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申请/专利权人：深圳市新合生物医疗科技有限公司

摘要：本发明提供一种计算肿瘤新抗原负荷的方法及系统，其中方法包括：步骤S1：整合样本正常及肿瘤数据，对特定区间进行测序并检测样本的体细胞突变；步骤S2：对体细胞突变进行注释过滤，并进行翻译得到患者的突变多肽序列；步骤S3：根据样本正常蛋白质组，过滤突变多肽序列，得到新多肽序列；步骤S4：根据样本正常比对数据进行人类白细胞抗原分型分析，得到样本的HLA基因型；本发明的计算肿瘤新抗原负荷的方法，对每一个预测的新抗原进行权重打分，考虑到突变质量、突变频率以及亲和力高低等不同维度信息，能够区别高质量和低质量的新抗原，从而得到一个更能反应样本真实肿瘤新抗原负荷的数值。

主权项：1.一种计算肿瘤新抗原负荷的方法，其特征在于，包括：步骤S1：整合样本正常及肿瘤数据，对特定区间进行测序并检测样本的体细胞突变；步骤S2：对所述体细胞突变进行注释过滤，并进行翻译得到患者的突变多肽序列；步骤S3：根据样本正常蛋白质组，过滤所述突变多肽序列，得到新多肽序列；步骤S4：根据样本正常比对数据进行人类白细胞抗原分型分析，得到样本的HLA基因型；步骤S5：预测所述新多肽序列与所述HLA基因型的亲和力，得到样本的特异性新抗原；对每一个所述特异性新抗原进行权重打分并计算样本的肿瘤新抗原负荷TNB；其中，所述步骤S2：对所述体细胞突变进行注释过滤，并进行翻译得到患者的突变多肽序列，包括：步骤S201：对所述体细胞突变进行注释及过滤，包括去除同义突变、内含子突变；步骤S202：对过滤后的所述体细胞突变进行蛋白质翻译，得到样本的突变蛋白质组；步骤S203：以预设长度，对样本的突变蛋白质组进行切割，得到包含突变位点的样本的候选抗原肽段；所述候选抗原肽段为所述突变多肽序列；结合S202步得到的突变蛋白序列再结合突变氨基酸位置，以一系列特定长度，对突变蛋白序列进行滑窗处理，得到候选新抗原肽段的集合；其中，所述步骤S3：根据样本正常蛋白质组，过滤所述突变多肽序列，得到新多肽序列，包括：步骤S301：对样本的正常基因组进行翻译，得到样本的正常蛋白质组；步骤S302：对所述候选抗原肽段，在所述正常蛋白质组中进行查找，过滤正常蛋白质组中存在的部分，得到样本的候选新抗原肽；其中，所述步骤S5：预测所述新多肽序列与所述HLA基因型的亲和力，得到样本的特异性新抗原；对每一个所述特异性新抗原进行权重打分并计算样本的肿瘤新抗原负荷TNB，包括：步骤S501：对所述候选新抗原肽与所述HLA基因型进行亲和力预测，得到样本的特异性新抗原；对步骤S3获得的候选新抗原肽，分别进行I型及II型HLA分型亲和力的预测；步骤S502：基于突变注释信息、突变频率信息、与HLA基因型亲和力信息，对所述特异性新抗原进行权重计算，得到每一条所述特异性新抗原的权重值；结合前述步骤产生的突变频率信息、突变过滤信息、新抗原与HLA亲和力强弱信息，计算每个新生抗原的权重；将新抗原不同特性的分值进行综合计算，得到每一条新抗原的权重分数；步骤S503：对每一条所述特异性新抗原的权重值进行累计，完成样本的肿瘤新抗原负荷TNB的计算；对样本所有新抗原的权重分数进行综合计算，得到样本肿瘤新抗原负荷数。

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