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申请/专利权人：苏州方舟生物科技有限公司

摘要：本发明公开了一种遗传风险因子筛查方法，通过高通量基因测序，同时靶向捕获疾病关联基因，应用千人基因组健康人数据作为对照，使用DeepVariant+GLneux突变检测组合，以及PLINK软件进行遗传关联分析，筛选出相关疾病的遗传风险因子，优化和创新了生物信息学分析，没有使用传统的GATKBestPractice分析流程，而是采用DeepVariant+GLneux的组合进行突变检测，并且使用PLINK软件进行遗传关联分析。本发明可以作为一种高效精确的遗传风险因子检测和筛选方法，特别适用于中国NS‑CHD儿童人群，并可应用于其它遗传疾病基因风险因子高效精确的筛选。

主权项：1.一种散发非综合征型先天性心脏病的遗传风险因子筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）采集样本DNA并质控；（2）选择先心病关联基因，根据关联基因设计靶向探针，对关联基因进行靶向捕获，每个基因靶向捕获区域为全部编码区、非编码区以及5’UTR和3’UTR，并向5’及3’端各延伸50bp，利用AgilentSureSelectXT靶向富集系统来进行后续的建库和杂交捕获，制备文库；（3）对得到的文库用测序仪测序，得到原始测序数据，并对原始数据进行质量控制；（4）通过BWA分析软件将质控后的数据比对到人类参考基因组上，然后再对比对后的数据进行质量控制；（5）利用千人基因组东亚人外显子数据集作为对照，用GATK进行检测变异前数据预处理，并用DeepVariant软件和GLnexus软件对对比后的数据进行突变检测，检测出的突变用snpEff软件进行注释；（6）采用PLINK软件进行遗传关联分析，以平均测序深度为协变量进行Logistic回归模型分析，100，000次排列组合进行多重检验校正，分别采用两种检验模型，一种是等位基因、显性和隐性的遗传检验模型，另一种是Cochran-Armitage趋势检验模型；疾病组和对照组通过多重检验校正，筛选出多重校正检验统计值小于0.05的突变；（7）进一步筛选出snpEff高和中等突变效应的突变；（8）筛选出CADD软件预测值大于某一阈值的突变或保留没有预测值的突变；所述关联基因选择先心病关联基因，使用AgilentSureSelectDesign在线网站进行目标区域探针设计，每个基因靶向捕获区域为全部编码区，非编码区以及5’UTR和3’UTR，并向5’及3’端各延伸50bp，其中，先心病关联基因选自60个已知先心脏病致病关联基因和172个候选先心病基因：60个已知先心脏病致病关联基因为：ACTC1、ACVR1、ACVR2B、ALDH1A2、BRAF、CFC1、CHD7、CITED2、CRELD1、ELN、FBN1、FOXH1、FOXP1、GATA4、GATA6、GDF1、HAND1、HAND2、HIRA、HOXA1、HRAS、IRX4、JAG1、KMT2D、KRAS、LEFTY2、MED13L、MMP21、MYBPC3、MYH11、MYH6、MYH7、MYOCD、NKX2-5、NKX2-6、NODAL、NOTCH1、NOTCH2、PBX4、PDGFRA、PTCH1、PTPN11、RAF1、SALL1、SALL4、SMAD6、SOS1、TAB2、TBX1、TBX20、TBX3、TBX5、TDGF1、TFAP2B、TGFBR2、TLL1、VEGFA、ZEB2、ZFPM2和ZIC3；172个候选先心病基因为：AARS2、ABCC9、ACTA2、ACTN2、ANK2、BAG3、BCL9、BMP10、BMP2、BMP4、BMP6、BMP7、CALR3、CASQ2、CAV3、CACN1AC、CBS、COX15、CRKL、CRYAB、CSRP3、CTF1、CTNNA3、CUL3、DAAM1、DAPK3、DES、DMD、DNAJC19、DNM1L、DOLK、DSC2、DSG2、DSP、DTNA、EMD、EYA4、FKTN、GATA2、GATA5、GATAD1、GJA1、GJA5、GJA8、GJA9、GTPBP3、HES1、HES4、HES2、HEY2、HNF1A、HNF4A、HSPB1、HSPB8、HUWE1、ILK、INHBA、INHBC、ISL1、ITGB1、ITGB3、ITGB4、JPH2、JUP、KCNE1、KCNE2、KCNH2、KCNJ2、KCNQ1、KDM5A、KDM5B、KMT5B、LAMA2、LAMA4、LAMA5、LAMC1、LDB3、LMNA、LRP2、MAP2K2、MAPK14、MED20、MIB1、MRPL3、MTHFR、MTO1、MTR、MTRR、MURC、MYH10、MYH9、MYL2、MYL3、MYL7、MYLK2、MYOZ2、MYPN、NAA15、NDUFAF1、NEBL、NEXN、NFATC1、NOTCH3、NOTCH4、NR2F2、NRP1、NRP2、NRXN1、NUB1、PAX3、PBX3、PDLIM3、PITX2、PKP2、PKP4、PLEC、PLN、PNN、PRDM16、PRKAG2、PSEN1、PSEN2、RAB10、RBM20、RNF20、RXRA、RYR2、SALL2、SCN5A、SDHA、SGCD、SHOC2、SKI、SLC25A4、SLC2A10、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SOX2、SUPT5H、TAZ、TBX2、TBX6、TCAP、TFAP2A、TFAP2C、TGFB1、TGFB2、TGFB3、TGFBR1、THBS1、THBS4、TMEM43、TMPO、TNFRSF11A、TNFRSF1A、TNNC1、TNNI3、TNNT1、TNNT2、TNNT3、TP53、TPM1、TTN、TWIST1、TXNRD2、UBE2B、USP34、USP44、VANGL2、VCL、VEGFC和WDR5。

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