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申请/专利权人：湘江实验室
申请日：2024-04-12
公开（公告）日：2024-06-28
公开（公告）号：CN118262789A
主分类号：G16B25/10
分类号：G16B25/10;G16B30/10
优先权：
专利状态码：在审-公开
法律状态：2024.06.28#公开
摘要：本发明公开了一种RNAm6A修饰检测方法，包括获取RNAm6A修饰位点标准集及对应的纳米孔测序数据；进行碱基识别、重新校对和序列比对处理；提取k‑mer的原始信号特征和碱基识别错误特征并构建候选训练数据集；进行数据平衡处理并构建训练数据集；构建RNAm6A修饰检测初始模型并训练得到RNAm6A修饰检测模型；采用RNAm6A修饰测模型对待检测样本的纳米孔直接RNA测序数据进行m6A修饰检测。本发明还公开了一种实现所述RNAm6A修饰检测方法的系统。本发明方案不仅能够实现RNAm6A修饰的检测，而且可靠性更高，精确性更好。
主权项：1.一种RNAm6A修饰检测方法，包括如下步骤：S1.获取RNAm6A修饰位点标准集及对应的纳米孔测序数据；S2.根据步骤S1获取的纳米孔测序数据进行碱基识别、重新校对和序列比对处理；S3.对步骤S2获取的数据，以目标位点为中心提取k-mer的原始信号特征和碱基识别错误特征，构建候选训练数据集；S4.对步骤S3构建的候选训练数据集中的正负样本，按照以位点为中心的k-mer类别分类进行数据平衡处理，并根据处理结果构建训练数据集；S5.基于BiLSTM网络、ResNet网络和全连接网络，构建RNAm6A修饰检测初始模型；S6.采用步骤S4得到的训练数据集，对步骤S5构建的初始模型进行训练，得到RNAm6A修饰检测模型；S7.采用步骤S6得到的RNAm6A修饰检测模型，对待检测样本的纳米孔直接RNA测序数据进行m6A修饰检测。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 湘江实验室 RNA m6A修饰检测方法及系统
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