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申请/专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
摘要：本发明公开了一种多来源单细胞转录组数据细胞轨迹分析方法，涉及生物信息技术领域。包括以下步骤：S1，对不同来源的单细胞转录组数据进行归一化，筛选高变基因，并通过标准化第一次消除批次效应；S2，合并不同来源的单细胞转录组数据，并基于PCA降维和最大多样性聚类对细胞进行分群，采用CCA算法获得矫正因子矩阵，并使用所述矫正因子矩阵第二次消除批次效应；S3，构建细胞分化轨迹。本发明能降低对单细胞转录组数据的来源一致性要求，允许多种数据来源的单细胞转录组数据共同进行轨迹分析。
主权项：1.一种多来源单细胞转录组数据细胞轨迹分析方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，对不同来源的单细胞转录组数据进行归一化，筛选高变基因，并通过标准化第一次消除批次效应；S2，合并不同来源的单细胞转录组数据，并基于PCA降维和最大多样性聚类对细胞进行分群，采用CCA算法获得矫正因子矩阵，并使用所述矫正因子矩阵第二次消除批次效应；S3，构建细胞分化轨迹；所述标准化的方法如下：使用Seurat的ScaleData函数对筛选出高变基因的归一化表达谱按照来源逐个进行标准化，将各个来源的基因表达量矫正至平均值为0，标准差为1；所述采用CCA算法获得矫正因子矩阵的方法如下：按细胞群和来源各自计算其质心表达谱；将同一来源的质心表达谱合并成一个矩阵；使用CCA算法计算不同来源的质心表达谱中各个基因的权重，所述各个基因的权重作为矫正因子，构成对应来源的矫正因子矩阵；所述质心表达谱的计算方法如下：取相同来源、相同细胞群的细胞，计算每个基因的表达量平均值，即为质心表达谱；使用所述矫正因子矩阵第二次消除批次效应的方法如下：按照来源，将步骤S1中标准化后的归一化表达谱与对应的矫正因子矩阵相乘得到矫正表达谱，并对各来源的矫正表达谱进行合并。
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百度查询： 杭州联川生物技术股份有限公司 一种多来源单细胞转录组数据细胞轨迹分析方法、介质和设备
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