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申请/专利权人：国家超级计算无锡中心
摘要：本发明提供的一种TIP4P水模型的分子动力学模拟并行计算方法，涉及并行计算领域，包括：初始化邻近原子对的邻接表，计算所有氧原子对应的氢原子坐标和虚电荷坐标；将原子的坐标、电荷量和原子类型封装成一个数据结构，并将该类型的数据存储在数组中；将数组加载至LDM共享空间内；将邻接表内的原子根据当前进程待计算的总原子数和从核数分割为若干个原子集合；建立三层循环遍历邻接表，外层循环遍历从核所分配到的原子集合，中间层循环遍历原子集合中的原子，内层循环则针对该原子遍历其所有邻居原子，从核从LDM共享空间内读取数组中的原子数据，并进行静电相互作用力和Lennard‑Jones势的计算。本发明能够解决现有技术在模拟TIP4P力场时，LDM频繁与主存进行数据交换，降低整体执行效率的问题，实现优化算法中数据依赖和条件分支，提高势能计算效率，减少离散访存，提升并行计算的效率。
主权项：1.一种TIP4P水模型的分子动力学模拟并行计算方法，其特征在于，包括以下步骤：S101：在LAMMPS中初始化邻近原子对的邻接表，计算所有氧原子对应的氢原子坐标和虚电荷坐标；S102：将原子的坐标、电荷量和原子类型封装成一个数据结构，并将该类型的数据存储在数组中，数组存储于主存上；S103：将主存中的数组加载至LDM共享空间内；S104：将邻接表内的原子根据当前进程待计算的总原子数和从核数分割为若干个原子集合；建立三层循环遍历邻接表，外层循环遍历从核所分配到的原子集合，中间层循环遍历原子集合中的原子，内层循环则针对该原子遍历其所有邻居原子，从核从LDM共享空间内读取数组中的原子数据，并进行静电相互作用力和Lennard-Jones势的计算。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 国家超级计算无锡中心 一种TIP4P水模型的分子动力学模拟并行计算方法
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