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申请/专利权人：郑州大学;郑州海普生物医药科技有限公司
摘要：本发明属于基因组学和生物医学技术领域，公开了一种基于单细胞转录组和反卷积算法的食管鳞癌ESCC分型和关键基因筛选的方法，利用GEO数据库筛选ESCC单细胞转录组和基因表达谱数据集；利用R包Seurat和经典细胞类型标记物对ESCC单细胞进行聚类分群和亚群标志性基因鉴定；利用CIBERSORT反卷积算法对ESCC基因表达谱数据进行单细胞亚群含量推算；利用NMF对基于ESCC组织中单细胞含量矩阵进行聚类分型；基于不同亚型特异性细胞亚群特异性基因表达与患者预后的相关性，构建出ESCC的预后风险模型，筛选出ESCC关键基因。本发明为ESCC的预后评估、诊断和治疗提供新的标志物和靶标筛选方向。
主权项：1.一种基于单细胞转录组和反卷积算法的食管鳞癌分型和关键基因筛选的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤一，利用GEO数据库筛选合适的ESCC单细胞转录组scRNA-seq和基因表达谱bulkRNA-seq数据集；步骤二，利用R包Seurat和经典细胞类型标记物对ESCC单细胞进行聚类分群和亚群标志性基因鉴定；步骤三，利用CIBERSORT反卷积算法对ESCC基因表达谱数据进行单细胞亚群含量推算；步骤四，利用NMF对基于ESCC组织中单细胞含量矩阵进行聚类分型并评估ESCC亚型对患者预后的影响；步骤五，基于不同亚型特异性细胞亚群特异性基因表达与患者预后的相关性，构建出ESCC的预后风险模型，筛选出ESCC关键基因。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 郑州大学 郑州海普生物医药科技有限公司 一种食管鳞癌分型和关键基因筛选的方法及系统
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