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基因组注释的方法及电子装置 

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申请/专利权人:安诺优达基因科技(北京)有限公司

摘要:本发明提供了一种基因组注释的方法及电子装置。其中,基因组注释的方法包括S1)将样本基因组序列进行基因结构预测,获得预测基因集;S2)将预测基因集进行BUSCO评估,获得BUSCO评估文件;S3)利用BUSCO评估文件对所述预测基因集进行修正,获得修正基因集;S4)对修正基因集进行基因组注释,获得基因组注释文件;基因结构预测包括转录组预测、从头预测和同源预测。能够解决现有技术中用于基因组注释的预测基因集的完整性差的问题,适用于基因组注释领域。

主权项:1.一种基因组注释的方法,其特征在于,所述方法包括:S1)将样本基因组序列进行基因结构预测,获得预测基因集;所述预测基因集包括第一预测基因集、第二预测基因集和第三预测基因集及第四预测基因集;将所述样本基因组序列进行转录组预测,获得所述第一预测基因集;将所述样本基因组序列进行同源预测,获得所述第二预测基因集;将所述样本基因组序列进行从头预测,获得所述第三预测基因集;将所述第一预测基因集、所述第二预测基因集和所述第三预测基因集进行整合,获得所述第四预测基因集;S2)分别对所述第一预测基因集、所述第二预测基因集、所述第三预测基因集和所述第四预测基因集进行BUSCO评估,获得第一BUSCO评估文件、第二BUSCO评估文件、第三BUSCO评估文件和第四BUSCO评估文件;S3)将所述第一BUSCO评估文件中的Missing基因序列和Fragmented基因序列和所述第四BUSCO评估文件中的Missing基因序列和Fragmented基因序列进行比对,获得第一待回补基因集和第一待删除基因集;将所述第二BUSCO评估文件中的Missing基因序列和Fragmented基因序列和所述第四BUSCO评估文件中的Missing基因序列和Fragmented基因序列进行比对,获得第二待回补基因集和第二待删除基因集;将所述第三BUSCO评估文件中的Missing基因序列和Fragmented基因序列和所述第四BUSCO评估文件中的Missing基因序列和Fragmented基因序列进行比对,获得第三待回补基因集和第三待删除基因集;将所述第一待回补基因集与所述第二待回补基因集进行比对,筛选出不重复的基因序列,整合至所述第一待回补基因集中,获得第五待回补基因集;将所述第五待回补基因集与所述第三待回补基因集进行比对,筛选出不重复的基因序列,并整合至所述第五待回补基因集中,获得第六待回补基因集;将所述第一待删除基因集、所述第二待删除基因集和所述第三待删除基因集中的所有序列组成第四待删除基因集;将所述第六待回补基因集中的基因序列整合至所述第四预测基因集中,并在所述第四预测基因集中,将与所述第四待删除基因集中的基因序列重合的基因序列删除,获得修正基因集;S4)对所述修正基因集进行基因组注释,获得基因组注释文件。

全文数据:

权利要求:

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