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申请/专利权人：雀巢产品技术援助有限公司

摘要：本发明提供用于辅助诊断个体中肠易激惹综合征IBS的方法。尤其，本发明用于确定个体是否不患有乳糜泻或炎性肠病IBD和患有IBS和或其亚型。因此，本发明提供IBS的精确诊断预测并且可用于指导治疗决策。

主权项：检测至少下述水平的试剂组合用于制备用于辅助诊断对象中肠易激惹综合征IBS和或其临床亚型的试剂的用途，所述水平选自：至少一种细菌抗原抗体标志物水平、至少一种肥大细胞标志物的水平、至少一种炎性细胞标志物的水平、至少一种胆汁酸吸收不良BAM标志物的水平、至少一种犬尿氨酸标志物的水平、至少一种5‑羟色胺标志物的水平；所述辅助诊断包括获得以下a至f评分的至少两项：a检测从所述对象获得的样品中至少一种细菌抗原抗体标志物水平以获得microbiome评分，所述至少一种细菌抗原抗体标志物选自抗Fla1抗体、抗Fla2抗体、抗FlaA抗体、抗FliC抗体、抗FliC2抗体、抗FliC3抗体、抗YBaN1抗体、抗ECFliC抗体、抗Ec0FliC抗体、抗SeFljB抗体、抗CjFlaA抗体、抗CjFlaB抗体、抗SfFliC抗体、抗CjCgtA抗体、抗Cjdmh抗体、抗CjGT‑A抗体、抗EcYidX抗体、抗EcEra抗体、抗EcFrvX抗体、抗EcGabT抗体、抗EcYedK抗体、抗EcYbaN抗体、抗EcYhgN抗体、抗RtMaga抗体、抗RbCpaF抗体、抗RgPilD抗体、抗LaFrc抗体、抗LaEno抗体、抗LjEFTu抗体、抗BfOmpa抗体、抗PrOmpA抗体、抗Cp10bA抗体、抗CpSpA抗体、抗EfSant抗体、抗LmOsp抗体、抗SfET‑2抗体、抗Cpatox抗体、抗Cpbtox抗体、抗EcSta2抗体、抗Ec0Stx2A抗体、抗CjcdtBC抗体、抗CdtcdAB抗体及其组合；b检测所述样品中至少一种肥大细胞标志物的水平以获得肥大细胞评分，所述至少一种肥大细胞标志物选自β‑类胰蛋白酶、组胺、前列腺素E2PGE2及其组合；c检测所述样品中至少一种炎性细胞标志物的水平以获得炎性评分，所述至少一种炎性标志物选自CRP、ICAM、VCAM、SAA、GROα及其组合；d检测所述样品中至少一种胆汁酸吸收不良BAM标志物的水平以获得BAM评分，所述至少一种胆汁酸吸收不良标志物选自7α‑羟基‑4‑胆甾烯‑3‑酮、FGF19及其组合；e检测所述样品中至少一种犬尿氨酸标志物的水平以获得氧化应激评分，所述至少一种犬尿氨酸标志物选自犬尿氨酸K、犬尿烯酸KyA、邻氨基苯甲酸AA、3‑羟基犬尿氨酸3‑HK、3‑羟基邻氨基苯甲酸3‑HAA、黄尿酸XA、喹啉酸、色氨酸、5‑羟色氨酸5‑HTP及其组合；f检测所述样品中至少一种5‑羟色胺标志物的水平以获得5‑羟色胺评分，所述至少一种5‑羟色胺标志物选自5‑羟色胺5‑HT和5‑羟基吲哚乙酸5‑HIAA、5‑羟色胺‑O‑硫酸、5‑羟色胺‑O‑磷酸及其组合；g对所述microbiome评分、所述肥大细胞评分、所述炎性评分、所述BAM评分、所述氧化应激评分和所述5‑羟色胺评分的至少两项应用统计学算法以获得疾病评分；并且h基于统计学算法确定所述对象中的IBS诊断，所述算法基于疾病评分和诊断模型产生患有IBS的概率，所述诊断模型包含来自回顾性组的microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分、5‑羟色胺评分及其组合的至少两项。

全文数据：用于诊断肠易激惹综合征的途径特异性标志物[0001]相关申请的交叉引用[0002]本申请要求来自2013年5月24日提交的美国临时专利申请号61827,506的优先权，所述文献的公开内容在此通过引用方式完整并入本文用于全部目的。本申请通过参考方式并入同一日期提交的携带代理案号88473-909072-026620PC的PCT申请。[0003]发明背景[0004]肠易激惹综合征（IBS是全部肠胃病的最常见形式，影响10-20%的一般人群并占据存在肠主诉的全部患者的超过50%。但是，研究表明仅约10%至50%罹患IBS的那些患者实际上寻求就医。IBS患者表现不同症状，如，例如，主要与排便相关的腹痛、腹泻、便秘或交替腹泻和便秘、腹部膨胀、粪便带气体和过多粘液。超过40%的IBS患者具有如此严重的症状，从而他们不得不请假休息、限制社交生活，避免性交、取消约会、终止旅行、服用药物并且甚至因害怕尴尬而幽闭于其房间中。在美国，估计的IBS卫生护理成本是每年80亿美元Talley等人，Gastroenterol·，109:1736-17411995〇[0005]将IBS患者根据其优势肠症状划分成三类:便秘-优势IBSIBS-C、腹泻-优势IBSIBS-D和腹泻和便秘症状交替的IBSIBS-M以及未分型的IBSIBS-U。在当前临床实践中，IBS的诊断基于罗马III标准并根据患者呈现的症状连同排除其他GI病症。不存在可以用来鉴定这种病症的特异性生物学标志物、放射摄影标志物、内窥镜标志物或生理学生物标志物。[0006]肠易激惹综合征是一种不均均性胃肠道GI功能病症。其发病机理中指向涉及免疫系统的证据日益增加。GI感染可能是造成IBS症状发作的引发因子。在另一方面，经常将IBS描述为“脑-肠病症”。由5-HT信号传导途径失调介导的GI运动性和分泌改变可能是大便习惯不规律的基础原因。靠近结肠神经的肥大细胞的激活与IBS患者体验到的异常疼痛相关。众所周知肥大细胞能够在激活时产生并释放多种炎性介质。然而，不清楚这些不同途径彼此如何通讯并且它们的相互作用是否在IBS患者按照与健康对象中相同的方式进行。[0007]精确的IBS病理生理学仍待阐明。尽管认为肠运动障碍及改变的内脏感知对症状发病机制作出重要贡献Quigley，Scand·J.Gastroenterol·，38Suppl·237:1-82003;Mayer等人，Gastroenterol.,122:2032-20482002，但将这种病况视为应激相关的病症，其特征在于脑-肠通讯扰乱、肠感染、肠道炎症和或微生物丛microbiota改变参见，图1。最近，也已经提出肠感染和肠道炎症的作用。研究已经记录了经细菌学证实的胃肠炎后IBS发作，而其他人已经提供了IBS中低等级粘膜炎症（SpiIler等人，Gut,47:804-8112000;Dunlop等人，Gastroenterol·,125:1651-16592003;Cumberland等人，Epidemiol·Infect·，130:453-4602003和免疫激活Gwee等人，Gut，52:523-5262003;Pimentel等人，Am.J.Gastroenterol·,95:3503-35062000的证据。还已经牵涉肠道菌群例如，肠microbiome，并且最近研究展示，益生菌生物双歧杆菌^Bifidobacterium通过调节免疫活性治疗该病症的有效性Simren等人，Gut,62:159-1762013〇[0008]存在日益增长的支持抗微生物抗体、应激激素、炎性细胞因子和肥大细胞标志物在多种肠道疾病或病症中发挥作用的大量证据。例如，已经证明抗微生物抗体OmpC、Cbir1、FlaX和Fla2是炎性肠病（IBD的有价值生物标志物。针对大肠杆菌K12蛋白（例如，Era、?〇〇六、？^乂、6131'、¥匕1¥〇16、¥1^~和¥丨^的抗体亚群可以用来区分患有克罗恩病化0的个体和健康对照并且区分患有CD和溃疡性结肠炎的个体（Cheη等人，M〇I.Ce11Proteomics,8:1765-1776,（2009。具有与IBS相关的感染后小肠细菌过度生长SIBO的个体可拥有针对感染细菌鞭毛蛋白的抗体，其中所述SIB0往往由来自空肠弯曲杆菌CampylobacterjejuniC.jejuni，Cj、大肠杆菌E.coli，Ec、肠炎沙门菌SalmonellaenteritidisS.enteritidis，Se、福氏志贺氏菌（ShigellaflexneriS.flexneri,Sf的感染引起（SpiIIerR和GarsedK·,Gastroenterology，136:1979-19882009〇[0009]在远端肠区段中增加的肥大细胞浸润和激活与IBS的症状发作和严重度有关。在IBS患者中这些细胞也参与内脏传入神经对黏膜刺激的升高的反应。。在感染后IBS和非感染后IBS中在由这些细菌感染后普遍观察到肥大细胞增生症。肥大细胞标志物例如β-类胰蛋白酶、组胺和前列腺素Ε2PGE2的测量在IBS的临床诊断中有着重要意义。使用肥大细胞标志物来帮助IBS诊断的详细方法记载于美国专利第8,114,616号和8，709,733号中，其公开内容以其整体并入本文作为参考用于所有目的。[0010]IBS患者一般体验到脑-肠轴和肠microbiome介导的异常肠运动性和内脏超敏反应（图1。在包括IBS的应激敏感性病症中，释放下丘脑-垂体-肾上腺轴HPA轴的应激激素，如肠激素、5-羟色胺、促肾上腺皮质素激素ACTH、皮质醇、促皮质素-释放激素和儿茶酚胺，因此控制例如肠的生理功能。脑-肠轴包括代谢物驱动的途径，如色氨酸途径，犬尿氨酸途径和5-羟色胺途径）的失调（图2，可能通过降低运动性及增加疼痛或不适不利地影响胃肠道功能。目前正研究针对5-羟色胺途径的治疗药物以治疗IBS。肠道胆汁酸分泌和吸收的失调也与IBS相关（图3。一些研究已经还显示胃肠道功能受肠microbiome影响（图4。例如，膳食、抗生素、病原体和宿主的免疫反应可能改变肠microbiome群落，这转而可以改变肠道功能。[0011]鉴于前述情况，本领域需要通过监测脑-肠-microbiome轴诊断个体中IBS的方法。本发明满足了这种需求和其他需求。[0012]发明简述[0013]在一些方面，本文中提供一种用于辅助诊断对象中肠易激惹综合征（IBS和或其临床亚型的方法。[00M]该方法包括：[0015]a检测样品中的一组标志物以排除炎性肠病和乳糜泻CD诊断;并且[0016]⑹检测样品中的一组标志物以纳入IBS诊断。[0017]在某些情况下，该方法包括获得以下a-h的一项或多项评分：（a检测从所述对象获得的样品中抗麦醇溶蛋白IgA抗体、抗麦醇溶蛋白IgG抗体、抗组织转谷氨酰胺酶tTG抗体和抗肌内膜抗体的存在或不存在以获得乳糜泻CD评分；⑹检测所述样品中至少每种以下标志物的存在或水平或基因型以获得炎性肠病（IBD评分：（i以下每种血清学标志物的存在或水平:ASCA-A、ASCA-G、ANCA、pANCA、抗OmpC抗体、抗CBir1抗体、抗FlaX抗体和抗A4-Fla2抗体；（ii以下每种炎性标志物的存在或水平:VEGF、ICAM、VCAM、SAA和CRP;和iii以下每种遗传标志物的基因型:ATGl6LI、ECMl、NKX2-3和STAT3;c检测所述样品中至少一种细菌抗原抗体标志物水平例如，浓度）以获得microbiome评分；（d检测所述样品中至少一种肥大细胞标志物的水平例如，浓度）以获得肥大细胞评分；（e检测所述样品中至少一种炎性细胞标志物的水平例如，浓度）以获得炎性评分；（f检测所述样品中至少一种胆汁酸吸收不良（BAM标志物的水平例如，浓度）以获得BAM评分；（g检测所述样品中至少一种犬尿氨酸标志物的水平例如，浓度）以获得氧化应激评分；Oi检测所述样品中至少一种5-羟色胺标志物的水平例如，浓度）以获得5-羟色胺评分；（j如果所述样品是一种非CD样品，则对所述IBD评分应用随机森林法统计学分析以获得样品是否为IBD样品或非IBD样品的决策；（k如果所述样品是非IBD样品，则对所述microbiome评分、所述肥大细胞评分、所述炎性评分、所述BAM评分、所述氧化应激评分和所述5-羟色胺评分应用统计算法以获得疾病评分;和（1在所述对象中基于统计算法确定IBS诊断，所述统计算法基于疾病评分和诊断模型产生患有IBS的概率，所述诊断模型包含来自患者回顾性组的microbiomeW分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分和5-羟色胺评分。[0018]在一些实施方案中，至少一种细菌抗原抗体标志物选自抗Flal抗体、抗Fla2抗体、抗FlaA抗体、抗FliC抗体、抗FliC2抗体、抗FliC3抗体、抗YBaNl抗体、抗ECFliC抗体、抗EcOFliC抗体、抗SeFljB抗体、抗CjFlaA抗体、抗CjFlaB抗体、抗SfFliC抗体、抗CjCgtA抗体、抗Cjdmh抗体、抗CjGT-A抗体、抗EcYidX抗体、抗EcEra抗体、抗EcFrvX抗体、抗EcGabT抗体、抗EcYedK抗体、抗EcYbaN抗体、抗EcYhgN抗体、抗RtMaga抗体、抗RbCpaF抗体、抗RgPiID抗体、抗LaFrc抗体、抗LaEno抗体、抗LjEFTu抗体、抗BfOmpa抗体、抗PrOmpA抗体、抗CpIObA抗体、抗CpSpA抗体、抗EfSant抗体、抗LmOsp抗体、抗SfET-2抗体、抗Cpatox抗体、抗Cpbtox抗体、抗EcSta2抗体、抗EcOStx2A抗体、抗CjcdtBC抗体、抗CdtcdAB抗体及其组合。[0019]在一些实施方案中，至少一种肥大细胞标志物选自β-类胰蛋白酶、组胺、前列腺素E2PGE2及其组合。[0020]在一些实施方案中，至少一种炎性标志物选自CRP、ICAM、VCAM、SAA、GROa及其组合。[0021]在一些实施方案中，至少一种胆汁酸吸收不良标志物选自7a_羟基-4-胆留烯-3-酮、FGFl9及其组合。[0022]在一些实施方案中，至少一种犬尿氨酸标志物选自犬尿氨酸⑻、犬尿烯酸KyA、邻氨基苯甲酸AA、3_羟基犬尿氨酸3-HK、3_羟基邻氨基苯甲酸3-HAA、黄尿酸XA、喹啉酸QA、色氨酸、5-轻色氨酸5-HTP及其组合。[0023]在一些实施方案中，至少一种5-羟色胺标志物选自5-羟色胺（5-HT、5_羟基吲哚乙酸5-HIAA、5_羟色胺-0-硫酸、5-羟色胺-0-磷酸及其组合。[0024]在一些实施方案中，使用IBS结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。在其他实施方案中，使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。[0025]在一些实施方案中，该方法还包括将IBS的诊断分类为IBS-便秘（IBS-C、IBS腹泻IBS-D、IBS-混合型（IBS-M、IBS-交替型（IBS-A或感染后（IBS-PI。[0026]在一些实施方案中，所述细菌抗原抗体标志物、所述肥大细胞标志物、所述炎性细胞标志物、所述MM标志物、所述犬尿氨酸标志物或所述5-羟色胺标志物的水平用杂交测定、基于扩增的测定、免疫测定、免疫组织化学测定或变动性测定mobilityassay独立地检测。在一些情况下，杂交测定包括ELISA或CEER™测定。[0027]在一些实施方案中，样品选自全血、血浆、血清、唾液、尿、粪便、泪、任何其他体液、组织样品及其细胞提取物。在一些情况下，样品是血清。[0028]在一些实施方案中，测量以下评分的至少1、2、3、4、5或6种:microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分和5-羟色胺评分。[0029]在一些方面，本文中提供一种用于辅助诊断对象中肠易激惹综合征（IBS和或其临床亚型的方法。该方法包括获得以下a至f评分的一项或多项：（a检测从所述对象获得的样品中至少一种细菌抗原抗体标志物水平以获得microbiome评分；（b检测所述样品中至少一种肥大细胞标志物的水平以获得肥大细胞评分；（c检测所述样品中至少一种炎性细胞标志物的水平以获得炎性评分〆d检测所述样品中至少一种胆汁酸吸收不良（BAM标志物的水平以获得BAM评分；（e检测所述样品中至少一种犬尿氨酸标志物的水平以获得氧化应激评分；（f检测所述样品中至少一种5-羟色胺标志物的水平以获得5-羟色胺评分；g对所述microbiome评分、所述肥大细胞评分、所述炎性评分、所述BAM评分、所述氧化应激评分和所述5-羟色胺评分应用统计算法以获得疾病评分;并且Gi在所述对象中基于统计算法确定IBS诊断，所述统计算法基于疾病评分和诊断模型产生患有IBS的概率，所述诊断模型包含来自回顾性组的microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分和5-羟色胺评分。[0030]在一些实施方案中，至少一种细菌抗原抗体标志物选自抗Flal抗体、抗Fla2抗体、抗FlaA抗体、抗FliC抗体、抗FliC2抗体、抗FliC3抗体、抗YBaNl抗体、抗ECFliC抗体、抗EcOFliC抗体、抗SeFljB抗体、抗CjFlaA抗体、抗CjFlaB抗体、抗SfFliC抗体、抗CjCgtA抗体、抗Cjdmh抗体、抗CjGT-A抗体、抗EcYidX抗体、抗EcEra抗体、抗EcFrvX抗体、抗EcGabT抗体、抗EcYedK抗体、抗EcYbaN抗体、抗EcYhgN抗体、抗RtMaga抗体、抗RbCpaF抗体、抗RgPiID抗体、抗LaFrc抗体、抗LaEno抗体、抗LjEFTu抗体、抗BfOmpa抗体、抗PrOmpA抗体、抗CpIObA抗体、抗CpSpA抗体、抗EfSant抗体、抗LmOsp抗体、抗SfET-2抗体、抗Cpatox抗体、抗Cpbtox抗体、抗EcSta2抗体、抗EcOStx2A抗体、抗CjcdtBC抗体、抗CdtcdAB抗体及其组合。[0031]在一些实施方案中，至少一种肥大细胞标志物选自β-类胰蛋白酶、组胺、前列腺素E2PGE2及其组合。[0032]在一些实施方案中，至少一种炎性标志物选自CRP、ICAM、VCAM、SAA、GROa及其组合。[0033]在一些实施方案中，至少一种胆汁酸吸收不良标志物选自7a_羟基-4-胆留烯-3-酮、FGFl9及其组合。[0034]在一些实施方案中，至少一种犬尿氨酸标志物选自犬尿氨酸⑻、犬尿烯酸KyA、邻氨基苯甲酸AA、3_羟基犬尿氨酸3-HK、3_羟基邻氨基苯甲酸3-HAA、黄尿酸XA、喹啉酸QA、色氨酸、5-轻色氨酸5-HTP及其组合。[0035]在一些实施方案中，至少一种5-羟色胺标志物选自5-羟色胺（5-HT、5_羟基吲哚乙酸5-HIAA、5_羟色胺-0-硫酸、5-羟色胺-0-磷酸及其组合。[0036]在一些实施方案中，使用IBS结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。在其他实施方案中，使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。[0037]在一些实施方案中，方法还包括将IBS的诊断分类为IBS-便秘（IBS-C、IBS腹泻IBS-D、IBS-混合型（IBS-M、IBS-交替型（IBS-A或感染后（IBS-PI。[0038]在一些实施方案中，测量以下评分的至少1、2、3、4、5或6种:microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分和5-羟色胺评分。[0039]在一些实施方案中，所述细菌抗原抗体标志物、所述肥大细胞标志物、所述炎性细胞标志物、所述BAM标志物、所述犬尿氨酸标志物或所述5-羟色胺标志物的存在或不存在或水平用杂交测定、基于扩增的测定、免疫测定、免疫组织化学测定或变动性测定独立地检测。在一些情况下，杂交测定包括ELISA或CEER™测定。[0040]本领域技术人员将从以下详述和附图中显而易见本发明的其他目的、特征和优点。[0041]附图简述[0042]图1显示IBS的脑-肠-microbiome轴和复杂病理生理学。