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申请/专利权人：江苏集萃药康生物科技有限公司

摘要：本发明属于近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域，涉及一组用于BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用。该SNP位点包括11个针对BALBc品系的特异性识别位点、73个识别除BALBc外某品系的特征位点以及12个通用性位点，综合96个SNP位点结果，能够精确反映被试小鼠个体与特定小鼠近交系背景的吻合程度，全面地检测被试小鼠个体基因组的遗传性状及变异情况，实现小鼠遗传质量状态监控及实验稳定性质量监控。本发明还对SNP引物在后续检测中进行了反应条件优化，确保检测灵敏、特异、高效。

主权项：1.一组用于BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点如下： 其中，BALBc品系特异性识别位点标为“特异位点”，识别除BALBc外某品系的特征位点标为“*”，通用性位点未加备注。

全文数据：一组用于BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用技术领域本发明属于近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域，特别涉及一组用于BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合。背景技术用于实验动物遗传背景质量控制检测的方法主要有3类：生化标记分析法、微卫星DNA、SNP单核苷酸的多态性检测等。目前国际所规定的遗传检测方法是生化标记分析法，这一方法是检测同工酶或异构蛋白酶的变化来推测相应的基因变化；使用此方法进行检测，存在准确度低、灵敏度低、检测位点有限、反映遗传概貌有限等方法缺陷。分子遗传标记可以对实验动物进行更精细的基因分析，是一种更加完善的实验动物质量检测手段；其中SNP检测作为分子遗传标记的有效技术手段，在基因组水平上检测由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，即SNP所表现的多态性。这一方法可以监测到单个碱基的变异，具有密度高、代表性强、遗传稳定性等特点，能够全面地反映被试个体基因组的遗传及变异情况。KASP法是竞争性等位基因特异性PCRKompetitiveAlleleSpecificPCR的简称，该方法在高灵敏度荧光检测的基础上，对目标SNPs进行双等位基因的精准分型。与传统Taqman荧光标记技术不同的是，此种方法无需对靶点即特异性引物探针进行标记，不需要根据每个SNP位点合成特异的荧光引物，其独特的ARMPCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，大大降低了实验成本。优化的PCR体系可满足不同位点高通量反应的需求，既有金标准的准确，又降低了使用成本，保持了高通量检测的便利，比Taqman具有更好的位点适应性。KASP技术将传统检测等位基因的2个反应合成了1个反应，成本更低。SNPs检测不但弥补了传统检测流程需要完成PCR、切胶回收、测序比对等复杂流程耗时较长的缺点，而且大大节省了测序的费用，实现了成本的有效控制。中国专利ZL2018104752119，一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法和SNP位点及其引物，该专利提供了一种SNP快速检测方法，但是该方法无法针对性地确定某个品系如BALBcJ小鼠的SNP检测位点；此外关于同一个位点可以有很多不同的引物，即使确定了位点，也不能保障后续的引物都可以正常应用，更不能保证检测结果特异且检测信号好，所以得到引物后续反应条件也需要进一步的优化。此外，关于特定品系的特异性位点无法提供备选引物。发明内容针对现有技术中存在的缺点与不足，本发明提供了一组用于BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用，在全基因组范围内，针对特定近交系小鼠品系BALBcJ的遗传多态性展开检测；在这一检测组合中，每一个检测点都能分别检测出样本与两个特定小鼠品系是纯合，杂合或无关联性检测阴性；且检测的各样本点均匀分布于特定近交系小鼠的基因组中。综合96个位点结果，能够精确反映被试小鼠个体与特定小鼠近交系背景的吻合程度，全面地检测被试小鼠个体基因组的遗传性状及变异情况，从而建立一种高效快速检测实验动物遗传稳定性的方法，实现小鼠遗传质量状态监控及实验稳定性质量监控。本发明在全基因组范围内筛选出了一套高效、特异性的BALBcSNP位点组合共96个位点及其引物，可用于快速检测BALBc近交系小鼠的遗传背景，并对相关品系遗传质量状态进行监控。本发明建立了一种高效、特异性的SNP位点组合，可用于快速检测BALBcJ近交系小鼠的遗传背景，以及监控遗传质量状态。本发明的目的在于提供一种近交系遗传质量监控的SNP位点。本发明的目的在于提供一种近交系遗传质量监控的SNP位点引物。