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设计条件可激活小干扰RNA传感器的方法 

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申请/专利权人:斯威齐治疗公司

摘要:本文提供的公开内容包括用于设计条件可激活小干扰RNAsiRNA复合物的传感器核酸链的方法、系统和组合物,以及使用本文描述的方法产生的siRNA复合物和组分链。siRNA复合物可以通过该核酸复合物的传感器核酸链中的序列在与输入核酸链例如对靶细胞特异的生物标志物基因的mRNA互补结合时被条件激活。激活的核酸复合物可以释放由核心核酸链和过客核酸链形成的有效RNAi双链体,该双链体可以特异性抑制靶RNA。

主权项:1.一种设计核酸链的方法,包括:在硬件处理器的控制下:产生基因的mRNA变体的共有序列;从所述共有序列产生多于一个候选序列区段,其中所述候选序列区段的每一个具有24-48个核苷酸的长度;对于每个候选序列区段,产生具有与所述候选序列区段互补的序列的互补候选序列区段;获得所述互补候选序列区段的二级结构能量;并且识别各自与所述互补候选序列区段具有大体同一性的匹配序列的数量;基于所述匹配序列的数量、所述二级结构能量或两者对所述多于一个互补候选序列区段进行等级排列;并且选择具有最低的匹配序列的数量和最高二级结构能量的互补候选区段作为设计用于所述基因的mRNA变体的特异性结合的核酸链。

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