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申请/专利权人：国科温州研究院(温州生物材料与工程研究所)
摘要：本发明提供一种预测蛋白质的多个构象及构象转变路径的方法，包括获取氨基酸序列及其完整的MSA，并预测出基态构象；对完整的MSA进行过滤处理；对基态构象进行能量阻挫分析，以得到高阻挫的氨基酸位点以及每个氨基酸在预定范围内高阻挫的天然接触的密度分数；将过滤处理后的MSA中的每一条序列均映射到基态构象上并进行结构优化，且进一步结合高阻挫天然接触的密度分数，计算出相对总能量及能量总和；根据相对总能量及能量总和，构建二维能量坐标系进行映射以选出MSA子集，根据氨基酸序列和所选MSA子集，预测出亚稳态构象。实施本发明，不仅能预测蛋白质的多个构象，还能预测构象间的转变路径，克服了只能预测蛋白质的单一构象的问题。
主权项：1.一种预测蛋白质的多个构象及构象转变路径的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：获取目标蛋白的氨基酸序列及其完整的多序列比对信息MSA，并通过AlphaFold2中预测出目标蛋白的基态构象；对目标蛋白完整的MSA进行过滤处理；对所述基态构象进行局域阻挫分析，以分别计算出每一对天然接触的氨基酸对的阻挫分数和每个氨基酸的平均阻挫分数，且进一步筛选出高阻挫的氨基酸位点以及每个氨基酸在预定范围内高阻挫的天然接触的密度分数；其中，所述高阻挫用于表征阻挫分数大于第一预设阈值的特性；将过滤处理后的MSA中的每一条序列均映射到所述基态构象上并进行结构优化，以得到结构优化后的基态构象，且进一步结合高阻挫天然接触的密度分数，计算出所述结构优化后的基态构象下每一条序列相对于目标蛋白的氨基酸序列的相对总能量以及高阻挫氨基酸位点相对的能量总和；根据所计算出的相对总能量以及高阻挫氨基酸位点相对的能量总和，构建二维能量坐标系，并将所获取的MSA中每一条序列均映射到所述二维能量坐标系中，以选出满足预定条件的序列形成为一个MSA子集，且进一步根据目标蛋白的氨基酸序列和所选MSA子集，通过AlphaFold2预测出目标蛋白的亚稳态构象。
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权利要求：
百度查询： 国科温州研究院(温州生物材料与工程研究所) 一种预测蛋白质的多个构象及构象转变路径的方法
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