本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：一组用于BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点如下：其中，BALBc品系特异性识别位点标为“特异位点”，识别除BALBc外某品系的特征位点标为“*”，通用性位点未加备注。一组用于上述的BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合，如SEQIDNO.1至SEQIDNO.288所示。一组用于上述的BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合，包括1BALBc品系特异性识别位点的备选引物序列如SEQIDNO.1至SEQIDNO.33所示；2识别除BALBc外某品系的特征位点的引物序列如SEQIDNO.70至SEQIDNO.288所示；3通用性位点的引物序列如SEQIDNO.34至SEQIDNO.69所示。本发明还公开了所述的BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点在遗传质量监控中的应用。本发明进一步公开了一种BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP检测方法，是：使用SNP位点的引物组合对样本SNP进行扩增，扩增产物根据样本SNP模板的碱基组成，分别显示两组不同信号并可被仪器检出，综合全部位点信号，对样本的遗传背景进行鉴定，如果样本遗传质量出现杂交污染，可进一步对检测结果进行比对，识别可能的污染源杂交背景；对SNP位点的引物组合扩增的反应条件如下：本发明具有的有益效果如下：本发明使用的BALBcJSNPpanel共含有96个位点，除用于BALBcJ品系常规遗传质量监控外，可用于与129S1SvImJ、AJ、C57BL6J、CBACaJ、DBA1J、FVBNJ、NODLtJ品系的区分，同时，用于相关突变品系的常规遗传质量监控。本发明的SNP分型方案仅需要96个SNP位点即可用于BALBcJ近交系小鼠的遗传质量监控。本方法无需对靶点即特异性引物探针进行标记，不需要根据每个SNP位点合成特异的荧光引物，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增；对目标SNPs进行双等位基因分型，将传统检测等位基因的2个反应合成了1个反应，操作简便、成本降低。对BALBcJ近交系小鼠的常规质量监控具有重要的意义。附图说明图1为位点rs3023718在引物优化前进行基因型归属检测结果示意图；图2为位点rs3023718在引物优化后进行基因型归属检测结果示意图；图3为位点rs3023766在引物优化前进行基因型归属检测结果示意图；图4为位点rs3023766在引物优化后进行基因型归属检测结果示意图。具体实施方式下面结合附图和实施例对本发明做进一步的说明。实施例1：SNPpanel设计1、确定SNPpanel中包含的近交品系确定7个近交系来建立BALBcJ近交品系的SNP检测panel如表1。在后续实验中BALBcJ品系SNPpanel可用于常规SNP检测，用于与129S1SvImJ、AJ、C57BL6J、CBACaJ、DBA1J、FVBNJ、NODLtJ品系的区分，同时，可以用于相关突变品系的常规遗传质量监控。表1SNP检测panel近交系列表序号品系名称1129S1SvImJ2AJ3C57BL6J4CBACaJ5DBA1J6FVBNJ7NODLtJ2、设计用于区分BALBcJ近交系与其它品系的特异性位点组合a设计目的：用于筛选BALBcJ品系区别于前述其他品系129S1SvImJ、AJ、C57BL6J、CBACaJ、DBA1J、FVBNJ、NODLtJ的SNP位点组合，可用于常规SNP检测。b设计原则：以染色体为单位，SNP位点组合应涵盖5对及以上的染色体，且每对染色体应含有2个及以上特异性区分位点，则认为该SNP组合可以反映这一近交小鼠品系的特异性遗传特征，即可以将该品系小鼠与其它近交系进行区分。可特异性区分位点：在某一品系中，位点与其它品系位点均不相同。这一设计原则避免了单一SNP检测位点可能因某一个体的突变而丧失其特异性，导致无法与其它品系进行区分，也不能确定是遗传漂变还是品系污染。在这一设计原则下，根据具体需求，遗传质量监控的频率为1年次或以上，若出现品系污染，则最长污染周期不超过1年或相应最短监控周期，影响小鼠应不超过4代。按照F1代与其它品系配繁，后续小鼠全部与纯背景近交品系回交计算，F2代污染全部染色体，F3污染50％染色体0.15的要求。在此测试条件下，来自前述两近交系杂合小鼠的多个样品已知样本，在这一SNP位点rs3023718可被鉴定出杂合遗传背景图2，坐标：X:0.25，Y:0.20附近样本点群落。结论：优化后，该引物及测试条件可以满足这一检测位点的测试要求。2.测试例10#rs3023766：使用通用性SNP位点：位点rs3023766，通过对BALBcJ近交后代的检测，比较该SNP位点优化前后实验结果。该位点特异检测结果参见表5中所示：两组测试均使用同一组针对该位点的SNP检测引物参见表5中所示的该位点引物：本位点测试条件优化如下：测试温度从55-61℃温度区间调整为优化后的62-68℃温度区间，效果如下：未优化时，温度区间55-61℃，Hex与FAM信号即对应GC信号部分在检出限以下0.15的要求。