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申请/专利权人：上海君谊生物科技有限公司
摘要：本发明属于生物技术领域，特别涉及一种参考蛋白质数据库的构建方法，包括如步骤：S2、获取公共数据库中的SNP位点信息,对SNP位点进行筛选，得到导致编码氨基酸改变的SNP位点列表；S3、在SNP位点列表中根据样品的蛋白丰度筛选出表达量高的蛋白质的SNP位点；S4、生成筛选后的SNP位点列表对应的可遗传变异肽，将所述可遗传变异肽加入公共蛋白质数据库的参考蛋白质序列，以生成基于样品的参考蛋白质数据库，所述参考蛋白数据库包含所述可遗传变异肽。本发明的参考蛋白质数据库基于样品，从而避免错误去除蛋白质而产生的误差，提高有效数据完整性，也不会导致纳入过多的遗传变异信息造成高度冗余性。
主权项：1.一种参考蛋白质数据库的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：S2、获取公共数据库中的SNP位点信息,对SNP位点进行筛选，得到导致编码氨基酸改变的SNP位点列表；S3、在SNP位点列表中根据样品的蛋白丰度筛选出表达量高的蛋白质的SNP位点；S4、生成筛选后的SNP位点列表对应的可遗传变异肽，将所述可遗传变异肽加入公共蛋白质数据库的参考蛋白质序列，以生成基于样品的参考蛋白质数据库，所述参考蛋白数据库包含所述可遗传变异肽；其中S3包括如下步骤：S301、对样品质谱数据进行常规蛋白质组学分析得到蛋白定量信息；S302、根据蛋白定量信息，计算每个蛋白的总表达量，按表达量进行筛选，以得到基于样品的易被检测到的蛋白列表；S303、根据所述蛋白列表对SNP位点列表进行筛选，仅保留所述蛋白列表中对应蛋白的SNP位点信息；步骤S4包括如下步骤：S401、对筛选出的SNP位点列表，利用对样品处理所用的酶，对SNP位点的原始蛋白质序列和突变后的蛋白质序列进行理论酶切，比较获得两者特异性的肽段，以生成可遗传变异肽；S402、下载公共蛋白质数据库的参考蛋白质序列，将不在参考蛋白质序列中的可遗传变异肽添加到参考蛋白质序列中，以生成所述参考蛋白质数据库；将所有所述可遗传变异肽汇集为可遗传变异肽列表，所述可遗传变异肽列表中包括所述可遗传变异肽对应的SNP位点。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 上海君谊生物科技有限公司 参考蛋白质数据库的构建方法、存储介质、电子设备
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