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申请/专利权人：杭州柏炬科技有限公司
摘要：本发明提供一种基于序列相似度对靶向序列进行准种分析的方法、装置及应用，获取基于三代纳米孔测序的待分析物种的至少一靶向扩增数据；基于设定的错配碱基个数和前后引物序列筛选含有左端引物和右端引物的靶向扩增数据得到至少一全长序列，对全长序列处理得到左端引物在最左端且右端引物在最右端的至少一靶向扩增全长序列；基于所有靶向扩增全长序列采用k‑mer矩阵构建方法生成归一化特征矩阵，对归一化特征矩阵进行降维处理得到降维序列数据，对降维序列数据进行聚类得到聚类簇；基于每一聚类簇的降维序列数据生成一类病毒准种的准种分析结果，解决了现有的病毒准种分析方法需要依赖参考基因组以及基于关联位点分析的缺陷。
主权项：1.一种基于序列相似度对靶向序列进行准种分析的方法，其特征在于，包括以下步骤：获取基于三代纳米孔测序的待分析物种的至少一靶向扩增数据；基于设定的错配碱基个数和前后引物序列筛选含有左端引物和右端引物的靶向扩增数据得到至少一全长序列，对全长序列处理得到左端引物在最左端且右端引物在最右端的至少一靶向扩增全长序列；基于所有靶向扩增全长序列采用k-mer矩阵构建方法生成归一化特征矩阵，对归一化特征矩阵进行降维处理得到降维序列数据，对降维序列数据进行聚类得到聚类簇；基于每一聚类簇的降维序列数据生成一类病毒准种的准种分析结果，其中准种分析结果包括一致性序列、准种比例以及原始序列的一种或组合。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 杭州柏炬科技有限公司 基于序列相似度对靶向序列进行准种分析的方法、装置及应用
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