在此测试条件下，来自前述两近交系杂合小鼠的多个样品已知样本，在这一SNP位点rs3023766可被鉴定出纯合遗传背景图4，样本点群落，坐标:X：0.35,Y：0.10附近。结论：优化后，该引物及测试条件可以满足这一检测位点的测试要求。SEQUENCELISTING江苏集萃药康生物科技有限公司一组用于BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用288PatentInversion3.3142DNA人工序列（manualsequence）1gaaggtgaccaagttcatgctgggagactcccaaggtgattc42243DNA人工序列（manualsequence）2gaaggtcggagtcaacggattcgggagactcccaaggtgatta43321DNA人工序列（manualsequence）3cgatcaggtgtcaagagtggg21445DNA人工序列（manualsequence）4gaaggtgaccaagttcatgctcttacaagcatgtccaaccactgt45544DNA人工序列（manualsequence）5gaaggtcggagtcaacggattttacaagcatgtccaaccactgc44623DNA人工序列（manualsequence）6cagttttgcatggaggaggattt23740DNA人工序列（manualsequence）7gaaggtgaccaagttcatgctgtttccctgggggcacaaa40839DNA人工序列（manualsequence）8gaaggtcggagtcaacggatttttccctgggggcacaag39922DNA人工序列（manualsequence）9gggcattcatacccttgtcaac221040DNA人工序列（manualsequence）10gaaggtgaccaagttcatgctcacagcctcaaatgcaggg401141DNA人工序列（manualsequence）11gaaggtcggagtcaacggattgcacagcctcaaatgcagga411225DNA人工序列（manualsequence）12catgcacaactactcaaaacaatca251344DNA人工序列（manualsequence）13gaaggtgaccaagttcatgcttgtgggactgttgggaataactg441444DNA人工序列（manualsequence）14gaaggtcggagtcaacggatttgtgggactgttgggaataactc441526DNA人工序列（manualsequence）15cttccacctctaccctaagatttcta261643DNA人工序列（manualsequence）16gaaggtgaccaagttcatgcttcccgcttctgtcagaacacag431743DNA人工序列（manualsequence）17gaaggtcggagtcaacggatttcccgcttctgtcagaacacaa431822DNA人工序列（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权利要求：1.一组用于BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点如下：其中，BALBc品系特异性识别位点标为“特异位点”，识别除BALBc外某品系的特征位点标为“*”，通用性位点未加备注。2.一组用于权利要求1所述的BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合，其特征在于，所述引物组合如SEQIDNO.1至SEQIDNO.288所示。3.一组用于权利要求1所述的BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合，其特征在于，所述引物组合包括1BALBc品系特异性识别位点的备选引物序列如SEQIDNO.1至SEQIDNO.33所示；2识别除BALBc外某品系的特征位点的引物序列如SEQIDNO.70至SEQIDNO.288所示；3通用性位点的引物序列如SEQIDNO.34至SEQIDNO.69所示。4.权利要求1所述的BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点在遗传质量监控中的应用。5.一种BALBcJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP检测方法，其特征在于，使用SNP位点的引物组合对样本SNP进行扩增，扩增产物根据样本SNP模板的碱基组成，分别显示两组不同信号并可被仪器检出，综合全部位点信号，对样本的遗传背景进行鉴定，如果样本遗传质量出现杂交污染，可进一步对检测结果进行比对，识别可能的污染源杂交背景；对SNP位点的引物组合扩增的反应条件如下：。

百度查询： 江苏集萃药康生物科技有限公司 一组用于BALB/cJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用