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申请/专利权人：浙江大学;杭州种业集团有限公司

摘要：本发明公开了一套用于鉴定杭玉甜12玉米品种的InDel分子标记及其应用，属于玉米品种鉴定技术领域。所述InDel分子标记为InDel01～Indel45位点。本发明通过对玉米品种杭玉甜12、父母本双亲以及对照品种的基因组DNA进行测序，与参考基因组B73‑V5相比较，筛选获得杭玉甜12的特异性InDel标记。根据每个位点设计引物，利用PCR扩增的方法，筛选出特异性强、重复性高、结果稳定的位点引物组，核苷酸序列如SEQIDNO.1～90所示。所述引物组能快速、准确地对杭玉甜12品种进行鉴定。

主权项：1.InDel位点检测试剂在鉴定杭玉甜12品种中的应用，其特征在于，所述试剂用于检测如下Indel01～Indel45位点，所述Indel01位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的4360075位存在TAAATTGGGTTGCTGAGCAAAAAAACACGACTAAGTGTATAGATGAGCACACCACCAAAACTAAGGGCACCAATTTAAAAAATCC片段的缺失；所述Indel02位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的5841150位存在CACATCGCTGCAGCATATTCAGACA片段的缺失；所述Indel03位点位于B73-V5基因组中第2号染色体的14712064位存在ATGTAAACTTCAACATAACAGTATCTCCACA片段的缺失；所述Indel04位点位于B73-V5基因组中第2号染色体的20787405存在GGGGTGTGGCTCTGGCTGGCTGCACGACGTG片段的缺失；所述Indel05位点位于B73-V5基因组中第3号染色体的28965034位存在ATATTTAGCGTACCATAGACATAAAGTAGTACA片段的缺失；所述Indel06位点位于B73-V5基因组中第3号染色体的54369454位存在AAAGGTAGCTAAACTTTAGCATAACCAA片段的插入；所述Indel07位点位于B73-V5基因组中第5号染色体的43845588位存在GTCTTCCTATTCCACAACTCATATGTT片段的缺失；所述Indel08位点位于B73-V5基因组中第5号染色体的47916291位存在AAACCAATTCATGAAATCAGAAATTAGAGATACAAACCAGACACACTCAACAGCAATATCACTGC片段的缺失；所述Indel09位点位于B73-V5基因组中第6号染色体的46503106位存在AAAAATAATGCAAGTTTATAAAACTTTGGTCTAGATTGCAGTGTCAATACTTC片段的缺失；所述Indel10位点位于B73-V5基因组中第4号染色体的13500070位存在GTTCTAACTATATAGCCATTACAACATATGTGGTGGTGTGTGTCGCTATCTAGCACC片段的缺失；所述Indel11位点位于B73-V5基因组中第4号染色体的56174506位存在TTATTCAAAGAAAATCGTGAGTTACCAT片段的缺失；所述Indel12位点位于B73-V5基因组中第5号染色体的149185395位存在TCTAGATAGGTTTTAAAATATTTAGACCAATTGTGAAGTCAATTTGGATGGAAAGTGTGG片段的缺失；所述Indel13位点位于B73-V5基因组中第5号染色体的192895456位存在TGGCTGCTCGTATTTGTCACATCTGGATCTGGCAATTCCTTTGCCTTCTTTGCATCTTCA片段的缺失；所述Indel14位点位于B73-V5基因组中第8号染色体的4798764位存在TATTTGGAAAAACTAACTAGAGTAGTTTTTTCCATGAAC片段的插入；所述Indel15位点位于B73-V5基因组中第9号染色体的11464177位存在GTAGAAGCTATTATAAAGATGCAAGCACGTATGCC片段的插入；所述Indel16位点位于B73-V5基因组中第7号染色体的123463950位存在TATCCTCCTTACACTTAACTGGTACTTCTAACGAAAGTTCACCCAGATTAGTTTGTATTCCAG片段的缺失；所述Indel17位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的5113131位存在TTAGTGAATACTGCCTTCAACAGCTAGAGC片段的缺失；所述Indel18位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的17954200位存在CAGTATGTTCTAAAAATGGAATTGTAACAGGAGATTACTAGAAACAAAATGATTCT片段的插入；所述Indel19位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的23270779位存在AAAGATAGCAAGCATAACATAGGCTCCAT片段的插入；所述Indel20位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的38736249位存在ATGGGCGCCTTGGGGGTGCCTCCTTGTCAACATTGACAATGAGTAGCTTGTTCGTCACCTCCTCCATGAGTTTCAGG片段的缺失；所述Indel21位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的87221658位存在TGTTTGTGTTTGCCTGTTTGCACAAGTAGCTGCACATCACCCC片段的插入；所述Indel22位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的91714796位存在CTTTATTTTTTCTCCTACCATGGCCTGAACTTGTTGGGCATTGGGCATATTTCTAATTGTTGTGTGCATTTCGAGCTTGTTTTA片段的插入；所述Indel23位点位于B73-V5基因组中第2号染色体的9873134位存在AATTCAGCGAGCACACACACACGCACACACACACAAAAAAAAGTTGCTCCTAGT片段的缺失；所述Indel24位点位于B73-V5基因组中第2号染色体的10040048位存在CGCAAGGGAAATCAAGGAGCACTGGGGAGAGGGAAGGATGTGA片段的插入；所述Indel25位点位于B73-V5基因组中第2号染色体的23631306位存在TGCCCAGACTCTCGTTATGTGGTTATTACTGTGCAGGGGTGACAAAATTC片段的缺失；所述Indel26位点位于B73-V5基因组中第3号染色体的11057298位存在TCGCTTGTGCGGTGACGACGCCGATGAGTGCCGTCGTCGATCGGTGACCTCGGGACGTCGGGGGAGGACC片段的缺失；所述Indel27位点位于B73-V5基因组中第4号染色体的11014196位存在GAGCACAAAGTTAGCCAATGTGTCATTCGAAA片段的缺失；所述Indel28位点位于B73-V5基因组中第4号染色体的49561644位存在AACCGCCAGTGGAAATGTACGGTTTCCACCGGTGGTTGTGTTAAGAA片段的缺失；所述Indel29位点位于B73-V5基因组中第5号染色体的32351058位存在AGATGATCTTTCAAGTGCCATGGTAAAAATAC片段的插入；所述Indel30位点位于B73-V5基因组中第6号染色体的47117110位存在CGGCTTAGGGTATGGCACACCATCCCTGTGTAGCCCACGGGGCT片段的插入；所述Indel31位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的33940180位存在TTCTCATGATGAGTCGTACGTATACACAAATATATCCCCATCACCACACCAATTACTAATAATAATT片段的缺失；所述Indel32位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的94883007位存在TACATACTACACGAACAAACTATAGATTTGT片段的缺失；所述Indel33位点位于B73-V5基因组中第8号染色体的89586650位存在GCCCCACGTCTCATCCTCGCGAGTCGCGACCTCGCAA片段的缺失；所述Indel34位点位于B73-V5基因组中第8号染色体的113278732位存在GATTGGCCGACCAAATCCCGTCGAGCAACTCTGCGAAGCA片段的缺失；所述Indel35位点位于B73-V5基因组中第8号染色体的176110807位存在GGCGGTCCGAGAAGGACGAGGCGGGGAA片段的缺失；所述Indel36位点位于B73-V5基因组中第9号染色体的78447605位存在GAGCTATTGATGGCTAGTTGTCTAGTGGATTGGAGAGGCCTA片段的插入；所述Indel37位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的109564367位存在CCGGAGGGGGGTAAATAGGTGATCCTGCAAAACTAACTCTAAATAATACAAATTTGGT片段的插入；所述Indel38位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的109570415位存在CTATTGGGGCTCAGGAACTTTATGGCC片段的缺失；所述Indel39位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的110723994位存在GTTGCTCGTCATATCTGCCGAAAGCCACCGGGCATGGCCGTT片段的缺失；所述Indel40位点位于B73-V5基因组中第7号染色体的128142580位存在GGAAACACACGATAATTTGGTATCGGAGTTCGGTTTCACAT片段的插入；所述Indel41位点位于B73-V5基因组中第7号染色体的149547871位存在TTTTTGAAGGTACGTCTTCTGTTTTATACAAATAATAA片段的插入；所述Indel42位点位于B73-V5基因组中第9号染色体的119020423位存在TCAGGATGCAATTGAATGGTAATTAACAC片段的缺失；所述Indel43位点位于B73-V5基因组中第9号染色体的119193677位存在CACAAAAAAGAGGTGTTCCATTTTAGGACCAGATTCT片段的缺失；所述Indel44位点位于B73-V5基因组中第6号染色体的70923339位存在AATCCATTAGATGTGACAACATCGGTTTCCTT片段的插入；所述Indel45位点位于B73-V5基因组中第8号染色体的143938310位存在CTCAGAGAGAGAAGCAGACTAGCCTAGGAAGAGAGCACCCCCCT片段的缺失；所述B73-V5基因组为Genbank数据库：GCA_902167145.1。

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