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申请/专利权人：苏州吉因加生物医学工程有限公司;北京吉因加医学检验实验室有限公司;深圳吉因加医学检验实验室

摘要：本发明的目的在于提供一种用于MRD检测的个性化探针组的设计方法及其应用。应用本发明的设计方法获得的个性化探针组在MRD检测中根据受试者的肿瘤组织样本中检出的突变进行定制，能够全面反应每位受试者个体的突变图谱，具有更高的检测灵敏度；除此之外，本发明的个性化探针组的设计方法所定制的个性化探针组的定制成功率为100％，探针捕获效率和均一性优异。

主权项：1.一种用于MRD检测的个性化探针组的设计方法，所述方法包括：对受试者的肿瘤组织样本进行测序以获得初始体细胞突变；对初始体细胞突变进行突变过滤获得肿瘤可信体细胞突变；对肿瘤可信体细胞突变进行突变鉴定、突变筛选以及突变排序从而获得个性化探针组监测位点；所述的突变筛选包括：将热点突变直接纳入候选突变池作为备选突变，以及将非热点突变进行过滤后，纳入候选突变池作为备选突变；所述非热点突变的过滤包括：剔除潜在克隆性造血突变、剔除较不可信突变或剔除影响探针捕获性能的突变中的一种或多种；所述剔除潜在克隆性造血突变包括剔除的突变或克隆性造血数据库中注释的突变，所述克隆性造血数据库中注释的突变为人群正常白细胞中高发生率的克隆性造血突变；所述剔除较不可信突变包括突变所在读段中的位置出现聚集性偏好的突变和或人群背景数据库中的突变，人群背景数据库的突变过滤条件为：突变人群发生率＞10％，且突变caseAF＜5％；所述剔除影响探针捕获性能的突变为重复区域突变，或其对应个性化探针序列GC碱基含量≤20％或≥80％的突变，或其探针序列在人类基因中同源序列≥2的突变；所述获得初始体细胞突变包括以下步骤：1数据质控：对测序获得的低质量读段进行过滤获得高质量读段；2数据比对和去重：将过滤后的高质量读段与人类参考基因组进行比对以生成初始比对结果；3基于初始比对结果获得初始体细胞突变，初始体细胞突变类型包括SNV、Indel、CNV、SV或其他类型突变中的一种或多种；所述的突变鉴定包括对肿瘤可信体细胞突变进行主克隆突变和或亚克隆突变的鉴定和或新抗原预测值的确定；所述的突变排序包括对SNV，Indel和SV中的一种或多种排序，所述对SNV或Indel排序根据驱动突变的突变频率、主克隆突变的突变频率、亚克隆突变的突变频率、新抗原预测值中的一种或多种进行排序；所述对SV排序包括对热点融合突变和非热点融合突变的突变频率进行排序。

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