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申请/专利权人：中国林业科学研究院森林生态环境与自然保护研究所(国家林业和草原局世界自然遗产保护研究中心)
摘要：本发明公开了一种基于线粒体全基因组对延庆腮扁叶蜂系统发育的分析方法，涉及延庆腮扁叶蜂系统发育分析技术领域。提取延庆腮扁叶蜂的基因组DNA，使用高通量测序技术测定，将得到的原始数据进行质量控制、分析、评估和组装，将得到的组装后的contig与近缘物种线粒体基因进行比对，筛选得到来自线粒体的contig，再利用MITObimv1.6迭代比对等步骤。本发明通过测序组装等一系列过程得到了延庆腮扁叶蜂的线粒体全基因组，发现了扁叶蜂总科内新的线粒体重排现象，成功预测了tRNA二级结构并且构建了有效的系统发育分析，与前人的工作得到了很好的印证，为广腰亚目线粒体的系统发育分析提供了重要的材料。
主权项：1.一种基于线粒体全基因组对延庆腮扁叶蜂系统发育的分析方法，其特征在于，包括以下步骤：1提取延庆腮扁叶蜂的基因组DNA，使用高通量测序技术测定，得到原始数据；2将所述步骤1得到的原始数据进行质量控制、分析、评估和组装，得到组装后的contig；3将所述步骤2得到的组装后的contig与近缘物种线粒体基因进行比对，筛选得到来自线粒体的contig，再利用MITObimv1.6迭代比对，将测序的所有cleanreadsmapping于contig上延伸，通过gapclose获得延庆腮扁叶蜂线粒体全基因组；4对所述步骤3得到的延庆腮扁叶蜂线粒体全基因组中包含的PCGs、rRNA和tRNA进行预测，计算每个基因的核苷酸序列，再根据核苷酸序列推导出每个基因的氨基酸序列；5将所述步骤4得到的每个基因的核苷酸序列和氨基酸序列与广腰亚目物种进行比对后，导入Gblocks0.91b剪切串联，串联后的数据导入ModelFinderv2.2.0在AICc准则下进行最适的分区模型选择，最后在IQ-TREEv中采用最大似然法在对应的分区模型下构建系统发育树，采用Bootstrap检验系统树各分支节点的置信值。
全文数据：
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百度查询： 中国林业科学研究院森林生态环境与自然保护研究所(国家林业和草原局世界自然遗产保护研究中心) 一种基于线粒体全基因组对延庆腮扁叶蜂系统发育的分析方法
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