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申请/专利权人：北京晶泰科技有限公司
摘要：本申请涉及一种热点残基和靶点蛋白复合物结构的生成方法及装置。该方法包括：将丙氨酸的原子坐标调整至靶点蛋白的特定表位区域后，在丙氨酸的两端分别延伸一个甘氨酸，形成初始三肽结构；将初始三肽结构中的丙氨酸分别突变为天然氨基酸或D型构象的天然氨基酸，获得对应的突变三肽结构；根据第一预设打分函数对突变三肽结构的骨架二面角随机赋值，获得对应的打分值并筛选获得候选三肽构象；候选三肽构象在靶点蛋白的特定表位区域中的局部区域进行分子对接，获得候选三肽与靶点蛋白的结合构象，并筛选获得结合自由能最低的优选三肽与靶点蛋白的结合构象。本申请的方案，可产生更多具有高可成环性的新热点残基或以优选三肽作为热点基序。
主权项：1.一种热点残基和靶点蛋白复合物结构的生成方法，其特征在于，包括：将丙氨酸的原子坐标调整至所述靶点蛋白的特定表位区域的第二预设范围内后，在所述丙氨酸的两端分别延伸一个甘氨酸，形成初始三肽结构；其中，所述第二预设范围是以特定表位区域的中心向四周辐射，直径为8埃～10埃的范围；将所述初始三肽结构中的丙氨酸分别突变为L型构象的天然氨基酸、D型构象的天然氨基酸或非标准氨基酸，获得对应的突变三肽结构；根据骨架二面角能量打分函数对所述突变三肽结构的骨架二面角随机赋值，获得对应的打分值，并根据各所述打分值筛选获得随机的低能量的候选三肽构象；所述候选三肽构象在所述靶点蛋白的特定表位区域中的局部区域进行分子对接，获得候选三肽与靶点蛋白的结合构象；计算所述候选三肽与靶点蛋白的结合构象的结合自由能，并从中筛选获得结合自由能最低的一个或多个优选三肽与靶点蛋白的结合构象。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 北京晶泰科技有限公司 热点残基和靶点蛋白复合物结构的生成方法及装置
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