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基于测序数据的自动化血清型分析鉴定方法及系统 

申请/专利权人:南开大学

申请日:2022-05-18

公开(公告)日:2024-06-25

公开(公告)号:CN114944197B

主分类号:G16B20/30

分类号:G16B20/30;G16B30/00;G16B50/30

优先权:

专利状态码:有效-授权

法律状态:2024.06.25#授权;2022.09.13#实质审查的生效;2022.08.26#公开

摘要:本申请提供一种基于测序数据的自动化血清型分析鉴定方法及系统,涉及基因测序数据分析技术领域,该方法包括:获取微生物基因组测序数据;将微生物基因组测序数据与关键等位基因数据库中的各关键等位基因进行比对,记录相似度大于预设阈值的关键等位基因和相应的比对评分;根据关键等位基因和相应的比对评分,确定微生物基因组测序数据所属的生物体;使用生物体的关键等位基因,确定序列型数据库中的序列型;使用序列型搜索血清型数据库,根据序列型和血清型之间的映射关系确定微生物基因组测序数据的血清型,以实现生物信息学分析鉴定的自动化,同时,能够针对不同平台产生的短读长和长读长测序数据进行定制的生物信息学分析,得到准确的分析结果。

主权项:1.一种基于测序数据的自动化血清型分析鉴定方法,其特征在于,包括:构建关键等位基因-序列型-血清型关联数据库,获取微生物基因组测序数据;将所述微生物基因组测序数据与关键等位基因数据库中的各关键等位基因进行比对,记录相似度大于预设阈值的关键等位基因和相应的比对评分;根据所述关键等位基因和相应的比对评分,确定所述微生物基因组测序数据所属的生物体;使用所述生物体的关键等位基因,确定序列型数据库中的序列型;使用所述序列型搜索血清型数据库,根据序列型和血清型之间的映射关系确定所述微生物基因组测序数据的血清型;所述关键等位基因-序列型-血清型关联数据库包括关键等位基因数据库、序列型数据库和血清型数据库,各数据库通过索引建立关联关系;所述序列型数据库记录关键等位基因的不同组合到每个生物体序列类型的映射关系;所述血清型数据库记录序列类型与血清型之间的关联关系,用于多种微生物的血清型鉴定。

全文数据:

权利要求:

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