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申请/专利权人：浙江洛兮医学检验实验室有限公司
摘要：本发明涉及病原耐药基因检测技术领域，公开了一种基于宏基因测序数据的耐药基因物种来源鉴定方法，包括以下模块：数据处理模块，用于对测序数据进行质量控制和人源序列去除，获取只包含微生物的序列文件；耐药基因鉴定模块使用筛选的耐药基因数据库与微生物序列文件进行比对，获取耐药基因候选列表；物种来源识别模块分别使用基于耐药基因数据库方法和基于Kraken2软件方法对耐药基因序列信息进行物种识别，并使用物种来源判断算法评估物种来源信息的真实性。本发明的方法通过使用基于耐药基因数据库和基于Kraken2软件方法对耐药基因的来源物种进行鉴定，可以提高耐药基因的来源物种识别的准确性，为宏基因组测序技术应用于临床耐药基因检测提供了参考。
主权项：1.一种基于宏基因测序数据的耐药基因物种来源鉴定方法，其特征在于，包括数据处理模块、耐药基因鉴定模块和物种来源识别模块：数据处理模块：对获取的测序数据进行质量控制和人源序列去除，获取只包含微生物序列的fastq文件；耐药基因鉴定模块：从数据库CARD、ResFinder、Arg-ANNOT和NCBI-AMRFinder中收集并筛选耐药基因序列信息，构建耐药基因数据库，并将其与微生物序列文件进行比对，获取耐药基因候选列表；物种来源识别模块：分别使用基于耐药基因数据库方法和基于Kraken2软件方法对耐药基因序列信息进行物种识别，并使用物种来源判断算法评估得到的最终物种来源信息，获得包含耐药基因及其对应物种的耐药文件。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 浙江洛兮医学检验实验室有限公司 基于宏基因测序数据的耐药基因物种来源鉴定方法
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