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一种基于GCN编码DNN解码的miRNA-disease关联预测方法 

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申请/专利权人:安徽农业大学

摘要:本发明公开了一种基于GCN编码DNN解码的miRNA‑disease关联预测方法。本发明中,利用图卷积网络GCN来吸收和学习网络中节点的高阶特征,从而有效地捕捉miRNA与疾病之间的复杂关系。在研究中,通过融合多模态网络中一层的混合高阶邻域信息,以Cm为例介绍了mirna的学习表示过程。除此之外,GCN还考虑了不同距离上miRNA的邻域信息,进一步增强了miRNA的特征表达能力。通过创新的GCN编码方法,通过融合多模态网络中的混合高阶邻域信息来学习miRNA和疾病的表征;DNN解码部分,使用深度神经网络对GCN编码的特征进行解码,实现miRNA‑disease关联的预测;关联预测性能的提升,相比传统方法具有更好的预测性能。

主权项:1.一种基于GCN编码DNN解码的miRNA-disease关联预测方法,其特征在于:所述方法包括以下步骤:S1:数据准备:收集公共数据库中的miRNA表达数据、疾病遗传信息和已知miRNA-疾病关联信息;构建初步的miRNA-疾病异质网络;S2:特征学习:采用图卷积网络GCN对miRNA和疾病节点进行特征编码,获取每个节点的嵌入向量;S3:关联预测:利用深度神经网络DNN对从GCN中学到的特征进行解码,对miRNA和疾病关联进行预测S4:优化与评估:通过反向传播和梯度下降算法对GCN和DNN模型参数进行优化,比较此方法与现有算法的准确性、灵敏度等指标S5:模型部署与预测:使用测试集或实际未标注的miRNA和疾病节点对,来预测他们之间的关联。

全文数据:

权利要求:

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