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中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所);广州杰尔克生物技术有限公司梁嘉栋获国家专利权

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龙图腾网获悉中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所);广州杰尔克生物技术有限公司申请的专利基于分子结构分析的配体活性提高实现方法及系统、介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN118629540B

龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-06-13发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202410732914.0,技术领域涉及:G16C20/50;该发明授权基于分子结构分析的配体活性提高实现方法及系统、介质是由梁嘉栋;张诠;宋立兵设计研发完成,并于2024-06-06向国家知识产权局提交的专利申请。

基于分子结构分析的配体活性提高实现方法及系统、介质在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于分子结构分析的配体活性提高实现方法及系统、介质,涉及计算化学技术领域,该方法包括:确定配体化合物上的取代基团位置集合,确定每个配体衍生化合物的取代基团参数,对于每一个所述配体衍生化合物,确定其与受体化合物之间的相互作用关系,然后根据该相互作用关系和取代基团参数,确定出每一个目标位置处对应的优势取代基团结构,进而确定配体化合物对应的活性优化参数,活性优化参数用于指示在配体化合物的目标位置处设置对应的目标优势取代基团结构。可见,本发明能够更高效率和高可靠性地对配体化合物的分子结构进行优化以提高配体化合物的生物活性,并减少了对研究人员工作经验的依赖和人工操作的参与。

本发明授权基于分子结构分析的配体活性提高实现方法及系统、介质在权利要求书中公布了:1.一种基于分子结构分析的配体活性提高实现方法,其特征在于,所述方法包括: 基于配体化合物的分子结构信息,确定所述配体化合物的取代基团位置集合,所述取代基团位置集合包括相应的取代基团结构能够被取代的至少一个目标位置; 获取所述配体化合物对应的多个配体衍生化合物,根据所述配体衍生化合物的分子结构信息和所述取代基团位置集合,确定所述配体衍生化合物对应的取代基团参数,所述取代基团参数用于表示对应的所述配体衍生化合物每一个所述目标位置处的目标取代基团结构; 获取受体化合物的分子结构信息,对于每一个所述配体衍生化合物,输入该配体衍生化合物的分子结构信息和所述受体化合物的分子结构信息至预先训练好的分子对接模型中,得到所述分子对接模型输出的第一分子对接结果,基于所述第一分子对接结果确定该配体衍生化合物和所述受体化合物之间的相互作用关系; 对于每一个所述配体衍生化合物,根据该配体衍生化合物对应的所述取代基团参数以及该配体衍生化合物与所述受体化合物之间的相互作用关系,确定该配体衍生化合物对应的取代基团活性参数,所述取代基团活性参数用于表示该配体衍生化合物的每一个所述目标位置处的每一个目标取代基团结构与所述受体化合物之间的亲和力大小; 根据所有所述配体衍生化合物对应的所述取代基团活性参数,确定每一个所述目标位置处对应的优势取代基团结构,所述优势取代基团结构与所述受体化合物之间的亲和力满足预设的活性条件; 对于每一个所述目标位置处对应的每一个所述优势取代基团结构,从所述多个配体衍生化合物中确定出该优势取代基团结构对应的特征配体衍生化合物和对比配体衍生化合物,其中,所述特征配体衍生化合物在该目标位置处设置有该优势取代基团结构,所述对比配体衍生化合物在该目标位置处未设置该优势取代基团结构,且在其他目标位置处与所述特征配体衍生化合物设置有相同的目标取代基团结构; 对于每一个所述目标位置处对应的每一个所述优势取代基团结构,分别将该优势取代基团结构对应的所述特征配体衍生化合物和所述对比配体衍生化合物与所述受体化合物结合,获得该优势取代基团结构对应的特征结合物和对比结合物;根据该优势取代基团结构对应的特征结合物的分子结构信息和对比结合物的分子结构信息,分别计算该优势取代基团对应的所述特征结合物和所述对比结合物相对于所述受体化合物的RMSD值,分别计算该优势取代基团对应的所述特征结合物和所述对比结合物的RMSF值,分别计算该优势取代基团对应的所述特征结合物和所述对比结合物的氢键数据,其中,所述氢键数据包括氢键的受体、氢键的键长、氢键的键角、氢键的出现频率;分别计算该优势取代基团对应的所述特征结合物和所述对比结合物的结合自由能数据,所述结合自由能数据包括极性结合能数据和非极性结合能数据; 将所有所述目标位置处对应的所有所述优势取代基团结构对应的所述特征结合物和所述对比结合物的RMSD值、RMSF值、氢键数据和结合自由能数据输入至预先训练好的活性优化模型中,所述活性优化模型是使用多组活性训练数据集训练得到的,每一组所述活性训练数据集包括RMSD值、RMSF值、氢键数据、结合自由能数据和该训练数据集对应的目标位置-取代基团结构活性关系;获得所述活性优化模型输出的目标位置-取代基团结构活性关系结果,基于所述目标位置-取代基团结构活性关系结果确定所述配体化合物对应的活性优化参数,所述活性优化参数用于指示在所述配体化合物的所述目标位置处设置对应的目标优势取代基团结构; 基于所述活性优化参数,确定出若干种优化配体衍生化合物,所述优化配体衍生化合物包括根据所述活性优化参数的指示在所述配体化合物的所述目标位置处设置对应的所述优势取代基团结构获得的化合物。

如需购买、转让、实施、许可或投资类似专利技术,可联系本专利的申请人或专利权人中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所);广州杰尔克生物技术有限公司,其通讯地址为:510060 广东省广州市越秀区东风东路651号;或者联系龙图腾网官方客服,联系龙图腾网可拨打电话0551-65771310或微信搜索“龙图腾网”。

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