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申请/专利权人：西华师范大学

摘要：本发明公开了一种基于金丝猴评价人为干扰下动物栖息地健康风险方法，涉及栖息地健康风险评价技术领域。该方法包括：S1、样品采集；S2、川金丝猴肠道微生物宏基因组测序与分析；S3、野生动物栖息地土壤微生物宏基因组测序与分析；S4、川金丝猴肠道微生物PARPs与土壤微生物Mobile‑ARPGs的共线性分析；S5、人为干扰下野生动物栖息地的健康风险指数；S6、统计分析。本发明通过采用基因宏基因组测序分析，分析了野生栖息地环境中抗生素抗性基因的致病性，可移动性和对野生耐药性致病菌的共线性，综合考虑ARGs从野生动物栖息地到野生动物的可能性，有效避免了单纯从野生动物栖息地ARGs的特征出发，评价野生动物栖息地健康风险的局限性。

主权项：1.一种基于金丝猴评价人为干扰下动物栖息地健康风险方法，其特征在于，包括如下步骤：S1、样品采集川金丝猴粪便样品采集：选择保护区内未经人类干扰的野生川金丝猴群W和被人类干扰的辅助投食的川金丝猴群HD为研究对象，分别采集W和HD的粪便后置于便携式低温车载冰箱中，并加入干冰运输至检测场所；土壤样品采集：在川金丝猴的三个家域网格内的中心线上随机设置三个大样方，在每个大样方内的中心及四角各采集一份土壤样品，将每个大样方中的五份土壤样品混合均匀过筛并剔除根系和其它枯落物后，置于便携式低温车载冰箱中，并加入干冰运输至检测场所；S2、川金丝猴肠道微生物宏基因组测序与分析对采集到的W和HD的粪便样品进行宏基因组测序；S3、野生动物栖息地土壤微生物宏基因组测序与分析对采集到的土壤样品进行宏基因组测序；S4、川金丝猴肠道微生物PARPs与土壤微生物Mobile-ARPGs的共线性分析利用Mauve软件对土壤中的Mobile-ARPGs的非冗余基因集与川金丝猴肠道微生物中潜在的耐药性致病菌的微生物宏基因组草图的非冗余基因分别进行共线性分析；S5、人为干扰下野生动物栖息地的健康风险指数当野生动物栖息地中Mobile-ARPGs丰度在总的ARGs的丰度中所占的比例越高，栖息地中生活的野生动物肠道微生物潜在的耐药性致病菌的丰度越高，野生动物栖息地中Mobile-ARPGs与野生动物肠道微生物潜在的耐药性致病菌的共线率越高，人为干扰下野生动物栖息地对野生动物的健康风险越大；S6、统计分析利用EmEditor软件完成宏基因组测序数据的序列统计和数据库比对结果筛选，利用Mauver软件进行基因的共线性分析，利用IBMSPSS软件完成数据的方差分析；所述步骤S5中人为干扰下野生动物栖息地的健康风险按照如下公式计算：HRhabitat＝CPARPs×Ratem×Ratec式中，HRhabitat为野生动物栖息地的健康风险，CPARPs为PARPs组装上的contigs的总数量，Ratem为野生动物栖息地土壤中Mobile-ARPGs的相对丰度，Ratec为野生动物栖息地土壤中Mobile-ARPGs与野生动物肠道微生物中潜在的耐药性致病菌的共线率；所述Ratem按照如下公式计算：Ratem＝TAmTA×100％；式中，TAm为野生动物栖息地土壤中Mobile-ARPGs基因数量总和，TA为野生动物栖息地中土壤微生物ARGs的基因数量总和；所述Ratec按照如下公式计算：Ratec＝TAcTAm×100％；式中，TAm为野生动物栖息地土壤中Mobile-ARPGs基因数量总和，TAc为野生动物栖息地土壤中与川金丝猴肠道微生物中潜在的耐药性致病菌共线的Mobile-ARPGs基因数量总和。

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