它突出显示可以用于诊断IBS和或其亚型的本文所述的一些生物标志物。[0043]图2显示在IBS患者中失调的代谢物驱动的途径和酶。在IBS-D患者中，色氨酸水平增加，而犬尿烯酸KA水平、3-羟基犬尿氨酸3-HK水平和3-羟基邻氨基苯甲酸3-HAA水平降低。此外，酶如色氨酸双加氧酶吲哚胺2,3-双加氧酶TDID0、犬尿氨酸羟化酶和犬尿氨酸酶的活性较低降低）。[0044]图3显示肠道胆汁酸分泌和吸收途径的简图。[0045]图4显不肠microbiome的多样性。[0046]图5显示本发明方法的示例性实施方案。[0047]图6A和图6B显示统计学分析本文所述的生物标志物的示例性实施方案。图6A显示，细菌抗原抗体标志物和一种炎性标志物预示IBS。图6B显示，细菌抗原抗体标志物、一种炎性标志物和一种肥大细胞标志物预示IBS。[0048]图7显示采用一种炎性标志物（sVCAMl和几种microbiome标志物icGabT、Ec0FliC、EcEra和EcYbaN的树建立过程。[0049]图8A-8N显示健康对照和IBS患者中特定细菌抗原抗体标志物水平。microbiome标志物包括EcEra图8A、EcFliC图8B、EcFrvX图8C、EcGabT图8D、EcYedK图8E、EcYbaN图8F、Ec0FliC图8G、CjFlaA图8H、CjFlaB图81XjGT-A图8JXjCgtA图8K、Cjdmh图8L、SeFljB图8M和SfFliC图8N。[0050]图9A-9C显示用来计算生物标志物评分和评分百分位数的曲线。图9A和图9B显示，从疾病组和健康组之间的回归系数或斜率确定每种生物标志物例如，EcEra和EcFliC的权重。图9A和图9B中的线代表fe。正斜率表示IBS并且负斜率表示健康对照。对于每名个体，加权的四分位数总评分表述为全部标志物的Σβ*四分位数，其中β表示来自回归的系数或组之间的斜率（图9C。针对其他标志物的存在调整系数。图9C显示本文所述的四分位数分析的示例性实施方案。[0051]图10Α和图10Β显不健康对照组中对象的microbiome评分图（图10Α和microbiome评分百分位数（图10B。这些曲线还相对健康对照显示一位代表性IBS患者的microbiome评分。[0052]图IlA和图IlB显示健康组和IBS-DM患者中microbiome评分图（图11A和评分的分布图11B。[0053]图12A-12E显示在含有健康对照和IBS-DM患者的组#1中不同细菌抗原抗体标志物水平。显示的标志物是LaEno图12A、LaFrc图12B、LjEFtu图12C、Bf0mpA图12D和PrOmpA图12E。[0054]图13A-13K显示在含有健康对照和IBS患者包括那些IBS-C和IBS-D患者）的组#2中不同细菌抗原抗体标志物水平。显示的标志物是EcGabT图13A、EcEra图13B、EcOFliC图13C、SfFliC图13D、CjFlaB图13EXjFlaA图13F、EcFliC图13G、RtMaga图13H、RtPilD图131和RbCpaF图13J和13K。[0055]图14A-14G显示在包括健康对照和IBS患者的组#3中不同细菌抗原抗体标志物水平。显示的标志物是SfFliC图14A、CjFlaB图14B、CjFlaA图14C、EcFliC图14D、EcGabT图HE、EcEra图14F和EcOFliC图14G。[0056]图15A-15C显示如通过HPLC所测定的健康对照和IBS患者中5-羟色胺的水平。图15A显示5-羟色胺水平的图。图15B显示5-羟色胺和5-羟色胺代谢物的色谱图。图15C提供5-羟色胺水平表。[0057]图16A-16B显示如通过新型竞争性ELISA所测定的健康对照和IBS-D患者中5-羟色胺的水平。图16A显示IBS-D患者中5-羟色胺水平的图。图16B提供结果表。[0058]发明详述[0059]I.介绍[0060]由于IBS与其它肠道疾病或病症的症状相似性，诊断患者为具有肠易激惹综合征可能具有挑战性。基于生物标志物的测定可以提供快速且准确的诊断方法以辨别IBS与其它疾病和病症。[0061]尽管IBS的精确病理生理学还有待阐释，但据信IBS部分地是因肠道中的宿主微生物组和应激激素的调节异常而引起。研究已显示，胃肠道微生物丛可影响宿主并引起黏膜炎症和免疫激活，并且皮质醇水平在患有IBS的女性中可能较高（Heitkemper等人，AmJGastroenterol，915:906-131996。[0062]支持该理论的观察结果包括以下的发现，在被诊断为患有IBS的患者的胃肠黏膜中可见到增加数量的肥大细胞沿11丨1竹6，]\1.等人，Gut56,203-2092007;Walker，M.M.等人，Pharmacol.Ther.29,765-7732009;Akbar,A.等人，Gut57,923-9292008;Barbara，G·等人，GastroenteroIogy126，693-7022004;Barbara，G·等人，Gastroenterology132，26-372007;Cremon，C.等人，Am.J.Gastroenterol·104，392-4002009;和O’Sullivan,Μ·等人，Neurogastroenterol.Motil.,12,449-4572000。类似地，一些研究还已发现在IBS患者的结肠黏膜中见到从这些细胞释放的介质包括组胺和丝氨酸蛋白酶（例如，类胰蛋白酶））的水平（Buhner等人，Gastroenterology，1374，2009!Barbara等人，Gastroenterology,1224，Suppl.l:A_276,（2002[0063]人胃肠微生物丛包括至少I，000种细菌，且大约160种不同种类的大约IO14个个体细菌细胞栖居于每个个体的肠内（QinJ.等人，Nature，464:59-652010。已提出理论认为宿主的（例如，个体的）遗传和免疫组成以及环境因素影响胃肠微生物丛，这进而影响胃肠系统内的宿主的免疫和生理学。此理论意味着健康个体例如，没有肠病症或疾病与定殖于他她的肠道的微生物丛维持着共生关系，而IBS患者在这样的微生物丛免疫相互作用中存在不平衡。[0064]5-羟色胺途径在调节胃肠道运动性、分泌和感觉方面发挥至关重要的作用。肠神经系统内部这条途径的不平衡已经与多种病症如IBS，功能性消化不良、非心源性胸痛、孤独症和胃溃疡形成相关。色氨酸5-羟色胺犬尿氨酸代谢途径和异化途径的明显改变（图2已经涉及IBS-DChristmas等人，NutritionResearch,2010,30:678-688。[0065]本发明提供用于诊断对象中肠易激惹综合征（IBS的方法。该方法包括测量取自对象生物样品中的乳糜泻CD标志物、IBD标志物、microbiome标志物、肥大细胞标志物、炎性标志物、胆汁酸吸收不良标志物、犬尿氨酸标志物和5-羟色胺标志物的组的水平;产生一系列生物标志物评分;并使用算法来确定对象是否尚未患有⑶或IBD并且与健康对照相比，具有增加的患有IBS的可能性。本发明还提供用于测量各种生物标志物的水平的方法和测定。[0066]II.定义[0067]如本文所用，除非另外指明，否则以下术语具有归属于它们的意思。[0068]术语“肠易激惹综合征”和“IBS”包括特征为一种或多种症状的一组功能性肠病，所述症状包括但不限于，腹痛、腹部不适、排便习惯bowelpattern的变化、松散的或更频繁的排便、腹泻和便秘，通常不存在任何明显的结构异常。存在有至少三种形式的IBS，取决于哪种症状占主导：（1腹泻主导型（IBS-D;⑵便秘主导型（IBS-C;以及3交替排便特性的IBSIBS-A。IBS还可以以混合症状的形式发生（IBS-M。还存在有多种IBS临床亚型，例如感染后IBSIBS-PI。[0069]术语“乳糜泻”和“CD”指一般与小肠的绒毛萎缩、隐窝增生和或粘膜衬层炎症相关的肠粘膜病症。除养分吸收不良之外，患有乳糜泻的个体还面临矿物质缺乏、维生素缺乏、骨质疏松症、自身免疫疾病和肠道恶性肿瘤例如，淋巴瘤和癌）的风险。不受任何具体理论约束，认为在适宜的遗传和环境背景下暴露于蛋白质如谷蛋白（例如，在小麦、黑麦、大麦、燕麦、粟、黑小麦、斯佩耳特小麦和远古硬质小麦kamut中存在的麦谷蛋白和谷醇溶蛋白）是造成乳糜泻的原因。[0070]术语“炎性肠病”或“IBD”包括肠胃病如，例如，克罗恩病CD、溃疡性结肠炎UC、未定型结肠炎（IC和就CD与UC而言尚未得出结论的IBD“未定论型”）。炎性肠病例如，CD、UC、IC和未定论型）与胃肠道的全部其他病症、综合征和异常包括肠易激惹综合征（IBS区分。用于诊断IBS的方法的详细描述在例如美国专利号7,873,479和8,715,943中找到，所述文献的内容是因而通过引用的方式完整并入用于全部目的。[0071]术语“微生物丛”、“微生物群落”和“microbiome”是指通常栖居在身体器官或部分的活的微生物的群体。胃肠微生物丛的成员包括但不限于，厚壁菌门（Firmicutes、拟杆菌门（Bacteroidetes、变形菌门（Proteobacteria、ε变形菌纲Epsilonproteobacteria、梭杆菌门（Fusobacteria、α变形菌纲（Alphaproteobacteria、β_变形菌纲Betaproteobacteria、γ变形菌纲（Gammaproteobacteria、疵微菌门（Verrumicrobia、δ变形菌纲（Deltaproteobacteria、未分类的近蓝细菌（Unclassifiednearcyanobacteria以及放线菌门（Actinobacteria的微生物;拟杆菌属Bacteroides、普氏菌属Prevotella或瘤胃球菌属Ruminococcus的微生物;双歧杆菌Bifidobacteria、肠杆菌科（Enterobacteraceae、乳杆菌属（Lactobacillus、韦荣氏球菌属Vei11oneIla、拟杆菌属（Bacteoides、链球菌属（Streptococcus、放线菌科Actinomycinaea、螺杆菌属Helicobacter、消化链球菌Peptostreptococcus、柯林斯菌属（Collinsella、梭菌属（Clostridium、肠球菌属^Enterococcus、奠球菌属Coprococcus、奠芽抱菌属（Coprobacillus、变形菌（Proteobacteria、乳杆菌属Lactobacillus、瘤胃球菌（Ruminococus、真细菌EubacteriumEubacterium、Dorea菌、不动杆菌属Acinetobacter和大肠杆菌物种的微生物；扭链瘤胃球菌（Ruminococcustorques、扭链瘤胃球菌样菌（R·torques-1ike、产气柯林斯菌样菌（ColIinselIaaerofaciens—like、又艮难梭菌（Clostridiumcocleatum、直肠真杆菌（Eubacteriumrectale、球形梭菌Clostridiumcoccoides、环吻犁头鳐Rhinobatosproductus类型的微生物。在一些情形中，胃肠微生物丛包括黏膜相关的微生物丛，其位于胃肠道的表面或顶端，以及腔相关的微生物丛，其见于胃肠道的腔中。[0072]术语“生物标志物”或“标志物”包括可用来将来自个体的样品分类为IBS样品或在来自个体的样品中排除一种或多种与IBS样症状相关疾病或病症的任何诊断标志物，例如生化标志物、血清学标志物、遗传标志物、微生物标志物、或其它临床或回波描记特征。术语“生物标志物”或“标志物”也涵盖可用于将IBS分类为其多种形式或临床亚型的任何分类标志物，如抗体标志物、生化标志物、血清学标志物、遗传标志物、激素标志物、微生物标志物、或其它临床或回波描记特征。下文描述适用于本发明的诊断标志物的非限制性实例并且包括针对细菌抗原的抗体、细菌抗原、鞭毛蛋白、细胞因子、生长因子、应激激素、抗嗜中性粒细胞抗体、抗酿酒酵母抗体、抗微生物抗体、抗组织转谷氨酰胺酶tTG抗体、脂质运载蛋白、基质金属蛋白酶MMP、金属蛋白酶的组织抑制剂TIMP、α球蛋白、肌动蛋白切割蛋白、SlOO蛋白、血纤维蛋白肽、降钙素基因相关肽CGRP、速激肽、胃饥饿素、神经降压素、5-羟色胺、促肾上腺皮质素释放激素CRH、丝氨酸蛋白酶例如、β-类胰蛋白酶、弹性蛋白酶）、前列腺素例如、PGE2、组胺、C反应蛋白（CRP、乳铁蛋白、抗乳铁蛋白抗体、钙卫蛋白、血红蛋白、N0D2CARD15、5-羟色胺再摄取转运体SERT、色氨酸羟化酶-1，5_羟色胺（5-ΗΤ、乳果糖等。在优选的实施方案中，本文描述了适用于本发明的诊断标志物，包括但不限于结合到微生物丛抗原的抗体以及其混合物，所述抗原选自由大肠杆菌FliC、福氏志贺氏菌FliC、空肠弯曲杆菌FlaA、空肠弯曲杆菌FlaB、大肠杆菌0157:H7FliC、大肠杆菌FrvX、大肠杆菌GabT、空肠弯曲杆菌81-045、空肠弯曲杆菌81-128和空肠弯曲杆菌81-008、大肠杆菌Era、大肠杆菌FocA、大肠杆菌FrvX、大肠杆菌GabT、大肠杆菌YbaN、大肠杆菌YcdG、大肠杆菌YhgN、大肠杆菌YedK、大肠杆菌YidX、嗜酸乳杆菌Frc、嗜酸乳杆菌Eno、约氏乳杆菌EFTu、脆弱拟杆菌OmpA、普氏菌属OmpA、产气荚膜梭菌10bA、产气荚膜梭菌SpA、粪肠球菌Sant、单核细胞增生李斯特菌Osp组成的组。分类标志物的实例包括但不限于:瘦素、SERT、色氨酸羟化酶-1，5-HT、窦黏膜蛋白8、角蛋白8、密蛋白8、连蛋白、促肾上腺皮质素释放激素受体ICRHRl、促肾上腺皮质素释放激素受体2CRHR2、β-类胰蛋白酶、组胺、前列腺素E2PGE2等。在一些实施方案中，诊断标志物可用来将IBS分类为其多种形式或临床亚型之一。在其它实施方案中，分类标志物可用来将样品分类为IBS样品或排除一种或多种与IBS样症状相关的疾病或病症。本领域技术人员了解适用于本发明的另外的诊断和分类标志物。[0073]术语“估计值”是指逻辑回归模型的估计的偏相关系数。[0074]“生物学样品”包括自个体获得的任何生物学标本。合适的用于本发明的样品包括但不限于，全血、血浆、血清、唾液、尿液、粪便（即，排泄物）、泪液和任何其它体液、或组织样品（即，活检样品）例如小肠或结肠样品以及其细胞提取物例如，红细胞提取物）。在优选的实施方案中，样品是血液、血浆、或血清样品。在更优选的实施方案中，样品是血清样品。在某些情形中，术语“样品”包括但不限于血液、体组织、血清、淋巴液、淋巴结组织、脾组织、骨髓或源自于一种或多种这些组织的免疫球蛋白富集的级分。样品例如血清、唾液和尿液的使用是本领域熟知的（参见，例如Hashida等人，J.Clin.Lab.Anal.，11:267-861997。本领域技术人员将理解，可以在分析标志物水平之前将诸如血清和血液样品的样品稀释。[0075]术语“个体”、“对象”或“患者”通常是指人，但也可以指其它动物，例如其它灵长动物、嗤齿动物、犬、猫、马、绵羊、猪等等。[0076]术语“分类”包括以疾病状态“关联”或“归类”样品。在某些情形中，“分类”是基于统计学证据、实验性证据或二者。在某些实施方案中，分类的方法和系统使用具有已知疾病状态的样品的所谓的训练集。一旦建立，训练数据集用作与未知样品的特征进行比较的基础、模型或模板，以便对样品的未知疾病状态分类。在某些情形中，样品分类与诊断样品的疾病状态类似。在某些其它情形中，样品分类与将样品的疾病状态自另一疾病状态区分开类似。[0077]如本文使用的术语“评分”或“谱”包括任何代表与疾病或病症例如IBS相关联的区别性特性或特征的数据集。术语涵盖分析样品中的一种或多种诊断标志物的“疾病评分”或“诊断评分”例如，“疾病评分”可包括代表一种或多种与IBS相关联的诊断标志物的存在或水平的数据集。[0078]在一些实施方案中，可以构建用于测量一种或多种上述诊断标志物和或诊断模型的组并使用其将样品分类为IBS样品或非IBS样品。本领域技术人员将理解到，可以使用例如个体样品的等分试样或稀释物同时或顺序地确定多种诊断标志物的存在或水平。在某些情形中，当个体样品中特定诊断标志物的水平比可比较的样品（例如，正常、GI对照、IBD和或乳糜泻样品）或样品群体中相同标志物的水平高（例如，高于可比较的正常、GI对照、IBD和或乳糜泻样品的群体中相同标志物的中值水平）至少大约10%、15%、20%、25%、50%、75%、100%、125%、150%、175%、200%、250%、300%、350%、400%、450%、500%、600%、700%、800%、900%、或1000%时，该水平被视为是升高的。在某些其它情形中，当个体样品中特定诊断标志物的水平比可比较的样品（例如，正常、GI对照、IBD和或乳糜泻样品）或样品群体中相同标志物的水平低例如，低于可比较的正常、GI对照、IBD和或乳糜泻样品的群体中相同标志物的中值水平至少大约5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、或95%时，该水平被视为是降低的。[0079]如本文使用的术语“实质上相同的氨基酸序列”包括与天然存在的氨基酸序列相似但不等同的氨基酸序列。例如，与天然存在的肽、多肽或蛋白质具有实质上相同的氨基酸序列的氨基酸序列可以相对于天然存在的肽、多肽或蛋白质的氨基酸序列具有一个或多个修饰，例如氨基酸增加、缺失或替换，条件是经修饰的序列实质上保留天然存在的肽、多肽或蛋白质的至少一种生物学活性，例如免疫反应性。对于氨基酸序列之间的实质相似性的比较，通常以约6〜100个残基的序列，优选约10〜100个残基，且更优选约25〜35个残基的序列进行。本发明的肽、多肽或蛋白质或其片段的特别有用的修饰是赋予例如增加的稳定性的修饰。掺入一个或多个D-氨基酸是在增加多肽或多肽片段的稳定性中有用的修饰。类似地，赖氨酸残基的缺失或替换可以通过保护多肽或多肽片段免受降解来增加稳定性。[0080]术语“复合物”、“免疫复合物”、“缀合物”和“免疫缀合物”包括但不限于，肽或抗原结合例如通过非共价方式至抗体或抗体片段。[0081]术语“监测IBS的进展或消退”包括使用本发明的方法、系统和代码来确定个体的疾病状态例如IBS的存在或严重度）。在一些实施方案中，本发明的方法、系统和代码可以用于预测IBS的进展，例如，通过基于诊断标志物的分析和或IBS相关症状的鉴定，确定IBS在个体中快速或缓慢进展的可能性。在其它实施方案中，本发明的方法、系统和代码可以用于预测IBS的消退，例如，通过基于诊断标志物的分析和或IBS相关症状的鉴定，确定IBS在个体中快速或缓慢消退的可能性。[0082]术语“细菌抗原抗体标志物评分”、“细菌抗原抗体评分”、“microbiome标志物评分”或“microbiome评分”包括个体中1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35种或更多种标志物的水平，其中标志物可以是细菌抗原抗体标志物，如，但不限于，识别细菌抗原（例如，与其特异性结合、与其形成复合物）的抗体，所述细菌抗原例如是Flal、Fla2、FlaA、FliC、FliC2、FliC3、YBaNl、ECFliC、EcOFliC、SeFljB、CjFlaA、CjFlaB、SfFliC、CjCgtA、Cjdmh、CjGT-A、EcYidX、EcEra、EcFrvX、EcGabT、EcYedK、EcYbaN、EcYhgN、RtMaga、RbCpaF、RgPiID、LaFrc、LaEno、LjEFTu、BfOmpa、PrOmpA、CpIObA、CpSpA、EfSant、LmOsp、SfET_2、Cpatox、Cpbtox、EcSta2、EcOStx2A、CjcdtBC、CdtcdAB等。