申请/专利权人：云南省烟草农业科学研究院

申请日：2024-03-12

公开（公告）日：2024-05-28

公开（公告）号：CN118086477A

主分类号：C12Q1/6869

分类号：C12Q1/6869;G16B20/30;G16B30/20;C12Q1/6895

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.06.14#实质审查的生效;2024.05.28#公开

摘要：本发明属于植物长距离系统性信号分析鉴定技术领域，具体涉及一种近缘物种嫁接后砧穗间长距离移动mRNA鉴定方法，包括如下步骤：S1：嫁接亲本材料的基因测序与组装；S2：嫁接构建根冠信号传递模式系统；S3：嫁接植株转录组测序和分析；S4：砧穗间长距离移动mRNA鉴定；S5：砧穗间长距离移动mRNA序列优化。本发明提供的鉴定方法与常规的mRNA分析鉴定方法相比，可减少833‑1026个误差，可用于区分两个亲缘关系较近的物种间移动mRNAs转录本，解决现有技术较难区分两个亲缘关系较近的物种间移动mRNAs转录本的问题。

主权项：1.一种近缘物种嫁接后砧穗间长距离移动mRNA鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：嫁接亲本材料的基因测序与组装：选择亲缘关系较近的两种物种的植株作为试验材料进行全基因组测序，然后将测得的序列进行拼接、组装，得到两种物种的参考基因组数据；S2：嫁接构建根冠信号传递模式系统：将S1中所述两种物种的植株分别作为接穗或砧木，采用劈接法进行嫁接得到2个自根嫁接组合和2个同源嫁接组合，任取同源嫁接组合中的一种和2个自根嫁接组合进行移栽并培养得到3种嫁接体；所述嫁接体包括2种自根嫁接体和1种同源嫁接体；S3：嫁接植株转录组测序和分析：分别对S2中得到的2种自根嫁接体的接穗和1种同源嫁接体的砧木和接穗进行样品采集，并对采集的样品进行总RNA提取，并将提取的RNA进行转录组测序分析得到2种自根嫁接体的接穗转录本以及1种同源嫁接体的砧木转录本和接穗转录本；并去除所有转录本中的低质量序列和错配序列；S4：砧穗间长距离移动的mRNA鉴定：通过将S3中同源嫁接体的接穗转录本或砧木转录本分别与S1中对应物种的参考基因组数据和S3中2种自根嫁接体的接穗转录本进行比对分析，经多次比对分析，去除自身背景和不表达的假阳性mRNA，获得近缘物种嫁接后砧穗间长距离移动mRNA；S5：砧穗间长距离移动mRNA序列优化：使用FPKM0.05作为评估mRNA移动的标准，去除S4得到的砧穗间长距离移动的mRNA中FPKM小于0.05的序列，得到优化后的砧穗间长距离移动mRNA。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 云南省烟草农业科学研究院 一种近缘物种嫁接后砧穗间长距离移动mRNA鉴定方法

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