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申请/专利权人:河源市深河人民医院(暨南大学附属第五医院)
摘要:本发明公开了一种基于网络药理学分析养胃颗粒核心活性成分和作用机理的方法,属于药理学领域。包括如下步骤:S1.筛选养胃颗粒候选化合物;S2.获得有关养胃颗粒、胃溃疡、消化道出血的常见目标靶点;S3.蛋白质‑蛋白质相互作用网络的构建与可视化分析;S4.常见靶点的GO功能和KEGG的富集分析;S5.构建中药‑活性化合物‑靶点‑通路网络分析关键基因。本发明从多靶点研究策略入手,多层次、多角度实现药物作用的综合网络分析,不仅能快速、高效、准确地分析中药作用靶点和机制,还能挖掘出中药复方的主要活性成分,为传统中药研究和现代药理学之间搭建了重要而有效的桥梁。
主权项:1.一种基于网络药理学分析养胃颗粒核心活性成分和作用机理的方法,其特征在于,包括如下步骤:S1.筛选养胃颗粒候选化合物:从中医系统药理学数据库中获取了白芍,陈皮,党参,甘草,黄芪,山药,乌梅和香附的化合物,根据筛选条件筛选候选化合物和相关靶点,再使用UniProt数据库对预测目标进行校正;S2.获得有关养胃颗粒、胃溃疡、消化道出血的常见目标靶点:从GeneCards数据库以StomachUlcer和GastrointestinalBleeding为关键词,获取目标信息;随后,按分数对目标进行排名,将高于中位数的分数选为胃溃疡和消化道出血的目标;将养胃颗粒的靶点上传至Venny2.1在线分析工具,筛选出三者的共同靶点;S3.蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建与可视化分析:将步骤S2获得的靶点上传至STRING数据库,构建了一个蛋白质-蛋白质相互作用网络;选择Multipleproteins作为分析模块,选择Homosapiens作为物种,0.4作为最低要求的交互评分,其他参数保留为默认值并进行搜索;将得到的结果导入Cytosape3.9.1软件进行可视化处理,并利用其内置的网络分析仪工具模块进行拓扑网络分析;S4.常见靶点的GO功能和KEGG的富集分析:将步骤S2获得的靶点上传至DAVIA数据库的GeneList,并选择GeneSymbol作为标识符,筛选错误发现率小于0.05作为GO和KEGG富集的结果;GO相关结果包括生物过程、细胞成分和分子功能,选择生物过程、细胞成分和分子功能基因比值排名前10位的项目制作简约图;S5.构建中药-活性化合物-靶点-通路网络分析关键基因:利用Cytoscape3.9.1软件构建中药-活性化合物-靶点-通路关系网络图谱,用于生物网络可视化和数据整合分析;网络中节点的度值反映了节点在网络中所扮演的角色,如果度值较高,则节点在网络中起着主要的桥梁作用。
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