统计学分析可以将一种或多种细菌抗原抗体标志物的水平变换成细菌抗原抗体标志物谱。在一些情形中，统计学分析是四分位数评分且各个标志物的四分位数评分可以求和生成四分位数总评分。在一方面，包含单一学习统计分类器系统的统计处理被应用于细菌抗原抗体标志物谱的数据集，以基于细菌抗原抗体标志物谱产生将样品分类为IBS样品或非IBS样品（例如，健康对照样品）的统计学衍生的决策，其中细菌抗原抗体标志物谱指示着至少一种细菌抗原抗体标志物的水平。[0083]术语“肥大细胞标志物评分”或“肥大细胞评分”包括个体的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或更多种标志物的水平，其中标志物可以是肥大细胞标志物，诸如但不限于类胰蛋白酶、组胺和前列腺素Ε2。统计学分析将一种或多种肥大细胞标志物的水平变换成肥大细胞标志物评分。在一些情形中，统计学分析是四分位数评分且各个标志物的四分位数评分可以求和生成四分位数总评分。在一方面，包含单一学习统计分类器系统的统计学分析被应用于肥大细胞标志物评分的数据集，以基于肥大细胞标志物产生将样品分类为IBS样品或非IBS样品的统计学衍生的决策，其中肥大细胞标志物评分指示着至少一种肥大细胞标志物的水平。[0084]术语“炎性细胞标志物评分”、“炎性标志物评分”或“炎性评分”包括个体中1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或更多种标志物的水平，其中所述标志物可以是炎性细胞标志物，如，但不限于CRP、ICAM、VCAM、SAA、GR〇a及其组合。统计学分析将一种或多种炎性细胞标志物的水平变换成炎性评分。在一些情形中，统计学分析是四分位数评分且各个标志物的四分位数评分可以求和生成四分位数总评分。在一方面，包含单一学习统计分类器系统的统计学分析被应用于炎性细胞标志物评分的数据集，以基于炎性细胞标志物产生将样品分类为IBS样品或非IBS样品的统计学衍生的决策，其中炎性评分指示至少一种炎性细胞标志物的水平。[0085]术语“犬尿氨酸标志物评分”、“犬尿氨酸评分”或“氧化应激评分”包括个体中1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或更多种标志物的水平，其中所述标志物可以犬尿氨酸细胞标志物，如，但不限于犬尿氨酸K、犬尿烯酸KyA、邻氨基苯甲酸AA、3_羟基犬尿氨酸3-HK、3_羟基邻氨基苯甲酸3-HAA、黄尿酸XA、喹啉酸QA、色氨酸、5-羟色氨酸5-HTP及其组合。统计学分析将一种或多种犬尿氨酸标志物的水平变换成犬尿氨酸评分。在一些情形中，统计学分析是四分位数评分且各个标志物的四分位数评分可以求和生成四分位数总评分。在一方面，包含单一学习统计分类器系统的统计学分析被应用于犬尿氨酸标志物评分的数据集，以基于犬尿氨酸标志物产生将样品分类为IBS样品或非IBS样品的统计学衍生的决策，其中犬尿氨酸评分指示至少一种犬尿氨酸标志物的水平。[0086]术语“5-羟色胺标志物评分”或“5-羟色胺评分”包括个体中1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或更多种标志物的水平，其中所述标志物可以是5-羟色胺标志物，如，但不限于5-羟色胺5-HT和5-羟基吲哚乙酸（5-HIAA、5-羟色胺-0-硫酸、5-羟色胺-0-磷酸及其组合。统计学分析将一种或多种5-羟色胺标志物的水平变换成5-羟色胺评分。在一些情形中，统计学分析是四分位数评分且各个标志物的四分位数评分可以求和生成四分位数总评分。在一方面，包含单一学习统计分类器系统的统计学分析被应用于5-羟色胺标志物评分的数据集，以基于5-羟色胺标志物产生将样品分类为IBS样品或非IBS样品的统计学衍生的决策，其中5-羟色胺评分指示至少一种5-羟色胺标志物的水平。[0087]术语“炎性肠病标志物评分”、“炎性肠病评分”、“IBD标志物评分”或“IBD评分”包括个体中1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或更多种标志物的水平，其中所述标志物可以是IBD标志物，如，但不限于抗嗜中性粒细胞的胞质抗体ANCA、抗酿酒酵母免疫球蛋白AASCA-IgA、抗酿酒酵母免疫球蛋白GASCA-IgG、抗外膜蛋白C抗OmpC抗体、抗鞭毛蛋白抗体、核周抗嗜中性粒细胞的胞质抗体pANCA、抗Fla2抗体、抗FlaX抗体、抗CBir抗体、ICAM-I、VCAM-I、VEGF、CRP、SAA及其组合。统计学分析将一种或多种）IBD标志物的水平变换成IBD评分。IBD的额外遗传标志物包括ATG16L1、ECM1、NKX2_3、STAT3及其SNP。在一些情形中，统计学分析是四分位数评分且各个标志物的四分位数评分可以求和生成四分位数总评分。在一方面，包含单一学习统计分类器系统的统计学分析被应用于IBD标志物评分的数据集，以基于IBD标志物产生将样品分类为IBD样品或非IBD样品的统计学衍生的决策，其中其中IBD评分指示至少一种IBD标志物的水平。[0088]术语“胆汁酸吸收不良标志物评分”、“胆汁酸吸收不良评分”或“BAM评分”包括个体中1、2种或更多种标志物的水平，其中所述标志物可以是BAM标志物，如，但不限于7-α-羟基-4-胆留烯-3-酮和FGF19。统计学分析将一种或多种BAM标志物的水平变换成BAM评分。在一些情形中，统计学分析是四分位数评分且各个标志物的四分位数评分可以求和生成四分位数总评分。在一方面，包含单一学习统计分类器系统的统计学分析被应用于BAM标志物评分的数据集，以基于MM标志物产生将样品分类为IBS样品或非IBS样品的统计学衍生的决策，其中BAM评分指示至少一种BAM标志物的水平。[0089]术语“乳糜泻标志物评分”、“乳糜泻评分”、“CD标志物评分”或“CD评分”包括个体中1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20种或更多种标志物的水平，其中所述标志物可以是CD标志物，如，但不限于抗麦醇溶蛋白IgA抗体、抗麦醇溶蛋白IgG抗体、抗组织转谷氨酰胺酶tTG抗体、抗肌内膜抗体及其组合。统计学分析将一种或多种）CD标志物的水平变换成CD评分。在一些情形中，统计学分析是四分位数评分且各个标志物的四分位数评分可以求和生成四分位数总评分。在一方面，包含单一学习统计分类器系统的统计学分析被应用于CD标志物评分的数据集，以基于CD标志物产生将样品分类为CD样品或非CD样品的统计学衍生的决策，其中CD评分指示至少一种CD标志物的水平。[0090]在四分位数分析中，存在有三个数值将数据范围划分成四个相等的部分。第一个四分位数也称为“下四分位数”）是在其之下有25%的底部数据的数值。第二个四分位数“中值四分位数”）分割中间的范围并在其之下具有50%的数据。第三个四分位数也称为“上四分位数”）在其之下具有75%的数据且在其之上有最高的25%的数据。作为非限制性的实例，四分位数分析可以应用于本文描述的标志物例如抗体或其它蛋白质标志物的浓度水平，从而使第一个四分位数（〈25%的标志物水平被分配数值1，第二个四分位数（25-50%的标志物水平被分配数值2,第三个四分位数51%-〈75%的标志物水平被分配数值3,且第四个四分位数75%-100%的标志物水平被分配数值4。[0091]如本文使用的“四分位数总得分”或“QSS”包括所有目标标志物的四分位数得分的总和。作为非限制性的实例，6标志物组的四分位数总得分可以范围为6-24,其中，基于标志物的存在与否或标志物的水平，单独标志物的每一个被分配1-4的四分位数得分。[0092]术语“统计学算法”或“统计学分析”包括学习统计学分类器系统。在一些情形中，学习统计学分类器系统选自由随机森林、分类和回归树、提升树、神经网络、支持向量机、一般卡方自动交互式检测器模型（generalchi-squaredautomaticinteractiondetectormodel、交互树（interactivetree、多元自适应回归样条（mutiadaptiveregressionspline、机器学习分类器以及其组合组成的组。在某些情形中，统计学算法包括单一学习统计学分类器系统。在其它实施方案中，统计学算法包括至少两种学习统计学分类器系统的组合。在一些情形中，该至少两种学习统计学分类器系统串联使用。适用于本发明的统计学算法和分析的非限制性实例记载于美国专利公开号20110045476,其公开内容以其整体并入本文作为参考用于所有目的。[0093]术语“诊断模型”包括犬尿氨酸评分、肥大细胞评分、5-羟色胺评分、胆汁酸吸收不良评分、microbiome评分、炎性评分及其组合。在优选的方面，对具有已知并发症及所进行的外科手术的疾病结局已知组以及健康对照进行回顾性分析。在一个方面，可以对一种或多种犬尿氨酸标志物、一种或多种肥大细胞标志物、一种或多种5-羟色胺标志物、一种或多种胆汁酸吸收不良标志物、一种或多种microbiome标志物和或一种或多种炎性标志物的水平进行回归分析例如，逻辑回归），以开发诊断模型。[0094]III.实施方案的描述[0095]A.用于辅助诊断肠易激惹综合征的方法[0096]在一个方面，本发明提供辅助诊断对象中肠易激惹综合征（IBS的方法。[0097]图5显示本发明IBS诊断测定的示例性实施方案的流程图。在某些实施方案中，诊断测定应用乳糜泻CD标志物的量值并且基于第一统计算法计算乳糜泻评分以预测CD与非CD105。该统计模型确定该患者是否患有CD。如果与对照评分相比，乳糜泻评分预测该患者是非CD患者（110，则样品进入本方法的下一个步骤。这个步骤应用炎性肠病（IBD标志物的量值并且基于第二统计算法计算IBD评分以预测IBD与非IBD120。如果与对照评分相比，患者的IBD评分预测该患者是非IBD患者（125，则样品进入测定的下一个步骤，所述步骤用来预测IBS与非IBS130。这个步骤利用患者的分别基于测量细菌抗原抗体标志物180、肥大细胞标志物（150、炎性标志物（190、胆汁酸吸收不良标志物（170、犬尿氨酸标志物（140和5-羟色胺标志物（160的microbiome评分（185、肥大细胞评分（155、炎性评分（195、胆汁酸吸收不良评分（175、氧化应激评分（145和5-羟色胺评分（165组合以计算用于预测IBS与非IBS的疾病评分。如果患者的疾病评分小于截断值cut-off，则算法预测该患者是非IBS患者。如果患者的疾病评分大于截值，则预测该患者患有IBS。[0098]在一些实施方案中，本文中提供的方法包括：（a测量取自对象的生物样品中乳糜泻CD标志物的组的水平；⑹对该CD标志物组的测量水平应用统计学分析以产生CD评分；c与对照组如⑶患者相比，基于⑶评分确定对象患有⑶。[00"]在一些实施方案中，CD标志物选自抗麦醇溶蛋白IgA抗体、抗麦醇溶蛋白IgG抗体、抗组织转谷氨酰胺酶tTG抗体、抗肌内膜抗体及其组合。在一些实施方案中，统计学分析将⑶标志物组的水平转换成⑶评分。在一些实施方案中，CD评分包括基于多种⑶标志物分析的经验推算谱。在一个方面，标志物的浓度或它们的测量浓度值由计算机上存在的算法转换成指数。在某些方面，评分是合成的或人推算的输出、谱或截断值，其以数值术语表示生物学数据。评分可以用来确定或作出临床决策或辅助作出临床决策。在一些实施方案中，统计学分析包括向CD标志物应用四分位数分析，以通过将CD标志物水平的存在转换成四分位数评分并加总每种标志物的四分位数评分，大致获得对象的四分位数总评分QSS。[0100]在一些实施方案中，该方法包括：（a测量取自对象的生物样品中炎性肠病（IBD标志物的组的水平；⑹对该IBD标志物组的测量水平应用统计学分析以产生IBD评分;并且c与对照组如IBD患者相比，基于IBD评分确定对象患有IBD。[0101]在一些实施方案中，IBD标志物选自抗嗜中性粒细胞的胞质抗体ANCA、抗酿酒酵母免疫球蛋白AASCA-IgA、抗酿酒酵母免疫球蛋白GASCA-IgG、抗外膜蛋白C抗OmpC抗体、抗鞭毛蛋白抗体、核周抗嗜中性粒细胞的胞质抗体pANCA、抗Fla2抗体、抗FlaX抗体、抗CBir抗体、ICAM-1、VCAM-1、VEGF、CRP、SAA及其组合。在一些实施方案中，统计学分析将IBD标志物的组的水平转换成IBD评分。在一些实施方案中，IBD评分包括基于多种IBD标志物分析的经验推算谱。在一个方面，标志物的浓度或它们的测量浓度值由计算机上存在的算法转换成指数。在某些方面，评分是合成的或人推算的输出、谱或截断值，其以数值术语表示生物学数据。评分可以用来确定或作出临床决策或辅助作出临床决策。在一些实施方案中，统计学分析包括向IBD标志物应用四分位数分析，以通过将IBD标志物水平的存在转换成四分位数评分并加总每种标志物的四分位数评分，大致获得对象的四分位数总评分QSS〇[0102]在一些实施方案中，该方法包括：（a测量取自对象的生物样品中的细菌抗原抗体标志物的组的水平；以及b对细菌抗原抗体标志物的组的测量水平应用统计学分析以产生细菌抗原抗体标志物评分。在一些实施方案中，细菌抗原抗体标志物是针对细菌抗原的抗体，其中所述细菌抗原选自Flal、Fla2、FlaA、FliC、FliC2、FliC3、YBaNl、ECFliC、EcOFliC、SeFljB、CjFlaA、CjFlaB、SfFliC、CjCgtA、Cjdmh、CjGT-A、EcYidX、EcEra、EcFrvX、EcGabT、EcYedK、EcYbaN、EcYhgN、RtMaga、RbCpaF、RgPiID、LaFrc、LaEno、LjEFTu、BfOmpa、PrOmpA、CplObA、CpSpA、EfSant、LmOsp、SfET_2、Cpatox、Cpbtox、EcSta2、EcOStx2A、CjcdtBC、CdtcdAB及其组合。在一些实施方案中，统计学分析将细菌抗原抗体标志物的组的水平转换成microbiome评分。在一些实施方案中，microbiome评分包括基于多种细菌抗原抗体标志物分析的经验推算谱。在一个方面，标志物的浓度或它们的测量浓度值由计算机上存在的算法转换成指数。在某些方面，评分是合成的或人推算的输出、谱或截断值，其以数值术语表示生物学数据。评分可以用来确定或作出临床决策或辅助作出临床决策。在一些实施方案中，统计学分析包括向细菌抗原抗体标志物应用四分位数分析，以通过将细菌抗原抗体标志物水平的存在转换成四分位数评分并加总每种标志物的四分位数评分，大致获得对象的四分位数总评分QSS。[0103]在一些实施方案中，诊断模型包含microbiome评分。在一些实施方案中，使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种细菌抗原抗体标志物水平应用逻辑回归分析，推算microbiome评分。[0104]在一些实施方案中，该方法包括：（a测量取自对象的生物样品中的肥大细胞标志物的组的水平；以及b对肥大细胞标志物组的测量水平应用统计学分析以产生肥大细胞标志物评分。在一些实施方案中，肥大细胞标志物选自类胰蛋白酶、组胺、前列腺素E2及其组合。在一些实施方案中，统计学分析将肥大细胞标志物组的水平转换成肥大细胞评分。在一些实施方案中，肥大细胞评分包括基于多种肥大细胞标志物分析的经验推算谱。在一个方面，标志物的浓度或它们的测量浓度值由计算机上存在的算法转换成指数。在某些方面，评分是合成的或人推算的输出、谱或截断值，其以数值术语表示生物学数据。评分可以用来确定或作出临床决策或辅助作出临床决策。肥大细胞评分可以在一段时间范围内多次测量。在一个方面，算法可以用已知的样品训练并随后用身份已知的样品验证。在一些实施方案中，统计学分析包括向肥大细胞标志物应用四分位数分析，以通过将肥大细胞标志物水平的存在转换成四分位数评分并加总每种标志物的四分位数评分，大致获得对象的四分位数总评分QSS。[0105]在一些实施方案中，诊断模型包含肥大细胞评分。在一些实施方案中，使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种肥大细胞标志物水平应用逻辑回归分析，推算肥大细胞评分。[0106]在一些实施方案中，该方法包括：（a测量取自对象的生物样品中的炎性标志物的组的水平；以及〇3对炎性标志物的组的测量水平应用统计学分析以产生炎性评分。在一些实施方案中，炎性标志物选自BDNF、EGF、VEGF、双调蛋白、NGAL、TWEAK、GRO-α、IL-1β、IL-8、HMP1、CRP、SAA、ICAM-1、VCAM-1及其组合。在一些实施方案中，统计学分析将炎性标志物组的水平转换成炎性评分。在一些实施方案中，炎性评分包括基于多种炎性标志物分析的经验推算谱。在一个方面，标志物的浓度或它们的测量浓度值由计算机上存在的算法转换成指数。在某些方面，评分是合成的或人推算的输出、谱或截断值，其以数值术语表示生物学数据。评分可以用来确定或作出临床决策或辅助作出临床决策。炎性评分可以在一段时间范围内多次测量。在一个方面，算法可以用已知的样品训练并随后用身份已知的样品验证。在一些实施方案中，统计学分析包括向炎性标志物应用四分位数分析，以通过将炎性标志物水平的存在转换成四分位数评分并加总每种标志物的四分位数评分，大致获得对象的四分位数总评分QSS。[0107]在一些实施方案中，诊断模型包含炎性评分。在一些实施方案中，使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种炎性标志物水平应用逻辑回归分析，推算炎性评分。[0108]在一些实施方案中，该方法包括：（a测量取自对象的生物样品中的犬尿氨酸标志物的组的水平；以及b对犬尿氨酸标志物组的测量水平应用统计学分析以产生犬尿氨酸评分例如，氧化应激评分）。在一些实施方案中，犬尿氨酸标志物选自犬尿氨酸K、犬尿烯酸KyA、邻氨基苯甲酸AA、3_羟基犬尿氨酸3-HK、3_羟基邻氨基苯甲酸3-HAA、黄尿酸XA、喹啉酸QA、色氨酸、5-羟色氨酸5-HTP及其组合。在一些实施方案中，统计学分析将犬尿氨酸标志物的组的水平转换成犬尿氨酸评分。在一些实施方案中，犬尿氨酸评分包括基于多种犬尿氨酸标志物分析的经验推算谱。在一个方面，标志物的浓度或它们的测量浓度值由计算机上存在的算法转换成指数。在某些方面，评分是合成的或人推算的输出、谱或截断值，其以数值术语表示生物学数据。评分可以用来确定或作出临床决策或辅助作出临床决策。犬尿氨酸评分可以在一段时间范围内多次测量。在一个方面，算法可以用已知的样品训练并随后用身份已知的样品验证。在一些实施方案中，统计学分析包括向犬尿氨酸标志物应用四分位数分析，以通过将犬尿氨酸标志物水平的存在转换成四分位数评分并加总每种标志物的四分位数评分，大致获得对象的四分位数总评分QSS。[0109]在一些实施方案中，诊断模型包含犬尿氨酸评分。在一些实施方案中，使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种犬尿氨酸标志物水平应用逻辑回归分析，推算犬尿氨酸评分。[0110]在一些实施方案中，该方法包括：（a测量取自对象的生物样品中的5-羟色胺标志物的组的水平；以及b对5-羟色胺标志物的组的测量水平应用统计学分析以产生5-羟色胺评分。在一些实施方案中，5-羟色胺标志物选自5-羟色胺（5-HT，5_羟基吲哚乙酸（5-HIAA、5-羟色胺-0-硫酸、5-羟色胺-0-磷酸及其组合。在一些实施方案中，统计学分析将5-羟色胺标志物的组的水平转换成5-羟色胺评分。在一些实施方案中，5-羟色胺评分包括基于多种5-羟色胺标志物分析的经验推算谱。