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申请/专利权人：西南民族大学;浙江农林大学
申请日：2024-02-29
公开（公告）日：2024-05-28
公开（公告）号：CN118098358A
主分类号：G16B20/30
分类号：G16B20/30;G16B30/10;G16B40/30
优先权：
专利状态码：在审-实质审查的生效
法律状态：2024.06.14#实质审查的生效;2024.05.28#公开
摘要：本发明涉及基因预测技术领域，提供了一种用于黑颈鹤和家燕功能TCR‑V基因预测的方法，该方法包括以下步骤：A、获取TCR‑V和TCR‑C基因及相关定位基因的查询序列；B、Blast序列比对寻找同源基因；C、基于TCR‑C基因的比对结果筛选TCR‑C基因；D、基于TCR‑C基因的筛选结果，以及基因功能筛选TCR‑V基因；本发明的有益效果是：能准确预测TCR‑V基因的功能性序列，且相比于传统分析工具准确性更高，从而可以帮助我们更好地解释TCR在黑颈鹤和家燕等鸟类中的功能。
主权项：1.一种用于黑颈鹤和家燕功能TCR-V基因预测的方法，其特性在于，包括以下步骤：A、获取TCR-V和TCR-C基因及相关定位基因的查询序列：从NCBI收集鸡，鸭和斑胸草雀所有可能的TCR-V氨基酸序列，按照70％的相似度进行聚类，每个类群仅保留一条序列；并收集一组鸡TCR-C基因，得到C基因、V基因的查询序列；B、Blast序列比对寻找同源基因：从NCBI下载黑颈鹤和家燕的参考基因组，用tblastn的方法寻找参考基因组中与查询序列匹配的片段，然后分别得到TCR-V和TCR-C基因的比对结果；C、基于TCR-C基因的比对结果筛选TCR-C基因：排除与C基因查询序列匹配长度＜70％的序列，得到黑颈鹤和家燕功能TCR-C基因信息；D、基于TCR-C基因的筛选结果，以及基因功能筛选TCR-V基因。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 西南民族大学;浙江农林大学 一种用于黑颈鹤和家燕功能TCR-V基因预测的方法
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