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一种构建重组质粒对样本中真菌进行绝对定量的方法 

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申请/专利权人:贵州茅台酒股份有限公司

摘要:本申请属于生物工程领域,具体涉及一种构建重组质粒对样本中真菌进行绝对定量的方法。方法包括先获得待测样本中真菌的种类,然后以这些真菌的ITS2基因分别构建重组质粒,最后将这些重组质粒进行混合并以混合质粒中各重组质粒的的reads数为依据直接计算得到各真菌在待测样本中的浓度,避免了微生物计数的步骤,操作更为简便,利用本发明的方法对样本中真菌进行绝对定量的目的性较强、准确性较高。

主权项:1.一种对样本中的真菌进行绝对定量的方法,其特征在于,包括以下步骤:S1、提取待测样本的基因组DNA;S2、对步骤S1提取的基因组DNA进行测序,获得样本中真菌种类;S3、向待测样本中加入内参,所述内参的序列如SEQIDNO.:1所示,加入内参至内参的浓度为1×107copiesmL;S4、将待测样本中在步骤S2测得的各真菌的ITS2分别导入质粒中,构建携带真菌ITS2基因的重组质粒;S5、将步骤S4构建的各重组质粒与步骤S3所述的内参按照数量比等比例混合,得到混合物,混合物中各重组质粒和内参的含量均为1×107copiesg;S6、检测:S6.1、检测S3制备的含有内参的待测样本的以下参数:含有内参的待测样本中此真菌的reads数R1,和含有内参的待测样本中内参的reads数R2;S6.2、检测S5制备的混合物中的以下参数:携带某真菌ITS2基因的重组质粒在混合物中的reads数r1,和内参在混合物中的reads数r2;S7、计算步骤S2测得的各真菌在待测样本中的浓度,计算公式为:样本中某一真菌的浓度=(R1R2)×某一真菌的矫正因子;某一真菌的矫正因子=携带此真菌ITS2基因的重组质粒在混合物中的浓度c×(r1r2);所述真菌选自库德里阿兹氏毕赤酵母(Pichiakudriavzevii)、胶红酵母(Rhodotorulamucilaginosa)、异常威克汉姆酵母(Wickerhamomycesanomalus)、扣囊复膜酵母(Saccharomycopsisfibuligera)、德尔布有孢圆酵母(Torulasporadelbrueckii)、小孢根霉(Rhizopusmicrosporus)、酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)、宛氏拟青霉(Paecilomycesvariotii)和粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomycespombe)中的至少一种;所述步骤S4中的IT2的序列如SEQIDNO.:4-12中的至少一种所示;所述样本为大曲。

全文数据:

权利要求:

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