在一个方面，标志物的浓度或它们的测量浓度值由计算机上存在的算法转换成指数。在某些方面，评分是合成的或人推算的输出、谱或截断值，其以数值术语表示生物学数据。评分可以用来确定或作出临床决策或辅助作出临床决策。5-羟色胺评分可以在一段时间范围内多次测量。在一个方面，算法可以用已知的样品训练并随后用身份已知的样品验证。在一些实施方案中，统计学分析包括向5-羟色胺标志物应用四分位数分析，以通过将5-羟色胺标志物水平的存在转换成四分位数评分并加总每种标志物的四分位数评分，大致获得对象的四分位数总评分QSS。[0111]在一些实施方案中，诊断模型包含5-羟色胺评分。在一些实施方案中，使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种5-羟色胺标志物水平应用逻辑回归分析，推算5-羟色胺评分。[0112]在一些实施方案中，该方法包括：（a测量取自对象的生物样品中的一胆汁酸吸收不良（BAM标志物的组的水平；以及⑹对MM标志物的组的测量水平应用统计学分析以产生BAM评分。在一些实施方案中，BAM标志物选自7α-羟基-4-胆甾烯-3-酮、FGF19及其组合。在一些实施方案中，统计学分析将BAM标志物组的水平转换成BAM评分。在一些实施方案中，BAM评分包括基于多种BAM标志物分析的经验推算谱。在一个方面，标志物的浓度或它们的测量浓度值由计算机上存在的算法转换成指数。在某些方面，评分是合成的或人推算的输出、谱或截断值，其以数值术语表示生物学数据。评分可以用来确定或作出临床决策或辅助作出临床决策。BAM评分可以在一段时间范围内多次测量。在一个方面，算法可以用已知的样品训练并随后用身份已知的样品验证。在一些实施方案中，统计学分析包括向BAM标志物应用四分位数分析，以通过将BAM标志物水平的存在转换成四分位数评分并加总每种标志物的四分位数评分，大致获得对象的四分位数总评分QSS。[0113]在一些实施方案中，诊断模型包含BAM评分。在一些实施方案中，使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种BAM标志物水平应用逻辑回归分析，推算BAM评分。[0114]在一些实施方案中，通过使用综合对象的microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、BAM评分、犬尿氨酸评分和5-羟色胺评分的算法，生成对象的疾病评分。对象的疾病评分可以与诊断模型比较，以确定与健康对照相比，对象是否具有增加的患有IBS的可能性。[0115]在一些实施方案中，诊断模型基于来自IBS结果已知的患者回顾性组和健康对照的microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、犬尿氨酸评分和5-羟色胺评分的组合。例如，诊断模型可以代表IBS结果已知的患者回顾性组和健康对照的疾病评分。在一些实施方案中，诊断模型包含逻辑回归模型。[0116]在一些实施方案中，诊断模型包含IBS诊断截断值，其中高于该截断值的疾病评分表示对象患有IBS和或IBS亚型。在其他情况下，低于该截留值的疾病评分可以表示对象未患有IBS。[0117]用于检测或确定至少一种生物标志物的水平的样品一般是全血、血浆、血清、唾液、尿、粪即，粪便）、泪和任何其他体液或组织样品（即，活组织检查样品）如小肠或结肠样品。优选地，样品是血清、全血、血浆、粪便、尿或组织活检样品。在某些情况下，本发明的方法还包括在检测或确定样品中至少一种生物标志物的水平之前，从个体获得样品。在一个优选实施方案中，从血液或血清样品检测额外的生物标志物。在其他实施方案中，从对象的唾液样品、尿样、粪便样品或源自肠中的活组织检查样品检测生物标志物。[0Ί18]B.细菌抗原抗体标志物例如，microbiome标志物）[0119]如本文所用，术语“细菌抗原抗体”指与细菌抗原特异性结合的抗体或其抗原性片段，如抗细菌抗原抗体。不受任何具体理论约束的情况下，患有IBS或涉及胃肠道微生物丛的其他病症的个体可以形成抗细菌抗原抗体。[0120]在一个方面，本发明提供了通过检测样品中至少一种细菌抗原抗体标志物水平，辅助诊断IBS和或IBS亚型的方法。细菌抗原抗体标志物包括与细菌抗原特异性结合抗体，所述细菌抗原包括但不限于Flal、Fla2、FlaA、FliC、FliC2、FliC3、YBaNl、ECFliC、EcOFliC、SeFljB、CjFlaA、CjFlaB、SfFliC、CjCgtA、Cjdmh、CjGT-A、EcYidX、EcEra、EcFrvX、EcGabT、EcYedK、EcYbaN、EcYhgN、RtMaga、RbCpaF、RgPiID、LaFrc、LaEno、LjEFTu、BfOmpa、PrOmpA、Cpl0bA、CpSpA、EfSant、Lm0sp、SfET-2、Cpatox、Cpbtox、EcSta2、Ec0Stx2A、CjcdtBC、CdtcdAB及其组合。[0121]在一些实施方案中，该方法包括测量取自对象的生物样品中至少一种细菌抗原抗体标志物的水平。在某些情况下，可以测量细菌抗原抗体的任何1元组、2元组、3元组、4元组、5元组、6元组、7元组、8元组、9元组、10元组、11元组、12元组、13元组、15元组、16元组、17元组、18元组、19元组、20元组、21元组、22元组、23元组、24元组、25元组、26元组、27元组、28元组、29元组、30元组、31元组、32元组、33元组、34元组或35元组。[0122]在一些实施方案中，与健康对照相比，患有IBS的个体中至少一种细菌抗原抗体标志物的水平，例如1、2、3、4、5,6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35种或更多种细菌抗原抗体标志物的水平增加。在其他实施方案中，与健康对照相比，患有IBS的个体中至少一种细菌抗原抗体标志物的水平，例如1、2、3、4、5,6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35种或更多种细菌抗原抗体标志物的水平降低。在一些实施方案中，与来自健康对照的细菌抗原抗体标志物的组的水平相比，在取自患有IBS的个体样品中细菌抗原抗体标志物的组水平失调。[0123]在一些实施方案中，方法包括:a使来自对象的生物样品与细菌抗原多肽或其抗原性片段在下述条件下接触，所述条件适合将样品中存在的细菌抗原抗体转化成包含这种细菌抗原抗体和细菌抗原多肽或其片段的复合物;和⑹确定复合物的水平，因而确定样品中存在的细菌抗原的水平。在一些实施方案中，该方法还包括：（c将样品中存在的细菌抗原抗体的水平与细菌抗原抗体的对照水平比较，其中细菌抗原抗体的水平表示对象患有IBS的可能性增加。[0124]细菌抗原多肽或其片段选择性地与待测量的细菌抗原抗体结合。例如，可以使用鞭毛多肽或其抗原性片段测量针对细菌鞭毛蛋白（例如，SfFliC的抗体的水平。[0125]在一个具体实施方案中，本发明提供一种辅助诊断IBS的方法，该方法包括：（a在下述条件下接触其中含有细菌抗原抗体的样品，所述条件适合将细菌抗原抗体转化成包含细菌抗原和所捕获的抗细菌抗原抗体的复合物；（b使复合物与酶标记的指示剂抗体接触以将复合物转化成标记的复合物；（c使标记的复合物与酶的底物接触;和d检测样品中细菌抗原抗体的存在或水平。[0126]在某些其它实施方案中，使用免疫测定例如ELISA或免疫组化测定确定至少一种细菌抗原抗体标志物的水平。适用于本发明的方法的免疫测定的非限制性实例包括酶联免疫吸附测定ELISA。适用于本发明的方法的免疫组化测定的实例包括但不限于，免疫荧光测定例如直接荧光抗体测定、间接荧光抗体IFA测定、抗补体免疫荧光测定和抗生物素蛋白-生物素免疫荧光测定。其他类型的免疫组化测定包括免疫过氧化物酶测定。用于确定血清、血浆、唾液或尿液样品中细菌抗原的存在或水平的合适的ELISA试剂盒可得自例如AntigenixAmericaInc.Huntingtonstation,NY,PromegaMadison,ffl,RDSystems,Inc.Minneapolis1MN,LifeTechnologiesCarlsbad，CA，CHEMICONInternational，Inc·Temecula，CA，NeogenCorp.Lexington1KY,PeproTechRockyHill，NJ，AlpcoDiagnosticsSalem，NH，PierceBiotechnology，Inc·Rockford，IL，和或AbazymeNeedham，MA〇[0127]在一个方面，本发明提供一种检测样品中细菌抗原抗体标志物的测定，所述方法包括步骤：（a用细菌抗原或其抗原性片段包被固相表面；（b使固相表面与样品在下述条件下接触，所述条件适合将样品中存在的细菌抗原抗体转化成包含细菌抗原和细菌抗原抗体的复合物；（C使细菌抗原和细菌抗原抗体与检测用抗体在适合形成三元复合物的条件下接触;和01使三元复合物与发光或化学发光底物接触。[0128]在一个实施方案中，检测用抗体与碱性磷酸酶缀合。在其他实施方案中，检测用抗体不与酶缀合并且该方法还包括步骤：（i使三元复合物与缀合于碱性磷酸酶的第三抗体在适合形成四元复合物的条件下接触并且ii使四元复合物与发光或化学发光底物接触。[0129]任何合适的抗体对可以用作夹心ELISA中的捕获抗体和检测用抗体。本领域技术人员将知道并理解如何选择用于测定的适宜抗体对。通常，选择两种抗体，所述两种抗体与目的靶例如，β-类胰蛋白酶在不同表位如此结合，从而第一捕获抗体的结合不干扰第二检测抗体。在某些实施方案中，检测用抗体将是与酶例如，碱性磷酸酶缀合，以辅助检测复合物。在其他实施方案中，与结合检测用抗体的酶例如，碱性磷酸酶缀合的第二抗体可以用于测定中。[0130]通常，将通过使用发光底物检测复合物，所述发光底物例如是试剂盒如UltraLITENAGResearchLaboratories；SensoLyteAnaSpec；SuperSignalELISAFemto最大灵敏度底物（ThermoScientific;SuperSignalELISAPico化学发光底物（ThermoScientific中存在的发光底物或CPSD3-4-甲氧基螺{1，2-二5恶二酮-3，25氯三环[3.3.1.13，7]癸烷}-4-基苯基磷酸酯二钠;Tropix，Inc。[0131]可以通过使用软件算法如EMBO以计算机方式预测免疫原性位点，鉴定细菌抗原的抗原性片段的氨基酸序列。例如，评估抗原蛋白的一系列肽片段的亲水性、可及性和柔性特性以确定预测具有最大抗原性例如，具有最高抗原性评分的肽片段。[0132]在某些实施方案中，多种细菌抗原在本发明的帮助诊断IBS的方法中特别有用。细菌抗原的非限制性实例包括鞭毛蛋白多肽或其片段以及其它由胃肠道微生物群表达的多肽或其片段。微生物鞭毛蛋白是一种发现于细菌鞭毛中的蛋白，其以中空的圆柱体自身排列形成丝。鞭毛蛋白多肽或其片段通常由细菌包括梭菌属、毛螺菌科细菌A4、大肠杆菌K12、大肠杆菌0157:H7、福氏志贺氏菌、空肠弯曲杆菌和肠炎沙门菌表达。[0133]可以使用鞭毛蛋白或其片段如其免疫反应性片段确定抗鞭毛蛋白抗体在来自个体的样品中的存在。可用于确定样品中抗鞭毛蛋白抗体水平的合适鞭毛蛋白抗原包括而不限于鞭毛蛋白如CBir-I、FliC、FljB、鞭毛蛋白、鞭毛蛋白XFla-X、鞭毛蛋白AFlaA、鞭毛蛋白BFlaB、鞭毛蛋白2Fla2、其片段及其组合、具有与该鞭毛蛋白实质上相同的氨基酸序列的鞭毛蛋白多肽，或其片段如其免疫反应性片段。如本文所用，鞭毛蛋白多肽通常描述了具有下述氨基酸序列的多肽，所述氨基酸序列与天然存在的鞭毛蛋白具有大于约50%同一性、优选地大于约60%同一性、更优选地大于约70%同一性、仍更优选地大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性，其中使用序列比对程序如CLUSTALW确定氨基酸同一性。可以例如通过从细菌如胆型螺杆菌HelicobacterBilis、雪紹螺杆菌Helicobactermustelae、幽门螺杆菌Helicobacterpylori、毛螺科细菌A4、福氏志贺氏菌、大肠杆菌、肠炎沙门氏菌、空肠弯曲杆菌、溶纤维丁酸弧菌Butyrivibriofibrisolvens和盲肠中存在的细菌纯化、通过重组表达编码鞭毛蛋白抗原的核酸、通过合成手段如溶液肽合成法或固相肽合成法，制备这类鞭毛蛋白抗原。[0134]表1中提出细菌抗原的非限制性例子。[0135]表1.细菌抗原[0136][0138][0139]术语“EcFliC”是指与抗FliC抗体具有免疫反应性的大肠杆菌菌株K12的鞭毛蛋白。可用于确定样品中的抗FliC抗体水平的合适的EcFliC抗原包括但不限于，大肠杆菌菌株K12的FliC蛋白质、具有与大肠杆菌菌株K12的FliC蛋白质实质上相同的氨基酸序列的FliC多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。大肠杆菌菌株K12的FliC多肽通常描述了具有与大肠杆菌菌株K12的FliC蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如大肠杆菌纯化、通过重组表达编码FliC肽如NCBI登录号AAA23950.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0140]术语“EcOFliC”是指与抗FliC抗体具有免疫反应性的大肠杆菌菌株0157:H7的鞭毛蛋白。可用于确定样品中的抗FliC抗体水平的合适的FliC抗原包括但不限于，FliC蛋白质、具有与FliC蛋白质实质上相同的氨基酸序列的FliC多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。FliC多肽通常描述了具有与FliC蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如大肠杆菌菌株0157:H7纯化、通过重组表达编码FliC肽如NCBI登录号BAB36085.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0M1]术语“SeFljB”指与抗Fljb抗体具有免疫反应性的肠炎沙门氏菌鞭毛蛋白蛋白质。可用于确定样品中抗Fljb抗体水平的合适SeFljB抗原包括而不限于Fljb蛋白质、具有与Fljb蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Fljb多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。Fljb多肽通常描述了具有与Fljb蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如肠炎沙门氏菌纯化、通过重组表达编码Fljb肽如Uniprot编号B5R0Z9的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0142]术语“CjFlaA”是指与抗FlaA抗体具有免疫反应性的空肠弯曲杆菌的鞭毛蛋白亚基。可用于确定样品中的抗FlaA抗体水平的合适的CjFlaA抗原包括但不限于，FlaA蛋白质、具有与FlaA蛋白质实质上相同的氨基酸序列的FlaA多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。FlaA多肽通常描述了具有与FlaA蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如空肠弯曲杆菌纯化、通过重组表达编码FlaA肽如NCBI登录号ABC69276.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0143]术语“CjFlaB”是指与抗FlaB抗体具有免疫反应性的空肠弯曲杆菌的鞭毛蛋白B。可用于确定样品中的抗FlaB抗体水平的合适的CjFlaB抗原包括但不限于，FlaB蛋白质、具有与FlaB蛋白质实质上相同的氨基酸序列的FlaB多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。FlaB多肽通常描述了具有与FlaB蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如空肠弯曲杆菌纯化、通过重组表达编码FlaB肽如NCBI登录号EAQ72883.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0M4]术语“SfFliC”是指与抗FliC抗体具有免疫反应性的弗氏志贺氏菌的鞭毛蛋白。可用于确定样品中的抗FliC抗体水平的合适的SfFliC抗原包括但不限于，FliC蛋白质、具有与FliC蛋白质实质上相同的氨基酸序列的FliC多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。FliC多肽通常描述了具有与FliC蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如弗氏志贺氏菌纯化、通过重组表达编码FliC肽如NCBI登录号BAA04093.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。本领域技术人员将会理解，弗氏志贺氏菌FliC也称为鞭毛丝结构蛋白质、鞭毛蛋白和H-抗原。[0145]术语“Cj81-045”或“CjGT-A”是指与抗Cj81-045CjGT-A抗体具有免疫反应性的空肠弯曲杆菌膜蛋白。可用于确定样品中的抗Cj81-045CjGT-A抗体水平的合适的Cj81-045CjGT-A抗原包括但不限于，Cj81-045CjGT-A蛋白质、具有与Cj81-045CjGT-A蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Cj81-045CjGT-A多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。Cj81-045CjGT-A多肽通常描述了具有与Cj81-045CjGT-A蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如空肠弯曲杆菌纯化、通过重组表达编码Cj81-045CjGT-A肽如NCBI登录号AAW56124.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0146]术语“Cj81-128”或“Cjdmh”是指与抗Cj81-128Cjdmh抗体具有免疫反应性的空肠弯曲杆菌膜蛋白。可用于确定样品中的抗Cj81-128Cjdmh抗体水平的合适的Cj81-128Cjdmh抗原包括但不限于，Cj81-128Cjdmh蛋白质、具有与Cj81-128Cjdmh蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Cj81-128Cjdmh多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。Cj81-128Cjdmh多肽通常描述了具有与Cj81-128Cjdmh蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如空肠弯曲杆菌纯化、通过重组表达编码Cj81-128Cjdmh肽如NCBI登录号AAW56187.