDNA参考序列数据库比对测序结果;根据比对结果,判断微生物样本中是否含有产甲烷菌;若是,则判定工业微生物早期发酵受到杂菌污染;上述方法可以直接得到发酵罐内所含的细菌类型,并检测低比例的发酵早期杂菌污染,提高了检测的灵敏度和检测速度。

主权项:1.一种基于PacBio测序筛查工业微生物发酵早期杂菌污染的方法,其特征在于,所述方法包括:提取工业微生物早期发酵的微生物样本DNA;采用16srDNA通用引物组对所述微生物样本DNA进行第一PCR扩增,后进行基因纯化,得到第一扩增产物的上清液;采用含有标签序列的预设引物组对所述上清液进行第二PCR扩增,得到第二扩增产物;混合所述第二扩增产物,并进行基因纯化,后进行上机预文库的制备,得到混样测序文库;对所述混样测序文库进行PacBio测序,后以16SrDNA参考序列数据库对测序结果进行比对,得到比对结果;根据所述比对结果,判断微生物样本中是否含有产甲烷菌;若是,则判定工业微生物早期发酵受到杂菌污染。

全文数据:

权利要求:

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