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申请/专利权人：上海市同济医院
摘要：本发明具体涉及一种病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法，使用一套探针组合即可实现对肺炎支原体的各种菌株、亚型的统一检测，极大地方便应用；包括以下步骤：步骤一，从NCBI数据库中下载肺炎支原体相关的全部291个genome信息；步骤二，利用seqkit工具对全部参考序列在全长水平上去重；步骤三，通过序列全长比对的方式，对步骤二中的unique序列，评估序列之间的相似性并实现去冗余；步骤四，基于简化后的参考基因组信息，将基因组划分为叠瓦式的一系列种子序列1；步骤五，对每个种子序列1两侧做适当延伸，生成一系列的探针序列2；步骤六，对探针序列2进行评估和打分；步骤七，评估初始探针池内任意两条探针序列之间的相似性。
主权项：1.一种病原微生物全长基因组投影式捕获探针的设计方法，其特征在于，具体包括以下步骤：步骤一，从NCBI数据库中下载肺炎支原体相关的全部291个genome信息，包含complete、contig、scaffold三种类型的不同菌株的参考序列；步骤二，利用seqkit工具对全部参考序列在全长水平上去重，只保留unique的序列；步骤三，通过序列全长比对的方式，对步骤二中的unique序列，评估序列之间的相似性并实现去冗余；步骤四，基于简化后的参考基因组信息，根据预设的探针长度、探针铺设密度，采用滑窗的方式，将基因组划分为叠瓦式的一系列种子序列1；步骤五，对每个种子序列1两侧做适当延伸，基于延伸后的序列按指定步长做滑窗，生成一系列的探针序列2；步骤六，对探针序列2进行评估和打分，每个种子序列1只保留最优的1条探针序列2；按此原则，输出所有目标序列，即为初始探针池；步骤七，评估初始探针池内任意两条探针序列之间的相似性，高于指定阈值的探针之间认为具有强相关性，所有具有强相关性的探针划分为一组；随机选取一条序列作为本组的代表性序列，生成次生探针池；步骤八，根据设定的的过滤阈值，对次生探针池内，去除低于该阈值的探针序列，即获得最终的探针序列集合。
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