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0147]术语“Cj81-008”或“CjCgtA”是指与抗Cj81-008CjCgtA抗体具有免疫反应性的空肠弯曲杆菌的β-1，4-Ν-乙酰半乳糖氨基转移酶。可用于确定样品中的抗Cj81-008-CjCgtA抗体水平的合适的Cj81-008CjCgtA抗原包括但不限于，Cj81-008CjCgtA蛋白质、具有与Cj81-008CjCgtA蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Cj81-008CjCgtA多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。Cj81-008CjCgtA多肽通常描述了具有与Cj81-008CjCgtA蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如空肠弯曲杆菌纯化、通过重组表达编码Cj81-008CjCgtA肽如NCBI登录号AAW56101.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来来制备这些抗原。[0148]术语“EcYidX”是指与抗YidX抗体具有免疫反应性的大肠杆菌菌株K12的推定的复制酶。YidX被预测为脂蛋白C。可用于确定样品中的抗YidX抗体水平的合适的YidX抗原包括但不限于，大肠杆菌菌株K12的YidX蛋白质、具有与YidX蛋白质实质上相同的氨基酸序列的YidX多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。YidX多肽通常描述了具有与大肠杆菌菌株K12的YidX蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一"性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如大肠杆菌纯化、通过重组表达编码YidX肽如NCBI登录号AAT48200.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。本领域技术人员将会理解，YidX也称为预测的脂蛋白C。[0149]术语“EcEra”是指与抗Era抗体具有免疫反应性的大肠杆菌菌株K12的Ras样膜相关的核糖体结合GTP酶。可用于确定样品中的抗Era抗体水平的合适的EcEra抗原包括但不限于，大肠杆菌菌株K12的Era蛋白质、具有与大肠杆菌菌株K12的Era蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Era多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。大肠杆菌菌株K12的Era多肽通常描述了具有与大肠杆菌菌株K12的Era蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如大肠杆菌菌株K12纯化、通过重组表达编码Era肽如NCBI登录号AAA03242.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。本领域技术人员将会理解，Era也称为膜相关的16SrRNA-结合GTP酶、B2566、SdgE和RbaA。[0150]术语“EcFrvX”是指与抗FrvX抗体具有免疫反应性的大肠杆菌菌株K12的frv操纵子蛋白质。FrvX被预测为内切-1，4-β-葡聚糖酶。可用于确定样品中的抗FrvX抗体水平的合适的EcFrvX抗原包括但不限于，大肠杆菌菌株Κ12的FrvX蛋白质、具有与大肠杆菌菌株Κ12的FrvX蛋白质实质上相同的氨基酸序列的FrvX多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。大肠杆菌菌株Κ12的FrvX多肽通常描述了具有与大肠杆菌菌株Κ12的FrvX蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如大肠杆菌纯化、通过重组表达编码FrvX肽如NCBI登录号AAB03031.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0151]术语“EcGabT”是指与抗GabT抗体具有免疫反应性的大肠杆菌菌株K12的PLP-依赖的4-氨基丁酸氨基转移酶。可用于确定样品中的抗GabT抗体水平的合适的EcGabT抗原包括但不限于，大肠杆菌菌株Kl2的GabT蛋白质、具有与大肠杆菌菌株K12的GabT蛋白质实质上相同的氨基酸序列的GabT多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。GabT多肽通常描述了具有与大肠杆菌菌株K12的GabT蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如大肠杆菌纯化、通过重组表达编码GabT肽如NCBI登录号AAC36832.1的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成、或通过使用噬菌体展示来制备这些抗原。本领域技术人员将会理解，GabT也称为（S-3-氨基-2-甲基丙酸氨基转移酶、GABA氨基转移酶、GABA-AT、γ-氨基-N-丁酸转氨酶和谷氨酸:琥珀酸半醛转氨酶L-AIBAT。[0152]术语“EcYedK”是指与抗YedK抗体具有免疫反应性的大肠杆菌菌株Κ12的预测蛋白质。可用于确定样品中的抗YedK抗体水平的合适的EcYedK抗原包括但不限于，大肠杆菌菌株K12的YedK蛋白质、具有与大肠杆菌菌株K12的YedK蛋白质实质上相同的氨基酸序列的YedK多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。YedK多肽通常描述了具有与大肠杆菌菌株K12的YedK蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一"性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如大肠杆菌纯化、通过重组表达编码YedK肽如NCBI登录号AA48139的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成、或通过噬菌体展示来制备这些抗原。[0153]术语“EcYbaN”指与抗YbaN抗体具有免疫反应性的大肠杆菌菌株K12内膜蛋白YbaN。可用于确定样品中抗YbaN抗体水平的合适EcYbaN抗原包括而不限于大肠杆菌菌株K12的YbaN蛋白、具有与大肠杆菌菌株K12的YbaN蛋白质实质上相同的氨基酸序列的YbaN多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。YbaN多肽通常描述了具有与大肠杆菌菌株K12的YbaN蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如大肠杆菌纯化、通过重组表达编码YbaN肽如Uniprot编号P0AAR5的核酸、通过合成手段如溶液肽合成法或固相肽合成法或通过使用噬菌体展示法，制备这类抗原。[0154]术语“EcYhgN”指据预测作为抗生素转运蛋白发挥作用并与抗YhgN抗体具有免疫反应性的大肠杆菌菌株K12膜蛋白。可用于确定样品中抗YhgN抗体水平的合适EcYhgN抗原包括而不限于大肠杆菌菌株K12的YhgN蛋白、具有与大肠杆菌菌株K12的YhgN蛋白质实质上相同的氨基酸序列的YhgN多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。YhgN多肽通常描述了具有与大肠杆菌菌株K12的YhgN蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌（如大肠杆菌）纯化、通过重组表达编码YhgN肽如NCBI登录号AAA58232.1的核酸、通过合成手段如溶液或固相肽合成或通过使用噬菌体展示法，制备这类抗原。本领域技术人员将理解，YhgN也称作预测的抗生素转运蛋白。[0155]术语“RtMaga”指扭链瘤胃球菌甘露糖基糖蛋白内切-β-Ν-乙酰氨基葡萄糖苷酶并且与抗Maga抗体具有免疫反应性。可用于确定样品中抗Maga抗体水平的合适RtMaga抗原包括而不限于扭链瘤胃球菌Maga蛋白、具有与扭链瘤胃球菌Maga蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Maga多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。Maga多肽通常描述了具有与扭链瘤胃球菌Maga蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌（如扭链瘤胃球菌）纯化、通过重组表达编码Maga肽如Uniprot编号D4M4S6的核酸、通过合成手段如溶液或固相肽合成或通过使用噬菌体展示法，制备这类抗原。[0156]术语“RtCpaF”指与抗CpaF抗体具有免疫反应性的布氏瘤胃球菌RuminococcusbromiiFlp菌毛装配蛋白ATP酶CpF。可用于确定样品中抗CpaF抗体水平的合适RbCpaF抗原包括而不限于布氏瘤胃球菌CpaF蛋白、具有与扭链瘤胃球菌CpaF蛋白质实质上相同的氨基酸序列的CpaF多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。CpaF多肽通常描述了具有与布氏瘤胃球菌CpaF蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌（如布氏瘤胃球菌）纯化、通过重组表达编码CpaF肽如Uniprot编号D4L5L7的核酸、通过合成手段如溶液或固相肽合成或通过使用噬菌体展示法，制备这类抗原。[0157]术语“RtPilD”指与抗PiID抗体具有免疫反应性的Ruminococcusgnavus菌毛蛋白异肽连接结构域蛋白。可用于确定样品中抗PilD抗体水平的合适RgPilD抗原包括而不限于Ruminococcusgnavus的PilD蛋白、具有与RuminococcusgnavusPilD蛋白质实质上相同的氨基酸序列的PilD多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。PilD多肽通常描述了具有与RuminococcusgnavusPilD蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌（如R.gnavus纯化、通过重组表达编码PilD肽如Uniprot编号A7B5T4的核酸、通过合成手段如溶液或固相肽合成或通过使用噬菌体展示法，制备这类抗原。[0158]术语“LaFrc”是指与抗Frc抗体具有免疫反应性的嗜酸乳杆菌的蛋白质。Frc被预测为甲酰CoA转移酶。可用于确定样品中的抗Frc抗体水平的合适的Frc抗原包括但不限于，嗜酸乳杆菌的Frc蛋白质、具有与嗜酸乳杆菌的Frc蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Frc多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。嗜酸乳杆菌的Frc多肽通常描述了具有与嗜酸乳杆菌的Frc蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如嗜酸乳杆菌纯化、通过重组表达编码Frc肽如NCBIRef.Seq.No.YP_193317或UniProt.No.Q5FLY8的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0159]术语“LaEno”是指与抗Eno抗体具有免疫反应性的嗜酸乳杆菌的蛋白质。LaEno被预测为磷酸丙酮酸水合酶稀醇酶）。可用于确定样品中的抗Eno抗体水平的合适的Eno抗原包括但不限于，嗜酸乳杆菌的Eno蛋白质、具有与嗜酸乳杆菌的Eno蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Eno多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。嗜酸乳杆菌的Eno多肽通常描述了具有与嗜酸乳杆菌的Eno蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如嗜酸乳杆菌纯化、通过重组表达编码En〇肽如NCBIRef.Seq.No.YP_193779或UniProt.No.Q5FKM6的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0160]术语“LjEFTu”是指与抗EFTu抗体具有免疫反应性的约氏乳杆菌的蛋白质。EFTu被预测为延长因子Tu。可用于确定样品中的抗EFTu抗体水平的合适的EFTu抗原包括但不限于，约氏乳杆菌的EFTu蛋白质、具有与嗜酸乳杆菌的EFTu蛋白质实质上相同的氨基酸序列的EFTu多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。约氏乳杆菌的EFTu多肽通常描述了具有与约氏乳杆菌的EFTu蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如约氏乳杆菌纯化、通过重组表达编码EFTu肽如NCBIRef.Seq.No.NP_964865或UniProt.No.Q74JU6的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0161]术语“BfOmpA”是指与抗OmpA抗体具有免疫反应性的脆弱拟杆菌的蛋白质。OmpA被预测为主要外膜蛋白A。可用于确定样品中的抗OmpA抗体水平的合适的OmpA抗原包括但不限于，脆弱拟杆菌的OmpA蛋白质、具有与脆弱拟杆菌的OmpA蛋白质实质上相同的氨基酸序列的OmpA多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。脆弱拟杆菌的OmpA多肽通常描述了具有与脆弱拟杆菌的OmpA蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如脆弱拟杆菌纯化、通过重组表达编码0mpA肽如NCBIRef.Seq.No.YP_098863或UniProt.No.Q64VP7的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0162]术语“PrOmpA”是指与抗OmpA抗体具有免疫反应性的普氏菌属物种例如普氏菌属物种oraltaxon472str.F0295的蛋白质。OmpA被预测为免疫反应性抗原PG33或主要外膜蛋白A。可用于确定样品中的抗OmpA抗体水平的合适的OmpA抗原包括但不限于，普氏菌属物种的OmpA蛋白质、具有与普氏菌属物种的OmpA蛋白质实质上相同的氨基酸序列的OmpA多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。普氏菌属物种的OmpA多肽通常描述了具有与普氏菌属物种的OmpA蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如普氏菌属物种纯化、通过重组表达编码OmpA肽如NCBIGenBank登录号EEX54413或UniProt.No.C9PT48的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0163]术语“CplObA”是指与抗IObA抗体具有免疫反应性的产气荚膜梭菌的蛋白质。IObA被预测为IOb抗原。可用于确定样品中的抗IObA抗体水平的合适的IObA抗原包括但不限于，产气荚膜梭菌的IObA蛋白质、具有与产气荚膜梭菌的IObA蛋白质实质上相同的氨基酸序列的IObA多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。产气荚膜梭菌的IObA多肽通常描述了具有与产气荚膜梭菌的IObA蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如产气荚膜梭菌纯化、通过重组表达编码IObA肽如NCBIGenBank登录号EDT72304或UniProt.No.BlVl12的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0164]术语“CpSpA”是指与抗SpA抗体具有免疫反应性的产气荚膜梭菌的蛋白质。SpA被预测为表面保护抗原SpA同源物。可用于确定样品中的抗SpA抗体水平的合适的SpA抗原包括但不限于，产气荚膜梭菌的SpA蛋白质、具有与产气荚膜梭菌的SpA蛋白质实质上相同的氨基酸序列的SpA多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。产气荚膜梭菌的SpA多肽通常描述了具有与产气荚膜梭菌的SpA蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如产气荚膜梭菌纯化、通过重组表达编码SpA肽如NCBIRef.Seq.No.YP_209686或UniProt.No.Q5DWA9的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0165]术语“EfSant”是指与抗Sant抗体具有免疫反应性的奠肠球菌的蛋白质。Sant被预测为表面抗原。可用于确定样品中的抗Sant抗体水平的合适的Sant抗原包括但不限于，粪肠球菌的Sant蛋白质、具有与奠肠球菌的Sant蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Sant多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。粪肠球菌的Sant多肽通常描述了具有与粪肠球菌的Sant蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如粪肠球菌纯化、通过重组表达编码Sant肽如NCBIGenBank登录号EEU72780或UniProt.No.C7W575的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0166]术语“LmOsp”是指与抗Osp抗体具有免疫反应性的单核细胞增生李斯特菌的蛋白质。Osp被预测为外表面抗原。可用于确定样品中的抗Osp抗体水平的合适的Osp抗原包括但不限于，单核细胞增生李斯特菌的Osp蛋白质、具有与单核细胞增生李斯特菌的Osp蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Osp多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。