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申请/专利权人：云南省农业科学院经济作物研究所;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所;华中农业大学

摘要：本发明公开了一种萝卜基因组特有single‑locusIP标记的开发方法及应用，该方法利用生物信息学技术，在萝卜和芸薹属作物基因组信息基础上，开发萝卜特有single‑locusIP标记；并将这些标记实际应用于萝卜‑芸薹种间杂交后代萝卜外源导入片段的鉴定中。本发明实现以萝卜为供体与芸薹属作物远缘杂交后代优良基因片段的快速鉴定，有效辅助优良基因片段的精准导入，同时对涉及的基因片段大小进行准确追踪，打破不良连锁累赘，实现种质资源的高效创制和利用。同时为杂种后代改良性状相关基因的染色体片段鉴定提供重要的数据支持。

主权项：1.一种萝卜基因组特有single-locusIP标记的开发方法，其特征在于：包括以下步骤：1萝卜基因组信息获取：获取多个萝卜品种的基因组信息；2引物设计：在Linux系统下，基于任意一种萝卜基因组注释信息与其对应的参考基因组序列信息，使用Perl语言编写脚本批量提取其所有基因内含子两侧外显子序列，生成Primer3.0所需格式文件；使用primer3_2.5.0软件批量设计引物；3电子PCR分析：执行e-pcr程序将引物和其余的萝卜基因组数据库进行电子PCR分析，生成引物电子PCR分析结果；通过韦恩图作图分析得到多个萝卜基因组共有单位点扩增的多条IP标记引物；4萝卜特有single-locusIP标记分析：利用上述多条IP标记引物，分别在甘蓝型油菜泛基因组，白菜，甘蓝，芥菜型油菜基因组进行e-PCR分析，通过软件绘制韦恩图；对电子PCR结果进行反向选择，即舍弃预期在甘蓝型油菜，白菜，甘蓝与芥菜型油菜任一参考基因组中预期有扩增的萝卜single-locusIP标记引物，最终仅保留在多个萝卜基因组中预期均扩增单一位点，同时不在甘蓝型油菜，白菜，甘蓝与芥菜型油菜任一参考基因组中预期有PCR产物的标记位点，最终得到多条萝卜基因组特有single-locusIP标记引物；5萝卜基因组特异single-locusIP特异性验证：根据多条特有single-locusIP标记引物扩增位点在萝卜基因组的分布情况，以物理间隔约为2Mb的原则，每条染色体上挑选25-30对引物；进行实际PCR扩增和琼脂糖凝胶检测，判断上述标记在实际应用中的效果；检测所用材料为来自国内外的萝卜材料、甘蓝型油菜品种、白菜品种、甘蓝、芥菜；依据验证结果，共有多对single-locusIP标记引物对为萝卜材料中特异扩增，而在油菜、白菜、甘蓝和芥菜中无扩增；以上多对single-locusIP标记引物对即为可实际应用的一套萝卜特有single-locusIP标记引物对组。

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权利要求：

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