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申请/专利权人：中国科学院生态环境研究中心
摘要：本发明提供噬菌体介导耐药基因归趋的组学分析方法，包括以下步骤：1对宏基因组测序原始数据进行解压和质检分析，获得有效读条；2对有效读条进行注释；3基于有效读条的结果注释，揭示样品中的耐药基因的赋存特征；4通过将读条组装成重叠群，并进行耐药基因的注释和病毒序列的鉴定，揭示可移动耐药基因和病毒群落的赋存特性；5将重叠群分箱成基因组草图，并进行物种和耐药基因注释，揭示耐药基因的种水平宿主特征；6在病毒序列的重叠群水平和菌株的基因组草图水平上建立病毒群落与宿主的交互作用网络，并根据病毒生活方式及其携带的耐药基因与基因组草图携带耐药基因的同源性，明确噬菌体介导的耐药基因削减、增殖和转导。
主权项：1.噬菌体介导耐药基因归趋的组学分析方法，其特征在于，包括以下步骤：1对宏基因组测序下机后的原始数据rawdata进行解压和质检分析，获得有效读条并确定样本有效读条数；2对有效读条进行注释；3基于有效读条reads的注释结果，揭示样品中的耐药基因ARGs的赋存特征；4通过将读条组装成重叠群contigs，并进行耐药基因的注释和病毒序列的鉴定，揭示可移动耐药基因和病毒群落的赋存特性；5进一步将重叠群分箱binning成基因组草图MetagenomeAssemblyGenomes,MAGs，并进行物种和耐药基因注释，揭示耐药基因的种水平宿主特征；6在病毒序列的重叠群水平和菌株的基因组草图水平上建立病毒群落与宿主的交互作用网络，并根据病毒生活方式及其携带的耐药基因与基因组草图携带耐药基因的同源性，明确噬菌体介导的ARGs削减、增殖和转导，并结合病毒在样品中的丰度，定量解析出噬菌体介导的耐药基因归趋。
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权利要求：
百度查询： 中国科学院生态环境研究中心 一种噬菌体介导耐药基因归趋的组学分析方法
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