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申请/专利权人：弈芯科技(杭州)有限公司;浙江工业大学

摘要：本申请公开了一种分子动力学模拟方法及装置，采用Hierarchy结构构建待模拟的分子体系，通过Hierarchy结构包括的单元之间距离的判断，对于距离范围内的每个单元本身进行数据更新，同时往更高层进行数据迭代，一直到Hierarchy结构的顶层的完整更新，减少了对很多相互之间不影响的原子间的作用力的判断，提升了运算效率。

主权项：1.一种分子动力学模拟方法，其特征在于，包括：采用层次结构构建待模拟的分子体系；其中，层次结构是树状结构，在树状结构中，有一个根节点和分支出多个子节点，每个子节点可以有自己的子节点；层次结构的顶层包括由一个或一个以上单元组成的待模拟的分子体系的所有信息；层次结构的最底层包括根据模拟精度确定的基本元素的信息；在层次结构的顶层与最底层之间，包括根据待模拟的分子体系的化学结构分解的一层或一层以上中间层，每个中间层包括一个或一个以上单元；所述层次结构的所述中间层通过聚类算法获得；遍历构建得到的层次结构，将层次结构的每一个基本元素作为当前目标基本元素，分别计算与当前目标基本元素的距离在预设距离内的层次结构中其他每个基本元素对当前目标基本元素的作用力并累加；根据累加得到的作用力获取当前目标基本元素的状态信息，返回所述遍历构建得到的层次结构的步骤，直至遍历完层次结构的所有基本元素；判断是否满足预先设置的结束条件，如果满足结束条件，结束；如果不满足结束条件，返回所述遍历构建得到的层次结构的步骤；其中，所述计算与当前目标基本元素的距离在预设距离内的层次结构中其他每个基本元素对当前目标基本元素的作用力并累加，包括：在所述当前目标基本元素所在单元内，遍历该单元的分解结构，至上而下查找其他基本元素；每次找到其他基本元素，判断此次找到的其他基本元素与所述当前目标基本元素的距离是否小于预设距离，计算与所述当前目标基本元素的距离在预设距离内的此次找到的其他基本元素对所述当前目标基本元素的作用力；直到对所述当前目标基本元素所在单元遍历完成，将得到的作用力进行累加，得到第一累加作用力；在所述当前目标基本元素所在层的其他与所述当前目标基本元素的距离小于预设距离的每个单元内，分别遍历该单元的分解结构，至上而下查找其他基本元素；每次找到其他基本元素，判断此次找到的其他基本元素与当前目标基本元素的距离是否小于预设距离，计算与所述当前目标基本元素的距离在预设距离内的此次找到的其他基本元素对所述当前目标基本元素的作用力；直到对所述当前目标基本元素所在层的其他每个单元均遍历完成，将得到的作用力进行累加，得到第二累加作用力；在所述当前目标基本元素所在层之上直至所述顶层的每一层中与所述当前目标基本元素的距离小于预设距离的每个单元内，分别遍历该单元的分解结构，至上而下查找其他基本元素；每次找到其他基本元素，判断此次找到的其他基本元素与当前目标基本元素的距离是否小于预设距离，计算与所述当前目标基本元素的距离在预设距离内的此次找到的其他基本元素对所述当前目标基本元素的作用力；直到对所述当前目标基本元素所在层之上直至所述顶层的每一层的每个单元均遍历完成，将得到的作用力进行累加，得到第三累加作用力；累加所述第一累加作用力、所述第二累加作用力和所述第三累加作用力，得到与所述当前目标基本元素的距离在预设距离内的所述层次结构中其他每个基本元素对所述当前目标基本元素的作用力。

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