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申请/专利权人：天津大学
摘要：本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种DNA串联重复序列的合成方法。本发明通过对目标DNA片段进行分析、拆分后，在拆分单元两侧加入特定序列获得组装单元的序列，利用GoldenGate对组装单元进行组装，实现了DNA串联重复序列的人工合成。同时通过编写python代码RepeatsAssembly，使得这一过程自动化进行。该方法大大提高了合成串联重复序列的效率，为人工合成染色体中特殊区域如着丝粒区域提供了可行的方法，为自动化合成DNA序列以及合成整个染色体基因组奠定了基础。
主权项：1.一种DNA串联重复序列的合成方法，其特征在于，包括：步骤1：分析目标DNA串联重复序列，确定重复单元的长度；步骤2：根据所述重复单元的长度确定所述DNA串联重复序列中所有的拆分位点，所述拆分位点以黏性末端表示；其中，每个拆分位点，即每两个相邻重复单元的黏性末端，由以下方法查找获得：1）、将两个相邻的重复单元定义为S1和S2，S1和S2的长度为m； 寻找S1和S2之间的差异位点，找到长度为k的黏性末端： ，，；2）、选择长度为2k的黏性末端区间，计算每个kbp黏性末端的汉明距离，得到汉明距离最大的kbp的序列作为黏性末端，当存在多个相同汉明距离时随机选择，获取黏性末端： 3）、所述步骤2）中已经获得的黏性末端在后续黏性末端的查找中不会再重复获取；4）、将所述黏性末端分配给所述两个相邻的重复单元S1和S2，获得拆分单元1和拆分单元2；5）、按照步骤1）~4）的方法，获得所述DNA串联重复序列中所有的拆分单元；步骤3：将步骤2获得的拆分单元进行分组，将每组中的每个拆分单元两侧加入特殊碱基序列，获得组装单元；所述加入的特殊碱基序列包括限制性内切酶II的保护碱基及识别序列、切割间隔碱基、限制性内切酶IIS的反向识别序列和保护碱基；步骤4：合成所述组装单元，组装，获得DNA串联重复序列。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 天津大学 一种DNA串联重复序列的合成方法
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