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申请/专利权人：中国疾病预防控制中心
摘要：本发明涉及一种基于基因序列相似度的病原微生物快速鉴定系统及方法。系统利用k‑mer算法将基因序列分割成片段，并生成特征向量，通过矢量数据库实现高效存储与检索。系统包括参考数据库模块、k‑mer分词模块、序列比对模块及结果输出模块。通过动态调整k值、多线程处理及欧氏距离计算，系统能够快速、准确地鉴定病原微生物，并生成详细的分类结果和相似度报告。系统灵活支持数据库更新和多种相似性度量，适应不同应用场景，适用于临床诊断、公共卫生监测及科研工作。本发明显著提升了病原微生物鉴定的速度和准确性。
主权项：1.一种基于基因序列相似度的病原微生物快速鉴定系统，其特征在于，包括以下模块：参考数据库模块：用于存储多种病原微生物的完整基因组序列和代表性基因序列，数据库中每个序列按分类级别进行组织和存储，分类包括但不限于属、种、科、目；k-mer分词模块：用于将待鉴定的基因序列分割成长度为k的片段，其中k为正整数，生成k-mer特征向量，该模块支持不同k值的动态调整以适应不同序列长度和复杂度；矢量数据库模块：用于高效存储和检索k-mer特征向量，所述矢量数据库基于Milvus技术，采用近似最近邻ANN算法加速高维空间中的相似性搜索；序列比对模块：用于将待鉴定的基因序列的k-mer特征向量与参考数据库中的向量进行比对，计算基因序列之间的欧氏距离，生成相似度评分并根据设定的阈值过滤比对结果；结果输出模块：用于生成基因序列分类的详细报告，所述报告包含相似度排名、物种分类信息、参考序列注释和可能的进化关系图谱，该模块支持报告结果的可视化展示和导出为多种格式如表格、图形、PDF。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 中国疾病预防控制中心 基于基因序列相似度的病原微生物快速鉴定系统及方法
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