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申请/专利权人：复旦大学附属中山医院
摘要：本发明提供一种预测T1期结直肠癌淋巴结转移的方法和系统，以石蜡包埋组织切片为样本，利用液相色谱串联质谱，获取T1期结直肠癌淋巴结转移患者的蛋白质表型并建立基于蛋白质组学的诊断淋巴结转移模型，本发明相对于传统预测方式具有预测准确性高，有效减少非必要补救手术的优势。能针对每一病理给出一个淋巴结转移概率，更有利于精准治疗。
主权项：1.一种T1期结直肠癌淋巴结转移预测方法，其特征在于，包括：S1，样本选择，基于肿瘤组织切片的石蜡样本，建立训练集和验证集，进行蛋白质组学分析；S2，样本制备和质谱分析，将石蜡样本进行除蜡裂解、洗涤、洗脱后，进行梯度分离，通过检索比对完成蛋白质的鉴定；S3，选取蛋白质标记物，分析蛋白质标记物的表达量，选取有效鉴定蛋白；S4，建立预测模型，将训练集的蛋白质标记物分为淋巴结转移组和无淋巴结转移组，基于lasso算法训练预测模型，根据最优化的正则参数λ调整预测准确率；预测模型基于Lasoo算法建立，通过L1惩罚对自变量的系数进行压缩，使作用较小的自变量系数压缩为0，筛选出重要变量，即选择合适的正则化参数λ时，非0系数的参数选入最终模型；在所述步骤S2中，还包括：S201，取10μm石蜡样本加裂解液200μl，冰上研磨4分钟后补充SDS试剂至浓度到4％；S202，将样本在99℃下煮沸30分钟，随后以12000g离心5分钟，取上清后沉淀补充SDS试剂，重复S202步骤两次，每次煮沸时间为1小时和2小时；S203，将上清混匀，加1ml丙酮在-20℃下沉淀过夜，随后用丙酮清洗沉淀两遍，风干；S204，将样品复溶沉淀，以12000g离心半小时，用50mM碳酸氰胺将尿素排净；S205，加37℃下进行酶解4小时后加酶2.5μg，继续酶解18个小时，最后加入200μl蒸馏水，洗脱两遍后风干；S206，将样品溶解在缓冲液中上样，在75分钟的梯度内分离。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 复旦大学附属中山医院 一种T1期结直肠癌淋巴结转移预测方法和系统
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