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一种基于panel基因测序数据的肿瘤新抗原、筛选方法及应用 

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申请/专利权人:香港大学深圳医院

摘要:本发明公开了一种基于panel基因测序数据的肿瘤新抗原的筛选方法及应用,包括以下步骤:S1、提取血浆样本的血浆游离DNA、肿瘤样本的基因组DNA和血液白细胞样本的基因组DNA,并对提取的三种DNA进行基于panel基因的二代测序,得到测序数据;S2、将步骤S2得到的三种DNA的测序数据进行比较,得到非同义基因突变序列;S3、筛选得到HLAI类等位基因;S4、预测非同义基因突变序列与HLAI类等位基因的结合亲和力,筛选结合亲和力小于500nM的突变肽作为候选肿瘤新抗原。本发明得到的肿瘤新抗原预测可行且可靠,能改善预后评估,为传统靶向治疗或免疫治疗耐药的患者提供有希望的治疗选择。

主权项:1.一种基于panel基因测序数据的肿瘤新抗原的筛选方法,其特征在于,包括以下步骤:S1、获取肿瘤患者的肿瘤样本、血浆样本和血液白细胞样本,提取血浆样本的血浆游离DNA、肿瘤样本的基因组DNA和血液白细胞样本的基因组DNA,并对提取的三种DNA进行基于panel基因的二代测序,得到血浆游离DNA、肿瘤基因组DNA和血液白细胞基因组DNA的测序数据;S2、将步骤S1得到的血浆游离DNA和肿瘤基因组DNA的测序数据与血液白细胞基因组DNA的测序数据进行比较,然后过滤掉体细胞突变、同义突变,得到血浆游离DNA和肿瘤基因组DNA的非同义基因突变序列;S3、对步骤S1得到的血液白细胞基因组DNA测序数据进行筛选得到HLAI类等位基因;S4、根据步骤S2得到的血浆游离DNA和肿瘤基因组DNA的非同义基因突变序列与步骤S3得到HLAI类等位基因,预测非同义基因突变序列与HLAI类等位基因的结合亲和力,筛选结合亲和力小于500nM的突变肽作为候选肿瘤新抗原。

全文数据:

权利要求:

百度查询: 香港大学深圳医院 一种基于panel基因测序数据的肿瘤新抗原、筛选方法及应用

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