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申请/专利权人：浙江洛兮医学检验实验室有限公司
摘要：本发明涉及测序数据处理技术领域，公开了一种鉴别测序数据污染的评估方法，包括以下步骤：步骤1：获取同批次样本的测序数据和阴控测序数据并质控，生成微生物序列数据集；步骤2：对每个样本的微生物序列数据集进行物种比对，获取序列比对参数；步骤3：根据序列比对参数对每个样本进行序列真实性判断，获取物种比对参数；步骤4：确定疑似污染物种、疑似污染源列表与被污染列表；步骤5：根据疑似污染源列表，利用污染概率模型计算疑似污染物种在样本中污染可能性，确定污染概率。本发明可以从物种注释真实性和样本内交叉污染两个方面进行综合评估样本的污染情况，并使用污染概率模型计算样本污染可能性，为后续的病原识别提供数据支持。
主权项：1.一种鉴别测序数据污染的评估方法，其特征在于，包括：步骤1：获取同批次样本的测序数据和阴控测序数据并进行质控，生成每个样本的微生物序列数据集；步骤2：对步骤1所述每个样本的微生物序列数据集进行物种比对，获取序列比对参数kmer占比和Unique占比；步骤3：根据步骤2所述物种的序列比对参数对每个样本进行序列真实性判断，确定假阳性比对结果并获取每个样本的真实物种序列集合及其物种比对参数，所述物种比对参数包括：基因组覆盖度、相对丰度、序列数和标准序列数；步骤4：对步骤3所述真实物种序列集合进行疑似污染物种、疑似污染源列表与被污染列表确定；步骤5：根据步骤4所述疑似污染源列表，计算疑似污染物种在疑似污染源列表和被污染源列表中的基因相似度，并利用污染概率模型计算被疑似污染源列表中每个样本污染的可能性，确定污染概率。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 浙江洛兮医学检验实验室有限公司 一种鉴别测序数据污染的评估方法
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