单核细胞增生李斯特菌的Osp多肽通常描述了具有与单核细胞增生李斯特菌的Osp蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如单核细胞增生李斯特菌纯化、通过重组表达编码Osp肽如NCBIRef.Seq.No.ΥΡ_002349810或UniProt.No.B8DFK3的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0167]术语“SfET-2”指与抗肠毒素ET-2抗体具有免疫反应性的福氏志贺氏菌蛋白。预测ET-2是肠毒素。可用于确定样品中抗ET-2抗体水平的合适ET-2抗原包括而不限于福氏志贺氏菌ET-2蛋白、具有与福氏志贺氏菌ET-2蛋白质实质上相同的氨基酸序列的ET-2多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。福氏志贺氏菌ET-2多肽通常描述了具有与福氏志贺氏菌ET-2蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如福氏志贺氏菌纯化、通过重组表达编码ET-2肽如UniProt编号Q7BEN0的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0168]术语“Cpatox”指与抗α毒素抗体具有免疫反应性的产气荚膜梭菌蛋白。预测atox是a毒素。可用于确定样品中抗atox抗体水平的合适atox抗原包括而不限于产气荚膜梭菌atox蛋白、具有与产气荚膜梭菌atox蛋白质实质上相同的氨基酸序列的atox多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。产气荚膜梭菌atox多肽通常描述了具有与产气荚膜梭菌atox蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如产气荚膜梭菌纯化、通过重组表达编码atox肽如UniProt编号Q3HR45的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0169]术语“Cpbtox”指与抗β2毒素抗体具有免疫反应性的产气荚膜梭菌蛋白。预测βtox是β毒素。可用于确定样品中抗ίΗοχ抗体水平的合适ίΗοχ抗原包括而不限于产气荚膜梭菌βΐοχ蛋白、具有与产气荚膜梭菌βΐοχ蛋白质实质上相同的氨基酸序列的βΐοχ多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。产气荚膜梭菌ίΗοχ多肽通常描述了具有与产气荚膜梭菌etox蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如产气荚膜梭菌纯化、通过重组表达编码Ptox肽的核酸如UniProt编号B1R976、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0170]术语“EcSta2”指与抗热稳定毒素Sta2抗体具有免疫反应性的大肠杆菌蛋白。预测Sta2是热稳定毒素。可用于确定样品中抗Sta2抗体水平的合适Sta2抗原包括而不限于大肠杆菌Sta2蛋白、具有与大肠杆菌Sta2蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Sta2多妝、或其片段例如其免疫反应性片段。大肠杆菌Sta2多肽通常描述了具有与大肠杆菌Sta2蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌（如大肠杆菌纯化、通过重组表达编码Sta2肽如UniProt编号Q2WE95的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0171]术语“Ec0Stx2a”指与抗Stx2a抗体具有免疫反应性的大肠杆菌H7:0157的蛋白质。预测Stx2a是志贺毒素亚单位A。可用于确定样品中抗Stx2a抗体水平的合适Stx2a抗原包括而不限于大肠杆菌H7:0157的Stx2a蛋白、具有与该大肠杆菌的Stx2a蛋白质实质上相同的氨基酸序列的Stx2a多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。大肠杆菌H7:0157的Stx2a多肽通常描述了具有与大肠杆菌H7:0157的Stx2a蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如大肠杆菌H7:015纯化、通过重组表达编码Stx2a肽如UniProt编号B6ZXF5的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0172]术语“CjCdtBC”指与抗CdtBC抗体具有免疫反应性的空肠弯曲杆菌蛋白。预测CdtB是细胞致死性肿胀毒素亚单位B并且预测CdtC是细胞致死性肿胀毒素亚单位C。可用于确定样品中抗CdtBC抗体水平的合适CdtBC抗原包括而不限于空肠弯曲杆菌CdtBC蛋白、具有与空肠弯曲杆菌CdtBC蛋白质实质上相同的氨基酸序列的CdtBC多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。空肠弯曲杆菌CdtBC多肽通常描述了具有与空肠弯曲杆菌CdtBC蛋白质具有大于约50%同一性、优选大于约60%同一性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌如空肠弯曲杆菌纯化、通过重组表达编码CdtBC肽如UniProt编号Q46101和Q46102的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0173]术语“CjCdAB”指与抗毒素AB抗体具有免疫反应性的艰难梭菌蛋白。预测CdA是毒素A并且预测CdB是毒素B。可用于确定样品中抗CdtAB抗体水平的合适CdtAB抗原包括而不限于艰难梭菌CdtAB蛋白、具有与艰难梭菌CdtAB蛋白质实质上相同的氨基酸序列的CdtAB多肽、或其片段例如其免疫反应性片段。艰难梭菌CdAB多肽通常描述了具有与艰难梭菌CdAB蛋白质具有大于约50%同一"性、优选大于约60%同一"性、更优选大于约70%同一性、还更优选大于约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的多肽，其中氨基酸同一性使用序列比对程序例如CLUSTALW确定。可以例如通过从肠细菌（如艰难梭菌纯化、通过重组表达编码CdAB肽如UniProt编号P16154和P18177的核酸、通过合成手段例如溶液或固相肽合成来制备这些抗原。[0174]在一些实施方案中，该方法包括通过测量来自个体的样品中存在的针对细菌抗原的抗体的水平，确定至少一种细菌抗原抗体标志物的水平，例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35种标志物的水平。在一些情况下，如果个体以高于或低于健康对照的水平拥有至少一种细菌抗原抗体，则表示该个体患有IBS。个体中细菌抗原抗体的存在或水平能与疾病的水平相关。[0〃5]在一些实施方案中，患者样品中至少一种针对共生细菌抗原的抗体的水平指示患者具有IBS，其中共生细菌抗原选自由LaFrc、LaEno、LjEFTu、BfOmpA、PrOmpA、CplObA、CpSpA、EfSant、Lm0sp及其组合组成的组。如果确定在取自个体的样品中针对细菌种类脆弱拟杆菌或普氏菌属物种的细菌抗原的抗体的水平较之于正常对照样品的水平降低，则该个体被诊断为具有IBS。如果确定个体样品中的针对选自由产气荚膜梭菌、肠球菌、李斯特菌和其它厚壁菌种类组成的组的细菌种类的细菌抗原的抗体的水平较之于健康对照样品更高，则该个体被诊断为具有IBS。[0176]在一些实施方案中，较之于健康对照具有更低水平的针对拟杆菌Bacteriodetes纲细菌的抗体的对象更可能具有IBS。相比之下，较之于健康对照具有更高水平的针对梭菌Clostridia、柔膜菌Mollicutes和或杆菌Bacilli纲细菌的抗体的对象会更可能具有IBS。[0177]在其它实施方案中，使用本文提供的方法来确定具有高于拟杆菌抗原（如BfOmpA和PrOmpA抗原）抗体的增加的水平（例如量、浓度、比率）的厚壁菌抗原（如LaFrc、LaEno、LjEfTu、CplOba、CpSpaA、EfSant和LmOsp抗原抗体的对象被预测为该对象具有增加的患有IBS的可能性。[0178]C.肥大细胞标志物[0179]Ι.β-类胰蛋白酶[0180]在一方面，提供帮助诊断对象中的肠易激惹综合征（IBS的方法，该方法包括:a确定来自对象的样品中存在的类胰蛋白酶的水平;和⑹将样品中存在的类胰蛋白酶的水平与对照水平进行比较，其中对象样品中存在的增加水平的类胰蛋白酶指示着增加的患者患有IBS的可能性。[0181]在一些实施方案中，确定来自对象的样品中存在的β-类胰蛋白酶的水平的方法包括：（a在适于使样品中存在的β-类胰蛋白酶转变成包含β-类胰蛋白酶和β-类胰蛋白酶结合部分的复合物的条件下，使来自对象的生物学样品与类胰蛋白酶结合部分相接触;和⑹确定复合物的水平，从而确定样品中存在的类胰蛋白酶的水平。[0182]在具体的实施方案中，确定来自对象的样品中存在的β-类胰蛋白酶的水平的方法包括：（a在适于使β-类胰蛋白酶转变成包含β-类胰蛋白酶和捕获抗类胰蛋白酶抗体的复合物的条件下，接触其中包含有类胰蛋白酶的样品；⑹将该复合物与酶标记的指示抗体相接触，以使复合物转变成经标记的复合物；（C将经标记的复合物与酶的底物相接触；以及⑹检测样品中β-类胰蛋白酶的存在或水平。[0183]确定来自对象的样品中存在的β_类胰蛋白酶的水平的方法的示例性实施方案记载于美国专利第8，114,616号中，其公开内容以其整体并入本文用于所有目的。[0184]在优选的实施方案中，从同一样品中检测β-类胰蛋白酶、组胺和或PGE2,尽管在某些情形中，可以在例如于相同时间或不同时间取自同一个体的样品中检测生物标志物。在某些实施方案中，在使用对象的血液或血清样品的不同等分试样进行的单独测定中检测生物标志物。在其它实施方案中，在单一的多路检测测定例如在LuminexχΑΜΡ测定中检测生物标志物。[0185]2.组胺[0186]在一个具体实施方案中，本发明提供一种辅助诊断IBS的方法，所述方法包括：（a在下述条件下接触其中含有组胺的样品，所述条件适合将乙酰化组胺转化成包含组胺和捕获抗组胺抗体的复合物；（b使复合物与酶标记的指示剂抗体接触以将复合物转化成标记的复合物；（c使标记的复合物与酶的底物接触；以及d检测样品中组胺的水平。[0187]测定的示例性实施方案是组胺酶免疫测定例如EIA组胺测定（Cat.No.IM2015，ImmunoTech。简言之，通过混合25μ1酰化缓冲液，ΙΟΟμΙ样品、校准物或对照以及25μ1酰化试剂并立即涡旋，使样品中存在的组胺、校准物或对照乙酰化。将50μ1酰化样品、校准物或对照添加至微量滴定测定板的抗组胺抗体涂覆孔中。然后向板中添加200μ1碱性磷酸酶-组胺缀合物。将平板在2_8°C振荡孵育2小时。用洗涤缓冲液清洗孔，并向孔中添加200μ1显色底物。将平板在18_25°C在黑暗中振荡孵育30分钟。然后，添加50μ1反应终止液，之后用发光酶标仪读取发光值。校准物的相对发光单位RLU和组胺浓度用绘图软件例如GraphpadPrism进行制图。通过从在与样品相同的测定中执行的校准曲线进行插值来计算样品和对照中的组胺的水平。[0188]3.前列腺素E2[0189]在一个具体实施方案中，本发明提供一种辅助诊断IBS的方法，所述测定包括：（a在下述条件下接触其中含有前列腺素E2的样品，所述条件适合将有前列腺素E2转化成包含前列腺素E2和捕获抗前列腺素E2抗体的复合物；（b使复合物与酶标记的指示剂抗体接触以将复合物转化成标记的复合物；（c使标记的复合物与酶的底物接触;并且d检测样品中前列腺素E2的水平。[0190]测定的示例性实施方案是PGE2竞争性酶免疫测定例如前列腺素E2EIAKit-MonoclonalCat.No.514010,CaymanChemical。简言之，将50μ1校准物标准物或样品添加至预涂覆羊抗小鼠IgG微量滴定测定板的孔中。添加50μ1的PGE2示踪物共价缀合PGE2和乙酰胆碱酯酶），然后添加50μ1的抗PGE2小鼠IgG。将平板在4°C振荡孵育18小时。用洗涤缓冲液清洗平板5次。向孔中添加200μ1显色剂（例如Ellman试剂）。将平板在黑暗中振荡孵育60-90分钟。用发光酶标仪读取405nm处的发光值。校准物的相对发光单位RLU和前列腺素E2浓度用绘图软件例如GraphPadPrismGraphPadSoftware,LaJolla,CA进行制图。通过从在与样品相同的测定中执行的校准曲线进行插值来计算样品和对照中的前列腺素E2的水平。[0191]D.胆汁酸吸收不良标志物[0192]在一些实施方案中，用于本发明中的胆汁酸吸收不良（BAM标志物选自胆汁酸、FXR、胆固醇、7α-羟基-4-胆甾烯-3-酮C4、FGF19、CYP7A及其组合。[0193]在一些实施方案中，通过竞争性酶免疫测定检测BAM标志物如7α-羟基-4-胆甾烯-3-酮和FGF19的水平。在一些情况下，使用针对7α-羟基-4-胆留烯-3-酮的抗体。在一些情况下，使用针对FGF19的抗体。例如在代理人案号为88473-909072-026620PC的2014年5月27日提交的PCT申请中描述了用于测量7α_羟基-4-胆甾烯-3-酮的测定。用于测量7α_羟基-4-胆甾稀-3-酮的其他方法包括高压液相色谱、在例如CamiIleri等人，Neurogastroenteroli，2009,217:734-e43中描述的串联质谱法HPLC-MSMS或在例如Honda等人，JLipidResearch，2007，48:458-464中描述的电喷雾电离液相色谱-串联质谱法ESI-LC-MSMS。[0194]E.5-轻色胺标志物[0195]在一些实施方案中，用于本发明中的5-羟色胺标志物选自5-羟色胺5-HT、5_羟基吲哚乙酸5-HIAA、5_羟色胺-0-硫酸、5-羟色胺-0-磷酸及其组合。可以使用竞争性酶免疫测定测量一种或多种5-羟色胺标志物的水平。在一些情况下，测定中使用5-羟色胺标志物的衍生物或类似物。在其他情况下，针对5-羟色胺或其代谢物的抗体可以用来检测来自个体的生物样品中的5-羟色胺标志物。例如在代理人案号为88473-909072-026620PC的2014年5月22日提交的PCT申请中描述了用于测量5-羟色胺及其代谢物的测定。[0196]可以通过其他方法如液相色谱法，例如，HPLCMS或免疫学方法，如使用来自例如AbeamCambridge，MA、DakoCarpinteria，CA和SantaCruzBiotechnologySantaCruz，CA的市售5-羟色胺特异性抗体，测量5-羟色胺及其代谢物的水平。[0197]在一些实施方案中，将样品在测量5-羟色胺及其代谢物的水平之前衍生化以增加其稳定性。例如，样品可以与衍生化混合物（如按比例10:11:22:23V:V:V:V含有0.IMCAPS缓冲液pH11.0、0.IM对氨基甲基苄基化合物、0.05M六氰合铁酸钾III和甲醇的衍生化混合物混合。[0198]F.犬尿氨酸标志物[0199]IBS中5-羟色胺功能的不规律性可以归因于5-羟色胺前体L-色氨酸代谢的变化。色氨酸是充当5-羟色胺前体、但是可以备选地沿犬尿氨酸途径代谢的必需氨基酸。这转而导致其他神经活性物质的产生。已经显示犬尿氨酸水平和犬尿氨酸:色氨酸比率在IBS中升尚。[0200]在一些实施方案中，用于本发明中的犬尿氨酸标志物选自犬尿氨酸⑻、犬尿烯酸KyA、邻氨基苯甲酸AA、3_羟基犬尿氨酸3-HK、3_羟基邻氨基苯甲酸3-HAA、黄尿酸XA、喹啉酸QA、色氨酸、5-羟色氨酸5-HTP及其组合。可以使用竞争性酶免疫测定测量一种或多种犬尿氨酸标志物的水平。在一些情况下，测定中使用犬尿氨酸标志物的衍生物或类似物。在其他情况下，针对犬尿氨酸或其代谢物的抗体可以用来检测来自个体的生物样品中的犬尿氨酸标志物。例如在代理人案号为88473-909072-026620PC的2014年5月22日提交的PCT申请中描述了用于测量色氨酸、犬尿氨酸及其代谢物的测定。也可以通过其他方法如液相色谱法例如HPLC、HPLCMS等测量犬尿氨酸标志物的水平。[0201]G.炎性标志物[0202]多种炎性标志物，包括生物化学标志物、血清学标志物、蛋白质标志物和其他临床特征，适用于诊断IBS和或其亚型的本发明方法中。在某些方面，本文所述的方法对一种或多种症标志物所确定的存在、浓度水平和或基因型应用算法例如，统计学分析），以辅助或协助预测对象患有IBS和或其亚型。[0203]炎性标志物的非限制性例子包括:生物化学标志物、血清学标志物和蛋白质标志物如，例如，细胞因子，包含括白介素、急性期蛋白、细胞黏附分子及其组合。[0204]1.细胞因子[0205]样品中至少一种细胞因子的存在或水平的确定特别可用于本发明中。如本文所用，术语“细胞因子”包括由免疫细胞分泌的调节一系列免疫系统功能的多种多肽或蛋白质的任一种并且涵盖小细胞因子如趋化因子。术语“细胞因子”还包括脂肪细胞因子，所述脂肪细胞因子包括由脂肪细胞分泌的如在调节体重、血细胞生成、血管生成、伤口愈合、胰岛素抵抗、免疫反应和炎症反应中发挥作用的一组细胞因子。[0206]在某些方面，确定样品中至少一种细胞因子的存在或水平，所述细胞因子包括但不限于TNF-a、TNF相关的凋亡弱诱导物TWEAK、骨保护素OP、IFN-a、IFHIFN-γ、IL-Ia、IL-Ιβ、IL-I受体拮抗物（IL-Ira、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、可溶性IL-6受体811^-61?、11^-7、几-8、11^-9、11^-10、11^-12、11^-13、11^-15、几-17、11^-23和11^-27。在某些其他方面，确定样品中至少一种趋化因子的存在或水平，所述趋化因子例如是CXCLlGR01GR0a、CXCL2GR02、CXCL3GR03、CXCL4PF-4、CXCL5ENA-78、CXCL6GCP-2、CXCL7NAP-2、CXCL9MIG、CXCL10IP-10、CXCLl1I-TAC、CXCL12SDF-1、CXCL13BCA-1、CXCL14BRAK、CXCL15、CXCL16、CXCL17DMC、CCLl、CCL2MCP-l、CCL3MIP-la、CCL4MIP-10、CCL5RANTES、CCL6C10、CCL7MCP-3、CCL8MCP-2、CCL9CCL10、CCL11嗜酸细胞活化趋化因子、CCL12MCP-5、CCL13MCP-4、CCL14HCC-1、CCL15MIP-5、CCLl6LEC、CCLl7TARC、CCL18MIP-4、CCL19ΜΙΡ-3β、CCL20MIP-3a、CCL21SLC、CCL22MDC、CCL23MPIF1、CCL24嗜酸细胞活化趋化因子-2、CCL25TECK、CCL26嗜酸细胞活化趋化因子-3、CCL27CTACK、CCL28MEC、CLl、CL和CX3CL1。在某些其他方面中，确定样品中至少一种脂肪细胞因子的存在或水平，所述脂肪细胞因子包括但不限于瘦蛋白、脂连素、抵抗素resistin、活性或总纤维蛋白溶酶原激活物抑制剂-IPAI-I、visfatin和视黄醇结合蛋白4RBP4。