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申请/专利权人：中国农业科学院作物科学研究所

摘要：本发明公开一种检测生物种群间的基因组渗入的方法、系统及电子设备和存储介质，本发明基于PGS算法利用全基因组变异图谱，针对待测生物种群与2个的目标生物种群之间单个SNP变异位点的遗传相似性，并在整个基因组范围通过滑窗法就待测生物种群与两个目标生物种群之间的SNP位点遗传相似性差异进行统计分析，根据显著性检验结果，判断窗口相似性显著较高的片段为待测生物种群中的目标生物种群的渗入片段，操作简单，时间短，准确率及其效率高，为生物种群之间的基因渗入提供新的技术思路。

主权项：1.一种检测生物种群间的基因组渗入的方法，其特征在于，其包括如下步骤：S1：获得待测生物种群和2个目标生物种群的遗传信息，两个目标生物种群分别为目标生物种群A和目标生物种群B；所述遗传信息包括全基因组的SNP变异图谱；S2：根据步骤S1的SNP变异图谱对SNP变异位点进行过滤，获得高缺失率、最小等位基因频率符合设定阈值的SNP变异位点；S3：分别对待测生物种群与目标生物种群A之间、待测生物种群与目标生物种群B之间就步骤S2经过过滤后的每一个SNP变异位点进行遗传相似性分析；S4：根据步骤S3所获得的单个SNP遗传相似性结果，在全基因组范围对固定长度的滑窗的所有SNP位点，计算滑窗内的S3所获得的SNP遗传相似性的平均值，并且对滑窗内的SNP遗传相似性通过秩和检验进行假设检验，分析滑窗内待测生物种群与目标生物种群A和目标生物种群B的相似性之间的差异显著性，根据假设检验结果，判定窗口是否为待测生物种群所对应的目标生物种群的渗入区段：如某一窗口内待测种群与目标生物种群B之间的相似性显著高于待测种群与目标生物种群A之间的遗传相似性，则判定该窗口为待测生物种群中的目标生物种群B的渗入区段；如某一窗口内待测生物种群与目标生物种群A之间的相似性显著高于待测生物种群与目标生物种群B之间的遗传相似性，则判定该窗口为待测生物种群中的目标生物种群A的渗入区段；如某一窗口内待测生物种群与目标生物种群A和目标生物种群B之间的遗传相似性之间的相似性没有显著性差异，则判定为混合区段；为增强统计结果的可靠性，若某一滑窗内的SNP个数小于设定阈值，则判定该滑窗为缺失结果。

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