龙图腾网&IPTOP
- 微信扫码登录
- 账号密码登录
- 短信登录/注册
买专利卖专利找龙图腾，真高效！ 查专利查商标用IPTOP,全免费！专利年费监控用IP管家,真方便！
申请/专利权人：南京邮电大学;南京趣集客信息技术有限公司
摘要：本发明公开了一种基于GPU加速AutoDockVina的方法及实现，该方法通过增加初始随机配体构象的数目来扩展蒙特卡罗的迭代局部搜索方法中对接线程的并行规模，减少蒙特卡罗的迭代局部搜索方法中的搜索步数，利用OpenCL实现AutoDockVina中CPU和GPU异构并行结构以此达到更高水平的并行和加速能力。现代药物筛选需要面对海量的化合物数据，目前的分子对接技术无法满足现实需求。采用本发明的方法，可以在保证不损失对接精度的同时大幅加快分子对接和虚拟筛选的速度，满足大型化合物数据库分子对接的实际需求。
主权项：1.一种基于GPU加速AutoDockVina的方法，其特征在于：所述方法包括如下步骤：步骤1，利用开放运算语言OpenCL实现AutoDockVina中CPU与GPU的异构并行结构，将AutoDockVina中所有线程映射到GPU计算核心；所述异构并行结构由主机端和设备端组成，二者分别在CPU和GPU中运行；主机端首先进行运行，其运行产生的数据传送至设备端，再经设备端运行后得到最终构象，并将所述最终构象传回主机端进行操作；步骤2，所述主机端的运行过程分为两部分，分别为设备端运行前部分和设备端运行后部分，并且在设备端运行前，主机端需先进行数据准备等任务；步骤3，运行设备端，在设备端中，通过增加初始随机构象的数目来减少AutoDockVina中每个线程的搜索步数，通过蒙特卡罗迭代局部搜索方法对每个线程中的构象不断进行优化，并输出最后优化的构象结果；步骤4，将设备端运行后的数据回传至主机端，并在主机端进行步骤2中设备端运行后的操作，包括根据构象的分数对其进行排序，并利用BFGS对构象进行更精细的优化，输出最终排名较前的几个构象。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 南京邮电大学 南京趣集客信息技术有限公司 一种基于GPU加速AutoDock Vina的方法
免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。
主营中国专利交易买卖与专利转让许可,高校科技成果推广与科技成果转化,知识产权运营管理与平台开发,科技人才专家库与科技猎头等科技服务
开放平台
担保交易
惠及多方
会员特惠
专属平台
适合多方
数据共享
功能齐全
皖公网安备 34010402703815号