优选地，确定TNFa、IL-6、IL-10、IFN-γ和或IL-10的存在或水平。[0207]在某些情况下，用某种测定例如杂交测定或基于扩增的测定在mRNA表达层次检测特定细胞因子的存在或水平。在某些其他情况下，使用例如免疫测定例如，ELISA或免疫组织化学测定在蛋白质表达层次检测特定细胞因子的存在或水平。用于确定血清、血浆、唾液或尿样中细胞因子如IL-6、IL-li3或TWEAK的存在或水平的合适ELISA试剂盒例如从以下可获得：RDSystems，Inc·Minneapolis,MN、NeogenCorp·Lexington，KY、AlpcoDiagnosticsSalem，NH、AssayDesigns,Inc.AnnArbor,MInBDBiosciencesPharmingenSanDiego,CA、InvitrogenCamarillo,CA、CalbiochemSanDiego,CA、CHEMICONInternational，Inc·Temecula，CA、AntigenixAmericaInc.HuntingtonStation，NY、QIAGENInc.Valencia，CA、Bi〇-RadLaboratories，Inc·Hercules,CA和或BenderMedSystemsInc.Burlingame,CA〇[0208]2.急性期蛋白[0209]样品中一种或多种急性期蛋白的存在或水平的确定也可用于本发明中。急性期蛋白是其血浆浓度响应于炎症而增加正急性期蛋白）或下降（负急性期蛋白）的一类蛋白质。这种应答称作急性期反应也称作急性期应答）。正急性期蛋白的例子包括但不限于C-反应蛋白（CRP、D-二聚体蛋白、甘露糖-结合蛋白、αΐ-抗胰蛋白酶、αΐ-抗胰凝乳蛋白酶、α2-巨球蛋白、纤维蛋白原、凝血酶原、因子VIII、vonWiIIebrand因子、血纤蛋白溶酶原、补体因子、铁蛋白、血清淀粉样P组分、血清淀粉样蛋白ASAA、血清类黏蛋白（αΐ-酸糖蛋白、Ag、血浆铜蓝蛋白、触珠蛋白及其组合。负急性期蛋白的非限制性例子包括白蛋白、转铁蛋白、转甲状腺素蛋白、皮质激素传递蛋白、视黄醇结合蛋白及其组合。优选地，确定CRP和SSAA的存在或水平。[0210]在某些情况下，用测定例如杂交测定或基于扩增的测定在mRNA表达层次检测特定急性期蛋白的存在或水平。在某些其他情况下，使用例如免疫测定例如，ELISA或免疫组织化学测定在蛋白质表达层次检测特定急性期蛋白的存在或水平。例如，从Alpc0DiagnosticsSalem,NH可获得的夹心比色ELISA可以用来确定血清、血楽、尿或奠便样品中CRP的水平。类似地，从BiomedaCorporationFosterCity,CA可获得的ELISA试剂盒可以用来检测样品中CRP的水平。用于确定样品中CRP水平的其他方法在例如美国专利号6，838,250和6,406,862以及美国专利公开号20060024682和20060019410中描述。用于确定CRP水平的额外方法例如包括免疫浊度测定、快速免疫扩散测定和目视凝集测定。用于确定样品（如血清、血浆、唾液、尿或粪便）中SAA的存在或水平的合适ELISA试剂盒从例如AntigenixAmericaInc.HuntingtonStation，NY、AbazymeNeedham,MA、USCNLifeMissouriCity，TX和或U.S.BiologicalSwampscott，MA可获得。[0211]C-反应蛋白（CRP是一种在血液中响应于炎症而存在的蛋白质（急性期蛋白）XRP是一般由肝脏和脂肪细胞脂肪细胞产生。它是五聚环蛋白家族的成员。人CRP多肽序列在例如Genbank登录号NP_000558中描述。人CRPmRNA编码）序列在例如Genbank登录号NM_000567中描述。本领域技术人员将理解，CRP也称作PTXl、MGC88244和MGCl49895。[0212]血清淀粉样蛋白ASAA蛋白质是血浆中与高密度脂蛋白（HDL结合的载脂蛋白家族。不同同工型的SAA以不同水平组成型表达组成型SAA或响应于炎性刺激表达（急性期SAA。这些蛋白质优势地由肝产生。这些蛋白质在无脊椎动物和脊椎动物当中保守表明SAA在全部动物中发挥高度必需的作用。急性期血清淀粉样A蛋白（A-SAA在炎症急性期期间分泌。人SAA多肽序列在例如Genbank登录号NP_000322中描述。人SAAmRNA编码序列在例如Genbank登录号NM_000331中描述。本领域技术人员将理解，SAA也称作PIG4、TP53I4、MGClll216和SAAl。[0213]3.细胞黏附分子IgSFCAM[0214]样品中一种或多种免疫球蛋白超家族细胞黏附分子的存在或水平的确定也可用于本发明中。如本文所用，术语“免疫球蛋白超家族细胞黏附分子”（IgSFCAM包括位于细胞表面上具有一个或多个免疫球蛋白样折叠结构域并且在胞间黏附和或信号转导方面发挥作用的多种多肽或蛋白质的任何。在许多情况下，IgSFCAM是跨膜蛋白。IgSFCAM的非限制性例子包括神经细胞黏附分子NCAM;例如，NCAM-120、NCAM-125、NCAM-140、NCAM-145、NCAM-180、NCAM-185等）、胞间黏附分子（ICAM，例如，ICAM-1、ICAM-2、ICAM-3、ICAM-4和ICAM-5、血管细胞黏附分子-IVCAM-I、血小板-内皮细胞黏附分子-IPECAM-I、L1细胞黏附分子LlCAM、与LlCAM同源的细胞黏附分子LI的紧密同源物）（CHLl、唾液酸结合性Ig样凝集素（SIGLECs;例如，SIGLEC-I、SIGLEC-2、SIGLEC-3、SIGLEC-4等）、结合素（例如，结合素-1、结合素-2、结合素-3等）和结合素样分子例如，Necl-l、Necl-2、Necl-3、Necl-4*Necl-5。优选地，确定ICAM-I和或VCAM-I的存在或水平。[0215]ICAM-I是在白细胞和内皮细胞的胞膜中以低浓度持续存在的跨膜型细胞黏附蛋白。一旦细胞因子刺激，浓度大幅度增加。ICAM-I可以由IL-I和TNFa诱导并且由血管内皮、巨噬细胞和淋巴细胞表达。在IBD中，促炎细胞因子因上调黏附分子如ICAM-I和VCAM-1表达而造成炎症。黏附分子的表达增加招募更多淋巴细胞至感染的组织，导致组织炎症（参见，Goke等人，J.,Gastroenterol·,32:4801997;和Rijcken等人，Gut,51:5292002。ICAM-I由胞间黏附分子1基因（ICAMl;EntrezGeneID:3383;Genbank登录号NM_000201编码并且在加工胞间黏附分子1前体多肽®enbank登录号NP_000192后产生。[0216]VCAM-I是介导淋巴细胞、单核细胞、嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞与血管内皮黏附的跨膜型细胞黏附蛋白。内皮细胞中VCAM-I由细胞因子上调因而基因转录增加例如，响应于肿瘤坏死因子-aTNFa和白介素-IIL-I发生。VCAM-I由血管细胞黏附分子1基因VCAMl;EntrezGeneID:7412编码并且在差异性剪接转录物Genbank登录号NM_001078变体1或NM_080682变体2及加工前体多肽剪接同工型Genbank登录号NP_001069同工型a或NP_542413同工型b后产生。[0217]在某些情况下，用测定例如杂交测定或基于扩增的测定在mRNA表达层次检测IgSFCAM的存在或水平。在某些其他情况下，使用例如免疫测定例如，ELISA或免疫组织化学测定在蛋白质表达层次检测IgSFCAM的存在或水平。用于确定样品如组织样品，活组织检查样品、血清、血浆、唾液、尿或粪便中ICAM-I和或VCAM-I的存在或水平的合适抗体和或ELISA试剂盒从例如InvitrogenCamariIlo,CA、SantaCruzBiotechnology,Inc.SantaCruz，CA和或AbeamInc.Cambridge,MA可获得。[0218]H.诊断模型[0219]在本发明的一些实施方案中，使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。在一些情况下，该诊断模型包含氧化应激评分、肥大细胞评分、5-羟色胺评分、BAM评分、microbiome评分和炎性评分。通过向患有IBS个体和健康对照的回顾性数据应用统计算法，产生该诊断模型。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种犬尿氨酸标志物水平应用逻辑回归分析，推算氧化应激评分。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种肥大细胞标志物水平应用逻辑回归分析，推算肥大细胞评分。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种5-羟色胺标志物水平应用逻辑回归分析，推算5-羟色胺评分。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种胆汁酸吸收不良水平应用逻辑回归分析，推算胆汁酸吸收不良评分。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种细菌抗原抗体标志物水平应用逻辑回归分析，推算microbiome评分。在一些实施方案中，通过对回顾性组中所测定的一种或多种炎性标志物水平应用逻辑回归分析，推算炎性评分。例如，与逻辑回归机器学习算法组合，使用犬尿氨酸标志物、肥大细胞标志物、5-羟色胺标志物、BAM标志物、细菌抗原抗体标志物和炎性标志物的回顾性数据，生成诊断模型。[0220]I.统计学分析[0221]在某些情形中，统计学算法或统计学分析是学习统计分类器系统。在一个方面，算法可以用已知的样品训练并随后用身份已知的样品验证。如本文使用的术语“学习统计分类器系统”包括能够适应于复杂数据集例如一组目标标志物和或一列IBS相关症状且基于此数据集作出决定的机器学习算法技术。学习统计分类器系统可以选自由随机森林RF、分类和回归树CRT、提升树、神经网络NN、支持向量机SVM、常规卡方自动交互检测模型、交互树、多元自适应回归样条、机器学习分类器及其组合组成的组。优选地，学习统计分类器系统是基于树的统计学算法例如RF、CRT等和或NN例如人工NN等）。适用于本发明的学习统计分类器系统的其它实例记载于美国专利申请公开号20080085524、20110045476和20120171672中。在某些实施方案中，方法包括将来自对象的样品分类为IBS样品或非IBS样品（例如来自健康对照的样品）。[0222]在某些情形中，统计学算法是单个学习统计分类器系统。优选地，该单个学习统计分类器系统包括基于树的统计学算法例如RF或CRT。作为非限制性实例，可使用单个学习统计分类器系统，单独地或与至少一种症状（即，症状谱）的存在或严重度相结合地基于预测或概率值和至少一种诊断标志物的存在或水平（g卩，包含细菌抗原抗体标志物谱和或肥大细胞标志物谱的诊断标志物谱），将样品分类为IBS样品或非IBS样品（例如健康对照）。单个学习统计分类器系统的使用通常以至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值和或总体准确度将样品分类为IBS样品。这样，将样品分类为IBS样品或非IBS样品可用于帮助诊断对象中的IBS。[0223]在某些其它情形中，统计学算法是至少两种学习统计分类器系统的组合。优选地，学习统计分类器系统的组合包括RF和NN，例如串联或并行使用。作为非限制性实例，单独基于诊断标志物谱或与症状谱相组合，RF可以首先用于生成预测或概率值，然后基于预测或概率值以及相同或不同诊断标志物或谱的组合，并且NN可以用于将样品分类为IBS样品或非IBS样品。有利地，本发明的混合RFNN学习统计分类器系统以至少约75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值和或总体准确度将样品分类为IBS样品。在特别优选的实施方案中，统计学算法是随机森林分类器或随机森林分类器与神经网络分类器的组合。[0224]在一些情形中，由使用一个或多个学习统计分类器系统获得的数据可以使用数据处理算法进行处理。这样的处理算法可以选自例如由多层感知器、反向传播网络和Levenberg-Marquardt算法组成的组。在其它情形中，可以以例如平行或系列方式使用此类处理算法的组合。[0225]可使用来自健康个体和IBS患者的样品的组来训练和测试本文所述的多种统计学方法和模型。例如，使用活检、结肠镜检查、或记载于例如美国专利公开号20100094560中的免疫测定由医师且优选由胃肠病学家诊断为患有IBS或其临床亚型的患者的样品适合用于训练和测试本发明的统计学方法和模型。还可以使用记载于例如美国专利号8,463，553以及美国专利公开号20100094560和20080085524中的免疫测定将诊断为具有IBS的患者的样品分层为IBS亚型。来自健康个体的样品可包括未鉴定为IBS样品的那些。本领域技术人员将知晓用于获得可用于训练和测试本发明的统计学方法和模型的患者样品组的其它技术和诊断标准。[0226]J.预测乳糜泻CD的方法[0227]在一些实施方案中，分析来自对象的样品以确定该样品是否为乳糜泻样品或非乳糜泻样品。如果预测它是非乳糜泻样品，它进入下一个模块，其中确定样品是否为炎性肠病IBD样品或非IBD样品。[0228]在一些实施方案中，用于确定样品是否为⑶样品或非⑶样品的方法包括测量一种或多种CD标志物的水平，所述CD标志物例如是但不限于抗麦醇溶蛋白IgA抗体、抗麦醇溶蛋白IgG抗体、抗组织转谷氨酰胺酶tTG抗体、抗肌内膜抗体EMA及其组合。在其他实施方案中，该方法包括测量以下每种CD标志物的水平:抗麦醇溶蛋白IgA抗体、抗麦醇溶蛋白IgG抗体、抗组织转谷氨酰胺酶tTG抗体和抗肌内膜抗体EM。[0229]在某些情况下，使用免疫测定或免疫组织化学测定，确定CD标志物的存在或不存在。适用于本发明方法中的免疫测定的非限制性例子包括酶联免疫吸附测定ELISA。适用于本发明方法中的免疫组织化学测定的例子包括但不限于免疫荧光测定如直接荧光抗体测定、间接荧光的抗体（IFA测定、抗补体免疫荧光测定和抗生物素蛋白-生物素免疫荧光测定。其他类型的免疫组织化学测定包括免疫过氧化物酶测定。优选地，使用免疫测定例如，ELISA或免疫组织化学测定例如，IFA各自独立地确定抗谷蛋白抗体、抗tTG抗体和抗肌内膜抗体的存在或不存在。[0230]在一些实施方案中，鉴定⑶对象或非⑶对象是基于⑶标志物的存在或不存在以及统计学算法。上文提供可用统计算法的详细描述。[0231]在一些实施方案中，EMA和抗tTG抗体的存在预示CD。在其他实施方案中，在抗麦醇溶蛋白IgA抗体和抗麦醇溶蛋白IgG抗体不存在的情况下存在EMA和抗tTG抗体预示CD。在另外的其他实施方案中，在EMA和抗tTG抗体不存在的情况下存在抗麦醇溶蛋白IgA抗体或抗麦醇溶蛋白IgG抗体预示非CD。在一些实施方案中，EMA、抗tTG抗体、抗麦醇溶蛋白IgA抗体和抗麦醇溶蛋白IgG抗体的不存在预示非CD。[0232]如果确定对象的样品是非CD样品，则在IBD模块中分析该样品以预测它是否为炎性肠病样品（IBD或非IBD样品。[0233]K.预测炎性肠病（IBD的方法[0234]在一些实施方案中，用于确定样品是否为IBD样品或非IBD样品的方法包括测量一种或多种IBD标志物的水平，所述IBD标志物例如是但不限于抗嗜中性粒细胞的胞质抗体ANCA、抗酿酒酵母免疫球蛋白AASCA-IgA、抗酿酒酵母免疫球蛋白GASCA-IgG、抗外膜蛋白C抗OmpC抗体、抗鞭毛蛋白抗体、核周抗嗜中性粒细胞的胞质抗体pANCA、抗-12抗体、抗FIa2抗体、抗FIaX抗体、抗CBir抗体、ICAM-1、VCAM-1、VEGF、C-反应蛋白（CRP、SAA及其组合。额外的IBD标志物包括乳铁蛋白、抗乳铁蛋白抗体、弹性蛋白酶、钙卫蛋白、血红蛋白、N0D2CARD15及其组合。在其他实施方案中，该方法还包括确定以下每种遗传标志物的基因型:六了6161^^011、^«2-3和3了4了3。在一些情况下，每种遗传标志物的基因分型包括检测每种遗传标志物中单核苷酸多态性SNP的存在或不存在，如ATG16L1的rs2241880、ECMl的rs3737240、NKX2-3的rsl0883365和或STAT3的rs744166。[0235]在某些情况下，使用免疫测定或免疫组织化学测定，确定至少一种标志物的存在或水平。适用于本发明方法中的免疫测定的非限制性例子包括酶联免疫吸附测定ELISA。适用于本发明方法中的免疫组织化学测定的例子包括但不限于免疫荧光测定如直接荧光抗体测定、间接荧光的抗体IFA测定、抗补体免疫荧光测定和抗生物素蛋白-生物素免疫荧光测定。其他类型的免疫组织化学测定包括免疫过氧化物酶测定。[0236]用于预测炎性肠病的方法的详细描述存在于例如美国专利号7，873，479;8，315，818;和8,715,943和美国专利公开号20130225439中，所述文献的公开内容因而通过引用的方式并入用于全部目的。实施例[0237]提供以下实施例旨在说明，但不限制要求保护的本发明。[0238]实施例1.预测肠易激惹综合征（IBS的诊断方法[0239]IBS是一种不均一性疾病，混杂有大量病理生理学。为了准确诊断IBS，需要分析来自以下7个类别的生物标志物水平：炎性肠病生物标志物（例如，ANCA、ASCA、Cbirl、FlaX等）、肥大细胞标志物例如，β-类胰蛋白酶、PGE2和组膨、microbiome标志物例如，针对如以下的抗体：Flal、Fla2、FlaA、FliC、FliC2、FliC3、EcFliC、EcOFlic、SeFljB、CjFlaA、CjFlaB、SfFliC、CjCgtA、Cjdmh、CjGT-A、EcYidX、EcEra、EcFrvX、EcGabT、EcYedK、EcYabN、EcYhgN、RtMaga、RbCpaF、RgPiID、LaFrc、LaEno、LjEFtu、BfOmpA、PrOmpA、CpIObA、CpSpA、EfSant、Lm0sp、SfET-2、Cpatox、Cpbtox等）、犬尿氨酸途径标志物（例如，KA、3-0H、QA和3-〇H、5-羟色胺途径标志物例如，5-HT、3-HIAA、5-HTP和3-HK、胆汁酸吸收不良途径标志物例如，7α-羟基-4-胆甾烯-3-酮和FGF19以及炎性标志物例如，CRP、ICAM、VCAM、SAA#。[0240]本实施例显示一种基于几种诊断性生物标志物模块的生物标志物评分预测个体中IBS的方法。参见图5。在算法上方式从来自个体的样品内至少一种生物标志物的存在或水平例如，浓度推算每种评分。IBS诊断方法使用来自至少6个生物标志物模块的量值基于统计算法例如，决策树方法或随机森林法算法计算IBS评分以预测IBD与非IBD。[0241]第一个随机模型用来确定患者的样品是否为乳糜泻（CD样品或非乳糜泻样品105。如果评分高于大于CD与非CD截断值，则预测样品来自患有CD的患者，S卩，是CD样品108。否则，预测样品来自患有非CD的患者（110。非CD样品进入算法的下一个步骤，例如，预测IBDvs.非IBD120。⑶评分利用⑶标志物（如抗麦醇溶蛋白IgA抗体、抗麦醇溶蛋白IgG抗体、抗组织转谷氨酰胺酶tTG抗体和抗肌内膜抗体的量值。[0242]另一个随机模型用来确定患者的样品是否为IBD样品或非IBD样品（120。炎性肠病（IBD评分使用血清学标志物如ANCA、ASCA-A、ASCA-G、FlaX、Fla2、pANCA、0mpC、CBirl其组合的量值。