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申请/专利权人：武汉双绿源创芯科技研究院有限公司;青岛双绿源依诺科技有限公司

摘要：本发明基于2058个水稻品种中8584244个SNP位点信息，获得水稻抗旱性调控基因OsLG3功能单倍型位点上下游各30Kb区域内的共计1238个SNP的基因型信息，通过连锁不平衡分析，筛选出1组与水稻抗旱性调控基因OsLG3紧密连锁的单倍型标记，这组单倍型分子标记可用于水稻抗旱性调控基因OsLG3的功能鉴定，有效避免了因少数标记检测失败而导致的鉴定精准性问题，以及由于基因附近发生重组而导致的基因功能丧失的问题，提高功能基因鉴定的精准性。

主权项：1.单倍型分子标记在鉴定水稻抗旱性调控基因OsLG3中的应用，其特征在于，所述单倍型分子标记由30个SNP位点组成，SNP位点信息如下：SNP1所在基因组位置为Chr3：4353922bp；SNP2所在基因组位置为Chr3：4362946bp；SNP3所在基因组位置为Chr3：4367541bp；SNP4所在基因组位置为Chr3：4368623bp；SNP5所在基因组位置为Chr3：4373703bp；SNP6所在基因组位置为Chr3：4373993bp；SNP7所在基因组位置为Chr3：4374343bp；SNP8所在基因组位置为Chr3：4374672bp；SNP9所在基因组位置为Chr3：4374880bp；SNP10所在基因组位置为Chr3：4377066bp；SNP11所在基因组位置为Chr3：4377087bp；SNP12所在基因组位置为Chr3：4377094bp；SNP13所在基因组位置为Chr3：4377115bp；SNP14所在基因组位置为Chr3：4377146bp；SNP15所在基因组位置为Chr3：4377156bp；SNP16所在基因组位置为Chr3：4377173bp；SNP17所在基因组位置为Chr3：4377198bp；SNP18所在基因组位置为Chr3：4377395bp；SNP19所在基因组位置为Chr3：4377533bp；SNP20所在基因组位置为Chr3：4377543bp；SNP21所在基因组位置为Chr3：4377588bp；SNP22所在基因组位置为Chr3：4377631bp；SNP23所在基因组位置为Chr3：4377639bp；SNP24所在基因组位置为Chr3：4377863bp；SNP25所在基因组位置为Chr3：4377975bp；SNP26所在基因组位置为Chr3：4378221bp；SNP27所在基因组位置为Chr3：4382346bp；SNP28所在基因组位置为Chr3：4382418bp；SNP29所在基因组位置为Chr3：4382758bp；SNP30所在基因组位置为Chr3：4382979bp；以上SNP标记基于位置由小到大依次组成的单倍型为TTCCCACTGCTTTTGGGATGGTTCATAGTG，则认为包含的OsLG3基因有助于提高水稻抗旱性，SNP位点的物理位置是基于日本晴的全基因组序列MSU7.0版本确定。

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