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申请/专利权人：中国科学院城市环境研究所
申请日：2024-05-06
公开（公告）日：2024-06-25
公开（公告）号：CN118248212A
主分类号：G16B20/30
分类号：G16B20/30;G16B30/00;G16B50/00;G06F18/22;G06F18/241;G06F18/27
优先权：
专利状态码：在审-公开
法律状态：2024.06.25#公开
摘要：本发明公开了一种基于投影寻踪回归模型评估微塑料健康风险的方法，包括如下步骤：1提取微塑料样品的DNA，获得宏基因组数据，对所述宏基因组数据进行质量控制，获得高质量宏基因组数据；2在reads水平上进行抗生素抗性基因和人类细菌病原体注释；3将所述高质量宏基因组数据进行拼接，获取拼接序列，在contig水平上进行毒力因子基因和可移动遗传元件注释，获得VFGs和MGEs的丰度文件；4综合ARGs、VFGs、MGEs和HBPs的丰度，采用投影寻踪回归模型判断微塑料的健康风险；本发明方法基于宏基因组测序，具有高通量、快速简便的特点；同时，建立了多因素评价体系的微塑料健康风险评估模型，能够广泛用于微塑料健康风险评价。
主权项：1.一种基于投影寻踪回归模型评估微塑料健康风险的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：1采集微塑料样品的DNA，提取获得样品的宏基因组测序数据，并对对原始测序数据rawreads进行质控，得到高质量读段cleanreads；2在reads水平进行ARGs和物种注释，获得ARGs和病原菌的丰度文件；3对每个样品的cleanreads进行组装，获得重叠群contigs；采用软件对contigs进行基因预测和蛋白翻译，对所有基因进行VFGs和MGEs的注释，获得VFGs和MGEs的丰度文件；4根据样本的ARGs、VFGs、MGEs和病原菌丰度，采用PPR模型综合评估微塑料的潜在风险。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 中国科学院城市环境研究所 一种基于投影寻踪回归模型评估微塑料健康风险的方法
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