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申请/专利权人:云南中烟工业有限责任公司
摘要:本发明公开了一种基于Nanopore全长转录组测序检测口腔组织样品中复发性溃疡相关基因的方法,该方法包括以下步骤:获得口腔溃疡患者和健康人群的口腔颊部组织样本RNA数据;对样本RNA数据进行双端测序处理,得到全长转录组数据;根据相对差异表达分析,确定全长转录组特征数据;将特征数据输入预先建立的机器学习模型中进行训练,获得复发性口腔溃疡相关基因。本申请通过第三代nanopore测序,获得高质量的全长转录本,增加序列对比的准确性和可靠性;获得复发性相关基因数据更准确、全面。
主权项:1.一种基于Nanopore全长转录组测序检测口腔组织样品中复发性溃疡相关基因的方法,其特征在于,包括以下步骤:1:从口腔颊部组织样品中提取总RNA,并进行纯化;2:用nanopore对纯化后的RNA进行全长转录组测序;3:对测序后全长转录组的数据进行分析;4:利用表达定量得到的转录本在各个样品中的表达量readscount数据,使用DESeq2软件进行差异表达分析,筛选阈值为qvalue0.05且|log2FoldChange|2,最终获得复发相关性基因数据;5:对所述特征基因数据分成测试样本和训练样本,基于所述训练样本对多个分类器进行训练,得到训练后分类器;集成训练后分类器,建立预测模型。
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权利要求:
百度查询: 云南中烟工业有限责任公司 基于Nanopore全长转录组测序检测口腔组织样品中复发性溃疡相关基因的方法
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