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申请/专利权人：浙江洛兮医学检验实验室有限公司
摘要：本申请提供了一种病原微生物宏基因组数据库的构建方法，包含创建物种清单、基因组数据库选择、基因组序列筛选得到每个物种的代表基因组、物种清单中基因组序列的下载、序列清洗、创建非冗余联合基因组等步骤；用采用上述步骤得到的非冗余联合基因组序列构建微生物比对数据库；本申请提供的数据库的构建方法和目前市场上的方案存在较大差异，首先为了保证物种的丰富度，在数据库的选择上涵盖了目前已知的多个基因组数据库，并且制定了一套完整的基因组序列筛选以及清洗原则，最后对每个物种都创建了其非冗余联合基因组，这样即保留了各个物种序列的特异性，又保留了物种基因组的丰富度和基因组的准确性。
主权项：1.一种病原微生物宏基因组数据库的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：S-1.创建物种清单，包含细菌、真菌、病毒以及寄生虫；S-2.选择物种数据库，所述物种数据库包含Refseq、GenBank、FDA-ARGOS、PATRIC细菌数据库，FungiDB、Refseq、GenBank、EuPathDB真菌数据库，RVDB、Refseq、GenBank、GISAID病毒数据库，Refseq、GenBank、WormBaseParaSite、EuPathDB寄生虫数据库；S-3.制定筛选原则并对基因组序列筛选，得到每个物种的代表基因组；所述序列筛选条件包括reference标注信息、组装水平、发布地、数据库来源、taxid和species_taxid唯一性以及发布时间；S-4.下载物种清单中的基因组序列；S-5.制定清洗原则并对下载好的基因组序列进行清洗；S-6.根据清洗过后的基因组序列构建每个物种的非冗余联合基因组；S-7.采用非冗余联合基因组构建比对数据库。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 浙江洛兮医学检验实验室有限公司 一种病原微生物宏基因组数据库的构建方法
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