如果评分高于大于）IBD与非IBD截断值，则预测样品来自患有IBD的患者，即，是IBD样品（123。否则，预测样品来自患有非IBD的患者（125。[0243]预测样品具有非IBD，则进入算法的下一个步骤，所述步骤是决策树或设计成IBS中判定的一组规则（130JBS判定基于6个生物标志物模块中的一个或多个模块，所述模块包括犬尿氨酸（140、肥大细胞（150、5_羟色胺（160、胆汁酸吸收不良（170、microbiome180和炎性模块190。氧化应激评分145使用来自犬尿氨酸途径、色氨酸途径及其代谢物的量值，如犬尿氨酸⑻、犬尿烯酸KA、3_羟基犬尿氨酸3-0H或3-HK、3_羟基邻氨基苯甲酸3-0HAA、喹啉酸QA、邻氨基苯甲酸AA、5_羟色氨酸5-HTP和3-羟基犬尿氨酸3-HK。肥大细胞评分（155基于肥大细胞标志物如β-类胰蛋白酶、前列腺素E2和组胺的水平。5-羟色胺评分165使用来自5-羟色胺途径及其代谢物包括5-羟色胺5-ΗΤ、5-羟基吲哚乙酸5-ΗΙΑΑ、5_羟色胺-0-硫酸和5-羟色胺-0-磷酸）的量值。胆汁酸吸收不良（BAM评分175衍生自BAM标志物如7-α-羟基胆留烯-3-酮和FGF19的水平例如，浓度）。从细菌抗原抗体的量值确定microbiome评分（185，所述细菌抗原抗体包含针对如下细菌抗原的那些抗体：Flal、Fla2、FlaA、FliC、FliC2、FliC3、YBaNl、ECFliC、EcOFliC、SeFljB、CjFlaA、CjFlaB、SfFliC、CjCgtA、Cjdmh、CjGT-A、EcYidX、EcEra、EcFrvX、EcGabT、EcYedK、EcYbaN、EcYhgN、RtMaga、RbCpaF、RgPiID、LaFrc、LaEno、LjEFTu、BfOmpa、PrOmpA、CpIObA、CpSpA、EfSant、LmOsp、SfET_2、Cpatox、Cpbtox、EcSta2、EcOStx2A、CjcdtBC、QltcdAB及其组合。炎性评分（195使用炎性标志物如急性期蛋白（例如CRP和SAA和免疫球蛋白蛋白质例如ICAM-I、VCAM-I的测量的水平。[0244]如果样品匹配IBS判定模式，则算法预测该样品是IBS。否则，预测该样品来自健康患者。也就是说，如果评分小于IBSvs.健康截断值，则算法预测该样品为具有非IBS。如果评分大于该截断值，则算法预测该样品为具有IBSJBS评分也可以用来将样品分类为IBS-便秘（IBS-C、IBS-腹泻（IBS-D、IBS-混合型（IBS-M、IBS-交替型（IBS-A或感染后IBSIBS-PI样品。[0245]这种方法集成了来自不同生物标志物模块的表达数据，所述生物标志物模块包括IBD评分、氧化应激犬尿氨酸评分、肥大细胞评分、5-羟色胺评分、胆汁酸吸收不良（BAM评分、microbiome评分和炎性评分，以产生可以与标准化诊断量表或查询表比较的预示指数图谱、评分等）。[0246]实施例2·计算microbiome评分[0247]本实施例显示一种用于确定表示IBS的预示性细菌抗原抗体生物标志物（例如，microbiome标志物）的方法。本实施例还显示这些生物标志物可以用来确定样品是否来自患有IBS的患者。另外，该实施例显示用于计算microbiome评分的方法。[0248]在这项研究中，测量来自健康对照和诊断为患有IBS例如，IBS-DM的患者的样品中针对细菌抗原的抗体的水平。细菌抗原抗体包括针对细菌抗原的抗体，所述细菌抗原例如EcFliC、EcOFlic、SeFljB、CjFlaA、CjFlaB、SfFliC、CjCgtA、Cjdmh、CjGT-A、EcYidX、EcEra、EcFrvX、EcGabT、EcYedK、EcYabN、EcYhgN、RtMaga、RbCpaF、RgPiID、LaFrc、LaEno、LjEFtu、BfOmpA、PrOmpA、CpIObA、CpSpA、EfSant、LmOsp、SfET_2、Cpatox和Cpbtox。分析了大约200份健康对照样品和200份IBS-DM样品。还测量至少一种炎性标志物和至少一种肥大细胞标志物的水平。使用方法如基于扩增的测定如PCR、杂交测定如ELISA、竞争性ELISA和CEER™或免疫组织化学测定或变动性测定如分离色谱、HPLC或HMSA，测定这些生物标志物的存在或水平例如，浓度）。可用测定的详细描述存在于例如美国专利号8,278,057和8,114，616;美国专利公开号20120244558和20120315630中。[0249]逻辑回归模型用来鉴定在健康对照和IBS患者之间显示统计学显著差异的标志物。表2显示结果。[0250]表2[0252]在运行的1000次迭代中，23用于训练集合并且13用于验证集合。图6A显示分析细菌抗原标志物和炎性标志物时ROCAUC为0.843。图6B显示评价细菌抗原标志物、炎性标志物和肥大细胞标志物时ROCAUC为0.9。数据显示与至少一种炎性标志物组合的microbiome标志物预示IBS。另外，增加至少一种肥大细胞标志物还相对于健康对照预示IBS。[0253]为了理解在模型算法中标志物和生物标志物类别之间的相互作用，使用决策树。树建立过程的步骤包括1鉴定最佳区分IBS患者与健康对照的标志物，例如，按照最低P-值确定;2鉴定最佳分离区分IBS患者与健康对照的标志物截断值，并且随后行进至决策树的下一个节点并重复步骤1和2图7。[0254]对诊断为患有IBS的患者和健康对照，计算microbiome评分和百分位数评分。测量针对以下细菌抗原的抗体的水平：EcEra、EcFliC、EcFrvX、EcGabT、EcYedK、EcYbaN、EcOFliC、CjFlaA、CjFlaB、CjGTA、CjCgtA、Cjdmh、SeFljB和SfFliC图8A-8N。[0255]通过产生加权四分位数总评分计算个体的评分。对全部标志物，使用疾病状态如健康vsIBS的逻辑回归模型，确定来自回归的系数或斜率。正斜率显示标志物预示IBS，并且负斜率表示该标志物预示健康状态分别是图9A和图9B。针对其他标志物的存在调整系数。健康对照用来获得四分位数截断值图9C。对于每名个体，microbiome评分=Σβ*分析的全部标志物的四分位数，其中β表示疾病组之间的来自回归的系数或斜率图9C。[0256]图IOA和图IOB显不健康对照组的microbiome评分曲线（图10Α和microbiome评分百分位数图10B。这些图还相对对照组显示一位代表性IBS患者的microbiome评分。[0257]图IlA和图IlB显示健康对照组和IBS-DM患者组的microbiome评分图（图11A和microbiome评分百分位数（图11B。结果显示IBS-DM患者具有比健康对照更高的microbiome评分。[°258]本文所述的用于计算microbiome评分及建立四分位数的方法可以用作确定其他模块评分的示例性模型，例如，IBD评分、氧化应激评分、肥大细胞评分、5-羟色胺评分、BAM评分和炎性评分。[0259]实施例3.IBS的预示性microbiome标志物[0260]本实施例显示，microbiome标志物例如，针对细菌抗原的抗体预示IBS。该实施例提供健康对照和IBS-DM患者中生物标志物水平的比较。[0261]从健康对照和IBS-DM患者获得血清样品并且使用ELISA方法，测量表1中列出的针对细菌抗原的抗体水平见上文）。[0262]在3个患者组（#1-3中分析microbiome标志物。对于组#1，健康对照n=295与IBS-DM患者n=229中抗LaEno抗体（图12A、抗LaFrc抗体（图12B和抗LjEFTu抗体（图12C的水平不存差异。抗BfOmpA抗体的水平（图12D还在健康对照n=96和IBS患者η=104之间相似。对于抗PrOmpA抗体，两个组之间存在差异ρ〈0.0232;图12Ε。尤其，IBS患者具有较低的PrOmpA标志物水平。对于组#2，IBS组中抗EcGabT抗体（图13A、抗EcEra抗体（图13B、抗SfFliC抗体（图13D和抗CjFlaB抗体（图13E的水平较高。未检测到抗EcOFliC图13C、抗CjFlaA图13F、抗EcFliC、（图13G、抗RtMaga图13H、抗RgPilD图131、抗RbCpaF图13J抗体的差异。如果健康对照或IBS-C患者与IBS-D患者比较，则存在抗RbCpaF抗体水平的统计差异（图13K。采用这个标志物时，IBS-D患者具有更高的水平。对于组#3，两个组均具有相似的抗CjFlaA图14C、抗EcFliC图14D、抗EcGabT图14E和抗EcEra图14?抗体的水平。与健康对照相比，185患者中抗5€?1丨：（图144、抗^下18图148和抗EcOFliC图14G抗体的水平较低。[0263]本实施例显示，microbiome标志物例如，针对细菌抗原的抗体可以用来区分IBS患者与健康对照。因此，这些标志物可以用于诊断IBS的方法中。[0264]实施例4.检测IBS患者中的5-轻色胺功能障碍[0265]本实施例显示与健康对照相比，IBS患者具有更高的5-羟色胺水平。使用HPLC和新的5-羟色胺竞争性ELISA测量5-羟色胺水平，所述5-羟色胺竞争性ELISA详述于2014年5月22日提交的代理人案号为88473-909072-026620PC的题为“用于预测肠易激综合征诊断的途径特异性测定”的PCT申请中，所述文献的公开因而通过引用方式完整地并入用于全部目的。[0266]从健康对照和IBS-腹泻（IBD-D患者获得血清样品并将其衍生化以稳定5-羟色胺及其代谢物。简而言之，将50μ1the样品与50μ1衍生化混合物在37°C温育30分钟。衍生化混合物按比例10:11:22:23V:V:V:V含有0.IMCAPS缓冲液pH11.0、0.IM对氨基甲基苄基化合物、0.05M六氰合铁酸钾III，和甲醇。在衍生化反应后，将样品用乙腈ACM脱蛋白例如，1:2vv血清:ACN。脱蛋白的样品随后以14，000转分钟离心20分钟。此后，将它经〇.2μπι滤器过滤并且随后注入作为反相的HPLC柱C18柱。对于该方法，流动相包含15mM乙酸钠，pH4.5，连同ImM辛烷磺酸，钠盐。使用乙腈作为溶剂B和如下条件生成梯度:在0分钟时20%溶剂B、在2分钟时26%溶剂B、在12分钟时28%溶剂B、在12.5分钟时80%溶剂B、在14.5分钟时80%溶剂B、在15分钟时0%溶剂B、在16.5分钟时0%溶剂B、在17.5分钟20%溶剂B和在20分钟时20%溶剂B。用345nm激发和480nm发射进行荧光检测。通过HPLC检测到并分离衍生化的5-羟色胺及其衍生化的代谢物。尤其，衍生化的5-册？、3-服、5-!11'、5-!1144和5-!11被解析成不同的分离峰图15B。[0267]与健康对照相比，IBS-D患者中5-羟色胺水平较高（图15AJBS-D患者中，平均水平是55±10nM5-羟色胺，并且在健康对照中，是33±10nM5-羟色胺。四分位数分析揭示，处于四分位数3Q3和四分位数4Q4的患者具有显著较高的5-羟色胺水平分别是64.9nM和140.6nM。不同于健康对照，这些IBS-D患者展示5-羟色胺功能障碍。[0268]还使用竞争性ELISA测量5-羟色胺水平。将生物素化的衍生化5-羟色胺（例如，Ser-D类似物包被在链霉亲和素平板上。血清样品如上文所述那样衍生化并且与兔中生成的新型抗Ser-D抗体温育（参见，2014年5月22日提交的代理人案号为88473-909072-026620PC的名为“用于预测肠易激综合征诊断的途径特异性测定”的PCT申请）。将样品混合物添加至平板并在室温温育1小时。将平板用洗涤缓冲液洗涤几次。添加山羊抗兔抗体-HRP缀合物溶液并在室温温育1小时。将平板在洗涤缓冲液中洗涤几次。添加颜色底物用于比色反应并且添加终止溶液，之后在405nm读取平板。图16A中显示来自IBS-D患者的5-羟色胺水平。IBS-D患者中5-羟色胺的平均量是50±20nM，相比之下，健康对照中是23±IOnM图16B。四分位数分析还显示与健康对照相比，处于四分位数3和4的患者具有显著高的水平。ELISA数据支持HPLC方法的结果。实验显示IBD-D患者出现5-羟色胺功能障碍。因此，5-羟色胺及其代谢物可以充当IBS-D的预示性指示物。[0269]本说明书中引用的全部出版物和专利申请通过参考并入本文，就如同具体地并且单独地提出的每个单个出版物或专利申请通过参考并入那样。尽管出于清楚理解的目的前述发明已经通过说明和实施例的方式在一些细节上进行了描述，鉴于本发明的教导对本领域普通技术人员将显而易见的是可以对其进行某些改变和修饰而不背离随附的权利要求书的主旨或范围。

权利要求：1.检测至少下述水平的试剂组合用于制备用于辅助诊断对象中肠易激惹综合征（IBS和或其临床亚型的试剂的用途，所述水平选自：至少一种细菌抗原抗体标志物水平、至少一种肥大细胞标志物的水平、至少一种炎性细胞标志物的水平、至少一种胆汁酸吸收不良BAM标志物的水平、至少一种犬尿氨酸标志物的水平、至少一种5-羟色胺标志物的水平；所述辅助诊断包括获得以下a至f评分的至少两项：a检测从所述对象获得的样品中至少一种细菌抗原抗体标志物水平以获得microbiome评分，所述至少一种细菌抗原抗体标志物选自抗Flal抗体、抗Fla2抗体、抗FlaA抗体、抗FliC抗体、抗FliC2抗体、抗FliC3抗体、抗YBaNl抗体、抗ECFliC抗体、抗EcOFliC抗体、抗SeFljB抗体、抗CjFlaA抗体、抗CjFlaB抗体、抗SfFliC抗体、抗CjCgtA抗体、抗Cjdmh抗体、抗CjGT-A抗体、抗EcYidX抗体、抗EcEra抗体、抗EcFrvX抗体、抗EcGabT抗体、抗EcYedK抗体、抗EcYbaN抗体、抗EcYhgN抗体、抗RtMaga抗体、抗RbCpaF抗体、抗RgPiID抗体、抗LaFrc抗体、抗LaEno抗体、抗LjEFTu抗体、抗BfOmpa抗体、抗PrOmpA抗体、抗CpIObA抗体、抗CpSpA抗体、抗EfSant抗体、抗LmOsp抗体、抗SfET-2抗体、抗Cpatox抗体、抗Cpbtox抗体、抗EcSta2抗体、抗EcOStx2A抗体、抗CjcdtBC抗体、抗CdtcdAB抗体及其组合；b检测所述样品中至少一种肥大细胞标志物的水平以获得肥大细胞评分，所述至少一种肥大细胞标志物选自β-类胰蛋白酶、组胺、前列腺素E2PGE2及其组合；c检测所述样品中至少一种炎性细胞标志物的水平以获得炎性评分，所述至少一种炎性标志物选自CRP、ICAM、VCAM、SAA、GR〇a及其组合；d检测所述样品中至少一种胆汁酸吸收不良（BAM标志物的水平以获得BAM评分，所述至少一种胆汁酸吸收不良标志物选自7a-羟基-4-胆留烯-3-酮、FGF19及其组合；e检测所述样品中至少一种犬尿氨酸标志物的水平以获得氧化应激评分，所述至少一种犬尿氨酸标志物选自犬尿氨酸⑻、犬尿烯酸KyA、邻氨基苯甲酸AA、3-羟基犬尿氨酸3-HK、3_羟基邻氨基苯甲酸3-HAA、黄尿酸XA、喹啉酸、色氨酸、5-羟色氨酸5-HTP及其组合；f检测所述样品中至少一种5-羟色胺标志物的水平以获得5-羟色胺评分，所述至少一种5-羟色胺标志物选自5-羟色胺5-HT和5-羟基吲哚乙酸5-HIAA、5_羟色胺-0-硫酸、5-羟色胺-0-磷酸及其组合；g对所述microbiome评分、所述肥大细胞评分、所述炎性评分、所述BAM评分、所述氧化应激评分和所述5-羟色胺评分的至少两项应用统计学算法以获得疾病评分;并且⑹基于统计学算法确定所述对象中的IBS诊断，所述算法基于疾病评分和诊断模型产生患有IBS的概率，所述诊断模型包含来自回顾性组的microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分、5-羟色胺评分及其组合的至少两项。2.根据权利要求1所述的用途，其中至少一种细菌抗原抗体标志物选自抗Flal抗体、抗Fla2抗体、抗FIaA抗体、抗FliC抗体、抗FliC2抗体、抗FliC3抗体、抗YBaNl抗体、抗ECFliC抗体、抗EcOFliC抗体、抗SeFljB抗体、抗CjFlaA抗体、抗CjFlaB抗体、抗SfFliC抗体、抗CjCgtA抗体、抗Cjdmh抗体、抗CjGT-A抗体、抗EcYidX抗体、抗EcEra抗体、抗EcFrvX抗体、抗EcGabT抗体、抗EcYedK抗体、抗EcYbaN抗体、抗EcYhgN抗体、抗RtMaga抗体、抗RbCpaF抗体、抗RgPiID抗体、抗LaFrc抗体、抗LaEno抗体、抗LjEFTu抗体、抗BfOmpa抗体、抗PrOmpA抗体、抗CpIObA抗体、抗CpSpA抗体、抗EfSant抗体、抗LmOsp抗体、抗SfET-2抗体、抗Cpatox抗体、抗Cpbtox抗体、抗EcSta2抗体、抗EcOStx2A抗体、抗CjcdtBC抗体、抗CdtcdAB抗体及其组合。3.根据权利要求1所述的用途，其中至少一种肥大细胞标志物选自β_类胰蛋白酶、组胺及其组合。4.根据权利要求1所述的用途，其中至少一种炎性标志物选自CRP、SAA、GR〇a及其组合。5.根据权利要求1所述的用途，其中至少一种胆汁酸吸收不良标志物是7α_羟基-4-胆甾烯-3-酮。6.根据权利要求1所述的用途，其中至少一种犬尿氨酸标志物选自犬尿氨酸K、犬尿烯酸KyA、邻氨基苯甲酸AA、3_羟基犬尿氨酸3-ΗΚ、3_羟基邻氨基苯甲酸3-ΗΑΑ、5_羟色氨酸5-ΗΤΡ及其组合。7.根据权利要求1所述的用途，其中至少一种5-羟色胺标志物选自5-羟色胺5-ΗΤ、5-羟基吲哚乙酸5-ΗΙΑΑ及其组合。8.根据权利要求1所述的用途，其中使用IBS结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。9.根据权利要求1所述的用途，其中使用IBS临床亚型结果已知的回顾性组和健康对照，建立诊断模型。10.根据权利要求1所述的用途，其中所述诊断还包括将IBS的诊断分类为IBS-便秘IBS-C、IBS腹泻（IBS-D、IBS-混合型（IBS-M、IBS-交替型（IBS-A或IBS-感染后（IBS-PI〇11.根据权利要求1所述的用途，其中所述细菌抗原抗体标志物、所述肥大细胞标志物、所述炎性细胞标志物、所述BAM标志物、所述犬尿氨酸标志物或所述5-羟色胺标志物的水平用杂交测定、基于扩增的测定、免疫测定、免疫组织化学测定或变动性测定独立地检测。12.根据权利要求11所述的用途，其中杂交测定包括ELISA或CEER™测定。13.根据权利要求1所述的用途，其中所述诊断模型选自以下组的至少三种成员：microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分和5-羟色胺评分。14.根据权利要求1所述的用途，其中所述诊断模型选自以下组的至少四种成员：microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分和5-羟色胺评分。15.根据权利要求1所述的用途，其中所述诊断模型选自以下组的至少五种成员：microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分和5-羟色胺评分。16.根据权利要求1所述的用途，其中所述诊断模型选自以下组的全部成员：microbiome评分、肥大细胞评分、炎性评分、胆汁酸吸收不良评分、氧化应激评分和5-羟色胺评分。17.根据权利要求1的用途，其中至少两种成员是胆汁酸吸收不良评分和5-羟色胺评分。

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