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一种基于神经网络的系统性量化突变对表达谱影响的方法 

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申请/专利权人:复旦大学附属肿瘤医院

摘要:本发明公开了一种基于神经网络的系统性量化突变对表达谱影响的方法,该方法是利用神经网络的方法解析癌症中体细胞突变和拷贝变异数与基因表达图谱的量化关系,可以通过方法构建的模型通过对突变扰动分析预测其表达谱,也可以量化突变的功能效应,这对临床的病理鉴定和个性化治疗具有重要的借鉴价值,为临床的精准治疗提供新的解决思路。

主权项:1.一种基于神经网络的系统性量化突变对表达谱影响的方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤S1、收集并整合多种来源的单基因扰动表达谱数据;步骤S2、进行差异表达分析对所述单基因扰动表达谱数据中没有生物学重复的样本以及部分生物学重复或者标准生物学重复的样本,分别计算差异表达基因,根据计算得到的差异表达基因得到每个样本最终的差异表达基因;步骤S3、强扰动基因的筛选将每个样本最终的差异表达基因进行特征分析筛选出扰动基因、互作关系存在STRING以内的基因,比较互作关系存在STRING以内的基因对应的蛋白质-蛋白质相互作用置信度得分;步骤S4、构建模型构建基于Node2vec的多头注意力多输出预测模型,将每个样本的表达谱对应的突变数据以及感兴趣基因集通过Node2vec得到的向量嵌入作为基于Node2vec的多头注意力多输出预测模型的输入数据,所述基于Node2vec的多头注意力多输出预测模型的输出数据是扰动后基因表达谱,在每次迭代过程中更新,通过均方误差计算预测表达谱和真实表达谱之间的差异。

全文数据:

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