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申请/专利权人：浙江工业大学
摘要：一种基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法，从待精修的RNA三维结构和对应的冷冻密度图出发，将待精修的结构拟合到密度图中，并选择拟合最好的一个结构；然后，根据键长、键角、二面角、LJ势、电子势、氢键和密度图能量项来计算RNA结构的能量，并根据L‑BFGS算法对RNA结构进行精修；最后，选择能量最低的结构作为最终的精修结构。本发明提供了一种精度较高的基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法，结合理化力场和冷冻电镜数据构建总能量模型，并采用L‑BFGS对原子位置进行优化。
主权项：1.一种基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：1输入待精修RNA的三维结构和其对应的冷冻电镜密度图；2设置参数：L-BFGS模拟次数N1，REMC中的温度Tmax、Tmin、副本交换次数Ns和副本交换频率Nsp，能量函数中的各个能量项权重w1、w2、w3、w4；3通过REMC将初始结构拟合到密度图中；4对步骤3中选择的副本结构进行原子级结构精修；5选择L-BFGS生成的构象中能量最低的构象作为最终结构。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 浙江工业大学 一种基于冷冻电镜密度图的RNA结构精修方法
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