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申请/专利权人：上海大学
摘要：本发明属于生物信息学技术领域，具体涉及一种基于单细胞测序对免疫细胞的功能性小肽进行非诊断目的筛选鉴定的方法。所述筛选方法包括以下步骤：S1、从GEO数据库中找到四套来自非小细胞肺癌样本的单细胞测序数据；S2、对上述单细胞数据进行筛选，构建单细胞基因表达矩阵，并进行细胞类型的注释和分群；S3、对过滤后的基因表达矩阵进行降维处理，根据不同T淋巴细胞的特异性表达基因，从总细胞中筛选出T淋巴细胞；本发明成功筛选出了六个与耗竭CD8+T淋巴细胞相关的长链非编码RNA，并验证了lncRNATRG‑AS1的编码功能，为理解CD8+T淋巴细胞的耗竭机制、发展新的免疫治疗策略提供线索。
主权项：1.一种基于单细胞测序对免疫细胞的功能性小肽进行非诊断目的筛选鉴定的方法，其特征在于，所述筛选方法包括以下步骤：S1、从GEO数据库中找到四套来自非小细胞肺癌样本的单细胞测序数据；S2、对上述单细胞数据进行筛选，构建单细胞基因表达矩阵，并进行细胞类型的注释和分群；S3、对过滤后的基因表达矩阵进行降维处理，根据不同T淋巴细胞的特异性表达基因，从总细胞中筛选出T淋巴细胞；S4、对选出的T淋巴细胞重新进行聚类分析；根据CD8+T淋巴细胞的特异性表达基因，从T淋巴细胞中筛选出CD8+T淋巴细胞；S5、对选出的CD8+T淋巴细胞重新进行聚类分析，根据耗竭CD8+T淋巴细胞的特异性表达基因，从CD8+T淋巴细胞中筛选出耗竭CD8+T淋巴细胞；S6、对耗竭CD8+T淋巴细胞与其他T淋巴细胞进行差异分析，筛选出在耗竭CD8+T淋巴细胞中高表达的差异表达基因，结合差异表达分析结果中的log2FC和FDR两个统计指标，鉴定出在耗竭CD8+T淋巴细胞中高表达的差异表达基因；即为长链非编码RNA。
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百度查询： 上海大学 一种基于单细胞测序对免疫细胞的功能性小肽进行非诊断目的筛选鉴定的方法
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